用酶和化学方法去磷酸化

这种方法得到特别关注、但它能提供磷酸肽中磷酸化氨基酸的定位，可以在非磷酸肽占主导地位的混合物中鉴别磷酸肽，此方法使用的是磷酸酶 。用简单的 MALDI-TOF仪器就可以得到磷酸化蛋白水解后产生肽段的质量，同样的样品用磷酸酶处理后，除去了丝氨酸，苏氨酸和酪氨酸上的磷酸，再分析其质量。任一个减少了 80u 的质量数，都将预示着这一肽段被磷酸化了。MALDI 做这一实验的优点是产生的肽段离子更倾向于单质子化，使谱图解析比 ESI 更容易，用不同的化学方法处理丝氨酸或苏氨酸磷酸肽．既除去除了磷酸又使发生磷酸化修饰的丝氨酸或苏氨酸残基脱水，实际上标记了先前的修饰位点。磷酸肽用碱处理后发生磷酸的β-消除，同时伴随氨基酸侧链的脱水，使氨基酸残基表现出独特的质量（比正常值少 18u) 。这一手段结合 MS/MS 技术，已应用于高磷酸化的profilaggrin 磷酸化位点的鉴定。