手把手教你用 CCLE 看基因在肿瘤细胞系的高低表达

研究肿瘤相关基因功能的实验通常需要先筛选一下目的基因的高低表达，再对目的基因进行过表达或者敲降从而通过表型实验来观察功能，今天我们就来介绍一下一个网站号称肿瘤细胞系的百科全书 CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）。通过这个网站能够大概知道大部分基因在肿瘤细胞系的高低表达。

首先打开网站，进入 CCLE 界面点开。

点开红色方框里的网站，进入下一步。

在红色方框里填你想要查找的基因，例如 egot, search ccle 进入下一步。

找到你想要的基因，例如是第一个，点开红色方框的 egot，进入下一步。

第一张图是基因在组织中的高低表达，第二张图是基因在细胞系中的高低表达。

鼠标放在各种肿瘤上你就可以看到各个细胞系的高低表达了。同时下载表达数据，点开红色方框，就可以下载 excel 的数据。

将 excel 表格的数据从横向排列变成纵向排列。

CCLE 总共收集了 1 036 种细胞系，涉及十几种肿瘤类型。根据想要的肿瘤类型选择细胞系，例如乳腺癌（breast cancer），在 A 列中，全选，然后在「排序和筛选」，接着「筛选」。

选择「确定」就可以看到所有乳腺癌细胞系关于 EGOT 基因的高低表达了。