丁香实验_LOGO
登录
提问
提问
我要登录
|免费注册
点赞
收藏
wx-share
分享

试验方案

互联网

1304
 
 

1.相似性序列发生Cross-react引起脱靶效应。

2.监测手段:对脱靶效应的监测一般通过基因芯片来监测。Gene expression profiling对脱靶效应。

3.脱靶效应的特性:

转录物表达模式有序列特异性和靶特异性两种。

4.大部分脱靶效应具有siRNA序列特异性。

低浓度也可能产生脱靶效应,不仅仅是高浓度能产生脱靶效应的假象。

脱靶效应在蛋白和mRNA水平同时考虑进行分析,要缜密分析和确定分析的时间点。

特别是要确定脱靶效应是否是蛋白被knock-down的次级效应,因此要分时序性进行分析。

对靶蛋白和目的转录本进行半衰期分析或者获取相关的资料。在蛋白效应以前通过表达图谱分析已经确认非次级效应影响。看降解靶转录本和靶蛋白效应时间分水岭可以判定是否为次级基因表达改变所影响的。

从脱靶效应来看,正义和反义链都有可能引起脱靶效应,主要看是哪条链产生干扰作用。脱靶效益可能是独立于基因沉默效应的,可能是序列依赖性的。11-15核苷酸序列相似性的序列都可能产生脱靶效应。正义链的3’和反义链的5’端对基因沉默的贡献相对较大。我们叫其core 序列。

5.避免off-target效应来说都是相对的,也不是绝对的,这个需要考虑综合因素的影响,我上面提及的dharmacon的那个软件就是一个辅助设计避免off-target的一种策略,将试验的方方面面周全考虑不是坏事,可以尽量做到最好吧。现在有些设计的工具软件,他们加入了许多设计上的程序和矩阵,让设计原则更加合理,任何工具只能相对而言的,利用生物信息学原理进行筛选还是有一定必要的,但是针对具体的靶标来说,具体情况具体分析,很多基因的选择余地也不是一致的!

以下工具:

1.http://www.dharmacon.com/seedlocator/default.aspx

可以将备选的靶点用dharmacon 的seedlocator进行筛选,选择脱靶效应小的靶点。

具体文献:Nature Methods 3, 199 - 204 (2006)

3' UTR seed matches, but not overall identity, are associated with RNAi off-targets。

2.http://rnai.cs.unm.edu/offTarget

这个软件可以相对降低脱靶,自行设计一些细致参数。

提问
扫一扫
丁香实验小程序二维码
实验小助手
丁香实验公众号二维码
关注公众号
反馈
TOP
打开小程序