NM | 房刚团队发现 DNA 甲基化对于艰难梭菌孢子形成具有重要意义
艰难梭菌是临床常见致病菌之一,尤其是老年住院患者,因艰难梭菌感染导致的并发症发病率和致死率都日益增多。
特别是该菌可以形成孢子,对外界恶劣环境的耐受性显著提高,可成为潜在的致病源。
虽然对艰难梭菌孢子的形成已经有广泛研究,但更多的是聚焦于基因组 DNA,从序列的角度来探究孢子形成的调控机制。
近期,纽约西奈山医学院房刚团队在 Nature Microbiology 发表最新研究《Epigenomic characterization of Clostridioides difficile finds a conserved DNA methyltransferase that mediates sporulation and pathogenesis》,研究表明,艰难梭菌的 DNA 甲基化对于孢子的形成以及该菌的致病性,都有重要意义。
图片来源:Nature Microbiology
实验思路
首先,从重症监护选择 36 个病人,对从其体内分离的艰难梭菌样本进行基因组和 DNA 甲基化组测序分析。
在所有样本中都发现了一个相同的 DNA 甲基化酶(CamA),而在 GenBank 上检索发现,约 300 个艰难梭菌菌株基因组中均含有此高度保守的 CamA。
该结果意味着 CamA 在艰难梭菌的生活史中起到重要作用。该研究团队结合前期工作,发现 CamA 对艰难梭菌的孢子形成起关键作用。
图片来源:Nature Microbiology
随后,科研人员发现,在体外实验中,如果 CamA 所对应的 DNA 甲基化丢失,艰难梭菌将减少一半的孢子形成;而在老鼠体内实验中,该 DNA 甲基化丢失会减少约为 100 倍的孢子形成。
实验结果表明,在动物实验中,CamA 所对应的 DNA 甲基化丢失会显著减弱孢子形成。
图片来源:Nature Microbiology
为了进一步确定 CamA 的调控机制,科研人员采用多时间点转录组分析,发现 CamA 主要在艰难梭菌孢子形成的前 9 小时进行调控,发挥关键作用,在此阶段转录因子 SigE 和 SigF 发挥介导作用。
同时,作者进一步发现,CamA 也会影响艰难梭菌生物膜的形成和细胞的形态。说明 CamA 的高度保守性在艰难梭菌整个生活史及致病力方面都有重要意义。
细菌的表观遗传
表观遗传学在基因调控中的作用非常重要,目前,该领域主要聚焦于其在真核生物中所起的作用。
自从发现细菌 DNA 甲基化后,人们逐渐意识到,表观遗传在细菌的生命形态发展和功能方面发挥重要作用。
前期的研究因为受限于技术原因,进展缓慢。但随着第三代单分子实时测序技术的使用,该领域在细菌表观遗传学方面有了更多的新发现。
例如发生在细菌腺嘌呤的 DNA 甲基化,可以调控大肠杆菌 1000 多个基因的转录水平。该甲基化对于细菌的生长周期,碱基修复,基因表达,药物耐受,宿主互动等方面,都至关重要。
据不完全统计,近些年有上千种细菌的表观遗传组被报道。而随着新一代基因技术的发展,对于细菌的表观遗传学的研究和功能分析,也必将更加成熟。
去年,房刚课题组也在 Nature Reviews Genetics 上发表综述,介绍了表观遗传学在细菌中的重要功能,尤其是在致病菌中的作用机制。同时,详细总结了最新的技术在细菌表观遗传学领域的应用。
本研究的意义
对于本文介绍的研究来说,首次分析了 DNA 甲基化对于艰难梭菌致病毒力的影响。特别是发现了 CamA 的高度保守性和其在致病性当中的重要作用。
对于常规治疗方案,使用抗生素杀灭致病菌的同时,会对体内的有益菌群造成伤害,这将会导致艰难梭菌更容易趁虚而入,反复致病。
而本文发现的 CamA 在艰难梭菌中具有专属性,意味着 CamA 或将成为艰难梭菌治疗的新靶点。
原文链接:
https://www.nature.com/articles/s41564-019-0613-4