基本方案

线性 MALDI-MS：MALDI-MS质谱仪恐怕是概念上和设计上都最简单的质谱仪，分子（分析物）经 MALDI 方式离子化，离子的质荷比 (m/z）由飞行时间质分析器检测（见图 5,1) 。 测量的质量精确度与m/z有关， 25ku 以下可达到约 0.01%-0.05% 的精确度，到 300ku 精确度达到±0.05% --0.3%。MALDI 也能分析溶解在磷酸盐， Tris等生物缓冲液中的分析样品，或含有少量脲、非离子变性剂及一些碱金属盐的样品溶液。

蛋白质和多肽的 MALDI 分析包括以下一系列步骤

(1) 被分析物与基质（小分子芳香化合物）混合。基质通常溶解在酸性有机溶剂中，以超过样品 1000 倍的量与样品混合，将样品和基质加到金属片／靶上，溶剂在空气中挥发后，形成了样品-基质共结晶．，

(2) 将加有样品-基质混合结晶的靶送入质谱仪的真空室 (10^-5-10^-8Torr) 。

(3) 在金属片／靶上加+ 20-30kV 的高电压（产生正离子），同时有短的激光脉冲照射在干燥的样品上。

(4) 基质晶体吸收特定波长的激光能量（紫外激光 337nm, 红外激光 2.94μm, 又以热的形式将能量释放 引发了解吸附这一迅速的放热过程又使基质品体升华，基质和样品分子气化进入质谱仪的气相。

(5) 通过在气相中发生质子化／去质子化，附着阳离子／脱离阳离子，或氧化／还原等过程实现离子化。产生的离子从靶表面（保持 +20-30kV 高电压）被推斥并加速进入一系列的离子透镜（保持接地电压），离子透镜聚焦离子进入飞行时间质量分析器的无场漂移区 (50-300cm) 贮检测器安装在无场漂移区末端，通过飞行管道的离子被检测器记录。

(6) MALDI 离子化过程送入质量分析器的离子实质上具有相间的终动能。在动能定时离子的速度与离子的质荷比m/z成反比。因此，线性检测器中，离子到达飞行管道另一端检测器的时间反映被检测离子的m/z。

(7) 离子通过无场漂移区的飞行时间由激光脉冲面向发检测器记录。因此，每一离子化过程 产生的每批离子到达检测器的飞行时间都被记录下，并被换为质荷比m/z。

离子越小，飞行速度越快，因此质荷比m/z可用已知质量和电荷状态的化合物的飞行时间作校正并用经验公式计算出来（通常用一个基质离子和一个蛋白质或多肽离子作校正，被分析物的质量包括在此质量范围内）。离子动能 (E)与其质量 (m) 和速度 (v) 的关系可被表述为 E=1/2mv2。因此，对于一个单电荷离子，其飞行时间（由速度决定）与分子质量的平方根成反比。