核RNA调节表观遗传事件的有趣世界

作者:James Davie教授，加拿大马尼托巴省大学

细胞核产生一系列蛋白质编码和非蛋白质编码(nc) rna。人们对ncRNA在基因组组织和功能中的作用越来越赞赏和兴奋。ncRNA也可以作为基因转录的组织架构因素染色体域(1、2)和/或功能作用如ncRNA来自增强剂(厄纳)(3)。显微镜下注射核糖核酸酶的哺乳动物细胞的细胞核染色质分布导致重排与聚合核染色质的外围。这是一个相当苛刻的处理方法，但它确实证明了核RNA在基因组的组织中起着作用。

一类长ncRNA (lncrna)，不与蛋白编码基因重叠，激活转录，被称为ncRNA激活。有趣的是，ncrna激活基因的下调会减弱“邻近”蛋白编码基因的表达;在哺乳动物细胞中，ncrna激活到受影响的蛋白编码基因的中间距离超过100kb。最近的一份报告显示，ncrna激活物与中介物结合，中介物是一种大型的多蛋白转录共激活物。

活性增强子产生的eRNA可能在增强子与启动子的相互作用和邻近基因的转录中发挥作用。这些转录本似乎很不稳定，因此RNA测序可能检测到这些转录本，也可能检测不到。检测eRNA的首选方法之一是John Lis博士及其同事所描述的groo -seq(全球核运行并结合大规模并行测序)方法。已经有人提出，eRNAs通过促进染色质可及性和RNAPII募集来调节转录:这是增强子-启动子相互作用稳定所必需的过程。其他人认为增强子和启动子之间的相互作用是产生eRNA所必需的。无论如何，找出哪些表观遗传修饰词与eRNAs有关将是很有趣的。

越来越多的证据表明，染色质修饰剂和与核RNA结合的重塑物在决定组蛋白翻译后修饰位置方面起着关键作用(最近的综述见(4,7,8))。RNA世界顶峰很感兴趣,当我们发现,组蛋白去乙酰酶抑制剂(hdac)和赖氨酸乙酰转移酶(kat)与新合成RNA(9)。在我们的染色质免疫沉淀反应(芯片)分析,我们发现,组蛋白去乙酰酶抑制剂似乎与基因的编码区有关。但是，如果在HDAC抗体免疫沉淀之前，用RNase A消化交联的染色质片段，则HDAC与转录基因编码区之间的相互作用就消失了。剪接因子也有类似的观察结果。在解释芯片分析结果时，这无疑引起了警惕。

HDACs和KATs不直接与RNA相互作用，而是与参与前mrna剪接的RNA结合蛋白结合。这些酶似乎从pre-mRNA开始催化附近染色质编码区的动态组蛋白乙酰化。

但并不是所有的核小体都是相等的。与其他报道一致(10,11)，我们发现标记有H3K4甲基化(H3K4me3)的核小体是那些选择性参与动态乙酰化的核小体。在这些研究过程中，内部外显子的长度约为一个核小体，即147个碱基对，这也令人大开眼界。在髓细胞白血病序列1 (MCL1)基因的情况下，一个动态乙酰化的H3K4me3核小体被植入替代外显子2上。因此，当MCL1 RNA结合组蛋白去乙酰化酶活性受到抑制时，外显子2核小体乙酰化水平升高，从而通过改变其剪接而与MCL1 RNA相互作用。我想归根结底还是位置，位置，位置。

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