基本方案

①将目的蛋白和标准分子量蛋白上样到同一块SDS-PAGE平板凝胶中，进行SDS-PAGE。

在同一块平板凝胶上进行目的蛋白和标准分子量蛋白的电泳，可以消除由于丙烯酰胺浓度和电泳条件不同而产生的差异。若要用此方法更精细地测定分子量，最好能采用不同浓度的丙烯酰胺凝胶（Ferguson,1964;Neville,1971)。关于在使用多种市售标准蛋白进行SDS-PAGE时，聚丙烯酰胺和交联剂两者浓度对蛋白迁移的影响，在Makowski和Ramsby(1997)中有详细讨论。

②电泳结束后，进行蛋白染色。

③（可选或不选）在测量尺F值之前干燥凝胶。

④测量蛋白和示踪染料（通常是溴酚蓝）迁移的距离。

⑤计算相对迁移率（Rf值）：

RF=蛋白迁移的距离/示踪染料迁移的距离

⑥用迁移率对已知Mr的半对数作图。凝胶中部各点应几乎在一直线上（见图2.7)。

⑦通过未知蛋白的只F值从曲线图上读出未知蛋白的Mr。

要点：每块胶应重新绘制标准曲线。