一把瓜子教你如何用 ImageJ 进行图片分析

在我开始学习图片分析软件「ImageJ」的时候，实验室的大神给了我一把西瓜子说：「瓜子会教会你 ImageJ 的！」

我开始不以为然，一把瓜子能够教会我什么？后来事实证明我错了，瓜子教会了我细胞计数的各种方法、面积计算、ROI 的使用、颜色编码与伪彩的使用等等。

是不是不可思议，今天给大家分享一下瓜子是如何实现 ImageJ 教学的！超长干货，先收藏再慢慢看咯～

一、细胞计数

1、ImageJ 软件 File -> Open 打开自己准备的瓜子图片：

2、瓜子图片中间颜色较浅，使用 Process –> Enhance Contrast 增强对比：

3、Image –> Type 将图片由 RGB Color 转变为 HSB Stack，HSB：Hue（色度）、Saturation（饱和度）与 Brightness（亮度）。Stack 图像分别为色度、饱和度与亮度：

Image –> Duplicate 复制亮度图片：

4、Find Maxiam 细胞计数

Process -> Find Maxiam，浅色背景勾选 Light background，Preview point selection 可预览结果：

调节 Noise tolerance 参数决定计数的准确性，即在瓜子上戳有且唯一的点。参数不合适可能漏选或多戳点，导致计数不准确：

Find Maxiam 下 Output Type 选择 Count，即可得到计数结果为 23：

5、Muliti-point tool 工具手动计数验证计数结果，确为 23 颗瓜子：

二、ImageJ 快速计数

同类型图片如何快速计数？ImageJ 可以录制 Macro，只需要点击运行宏就可以进行快速分析。

快速分析步骤：

1、 ImageJ 软件 File -> Open 打开瓜子图片。

2、 Plugins -> Macros -> Record… 开始录制宏：

3、 Image -> Type -> 8 -bit，这一操作就会被录制下来：

4、 Image -> Adjust -> Threshold 选择阈值 Minimum，红色代表选中：

5、 Analyze -> Analyze particles，选择 Display results、Summarize 与 Add to manager，点击 OK 得到结果。File-> Save as 保存结果到桌面：

6、 点击 Create 创建宏，打开待分析图片，点击 Macros -> Run Macro, 即可得到分析结果，桌面已自动保存了分析结果：

三、 面积计算

1、 ImageJ 软件 File -> Open 打开瓜子图片。

2、 Image -> Color -> Split Channels 可将 RGB Color 图片拆分为红、绿、蓝三通道图片：

3、Image -> Adjust -> Threshold 调节阈值（0 - 130），红色代表选中：

4、Analyze -> Analyze particles，选择 Display results、Summarize 与 Add to manager：

Summary 共有 23 颗瓜子：

各个瓜子的面积如下，File-> Save as 可以保存为 Excel 表格：

未校准标尺得到面积单位为 pixel^2，可通过 Analyze –> Set Scale 设置标尺。

5、如只需要分析某个特定区域内的瓜子数，则需在 Image -> Adjust -> Threshold 阈值选定后添加 ROI，如矩形选框、椭圆、不规则选框等，后续操作与前同，结果只测量 ROI 中的 6 颗瓜子：

6、如果 ROI 中瓜子不进行分析该如何进行？使用自由选择工具选定不需要分析的瓜子：

Edit -> Selection -> Make Inverse 反选 ROI：

由此自由选择工具选择的区间的瓜子将不会被分析：

7、魔棒工具也可进行面积计算，点击魔棒工具（Wand Tool），双击设置 Tolerance，点击对应瓜子即可选中瓜子：

Analyze -> Measure 得到面积：

四、根据不同参数显示颜色

以根据面积显示不同颜色为例，需要使用 ROI Color Coder 插件。

下载地址：https://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id = macro:roi_color_coder

下载插件放置于 Plugins 文件夹下，重启 ImageJ 软件即可。

分析步骤：

1、Analyze -> Set Measurements 可设置测量参数：

2、按照前述分析面积的步骤得到面积等其他参数：

3、Plugins -> ROI Color Coder，Measurement 选择参数 Area，点击 OK：

得到结果，不同颜色对应其面积大小：

根据 Feret 直径显示颜色：

五、图片加伪彩

Lookup tables（LUT）根据像素点不同的像素值显示为不同的颜色，伪彩是对于灰度图片而言。

1、ImageJ 软件 File -> Open 打开瓜子图片。

2、Image -> Type -> 8 -bit 将图片转变为灰度图片：

3、Image -> Lookup tables -> Fire 即可显示 Fire 伪彩（不同灰度区间显示不同颜色）：

Image -> Color -> Display LUTs 可显示 ImageJ 软件预设的多种 LUT：

此外，Image -> Color -> Edit LUT 双击每个色阶可以编辑自己需要的 LUT（如 141）：

4、Plugins -> 3D -> Interactive 3D Surface Plot 可显示 3D Surface 效果：

文献中有用这种效果显示荧光强度强弱：

5、Analyze -> Tools -> Calibration Bar 可添加 Color Bar：

今天给大家分享利用瓜子学习 ImageJ 就到此为止了，希望对大家有所帮助！