如何用 R 语言绘制嵌套条形图

多嵌套图拼接的 R 语言实现

1. 原文研究设计及图片还原思路

首先来看一下文献的原图吧～

原文作者在对不同年龄（幼鼠和成年鼠），不同性别（雌/雄）进行某种刺激后，在 7 个时间点（1 为刺激前，6 为最后 1 次刺激，7 为刺激后一段时间）分别对 3 个效应指标进行了测量。在进行结果展示时，作者放弃了常规的统计表格，选择了上图的形式，按照年龄，性别分为 4 层，每层 3 个子图，分别反映 3 个不同的指标。

不难看出，原图由 12 个嵌套图组成，每个嵌套图又由 1 个主图和 1 个子图拼接而成。其中，主图采用散点与误差棒结合的形式展示了某效应指标在 7 个时间点的均值和标准误，而每个时点与刺激前的差异显著性则以「」的形式进行标注；子图则为柱状图与误差棒的结合，主要比较了最后一次刺激及刺激后与刺激前效应指标水平的差异，同样也标注了两两比较的差异显著性，与主图的区别是，这里选择了以横线对两个比较时点进行了标注。

基于以上思路，小 x 利用 R 软件的 ggplot2 包对原图进行了还原：

简单地说，除了外边框（合理怀疑原图的边框是 AI 或者 PS 后期处理的）和坐标轴没有完全实现（x 轴时间点 6 和 7 之间截断失败）外，其他还算是基本还原了。

2. 嵌套图实现

借助 ggplot2 及 ggsignif 包，小 x 对嵌套图 A 进行了还原。两个包的说明文档可以参考：

https://cran.rproject.org/web/packages/ggplot2 /index.html

https://github.com/const-ae/ggsignif

首先，生成模拟数据并加载所需的 R 包：

自定义图片的主题：

利用散点图 (geom_point) 和误差棒 (geom_errorbar) 的叠加，绘制嵌套主图 p1，并手动标注 (geom_text) 显著性水平：

利用条形图 (geom_bar) 和误差棒 (geom_errorbar) 的叠加，绘制嵌套子图 p2，并借助 ggsignif 包 (geom_signif) 标注组间差异显著性：

利用生成 ggplotGrob() 生成图形对象列表（grob, graphical object) 后，利用 annotation_custom 通过添加注释的方式, 向图形内部添加子图：

3. 嵌套图拼接

类似地，可以完成其余 11 幅嵌套图 (p02 -p12) 的绘制。

对于图片的拼接，小 x 利用了 gridExtra 包实现，说明文档可以参考：

https://cran.r-project.org/web/packages/gridExtra/index.html

嗯，到目前为止，图片就基本还原了。至于外边框和标注，各位小伙伴就借助 AI 和 PS 进行美化吧。希望你们觉得有意思。