丁香实验_LOGO
登录
搜索
    搜索
    提问
    我要登录
    ｜免费注册
    点赞
    收藏
    wx-share
    分享

    方案1 用带有 Fe(Ⅲ) 和 Ga(Ⅲ)的 IMAC 纯化磷酸化多肽

    相关实验：用蛋白质组学方法绘制磷酸化位点图谱

    最新修订时间：

    材料与仪器

    胶内或溶液分离的目标蛋白
    乙酸 EDTA FeCl3 甲酸 甲醇 蛋白裂解酶 溶剂
    台式离心机 去盐树脂 IMAC 树脂 MALDI 探针 质谱仪 加样吸头 加样器

    步骤

    一、IMAC 树脂的制备

    在步骤① 〜⑩中，悬浮液与I m l 的反应试剂轻混，室温离心3〇 s，每一■步离心后 均弃上清，再接着做下一步。 ① 在小离心管中，把 I M A C 树脂悬浮于水中，至终浓度约为I m g /m l 。 ② 用水洗树脂
    ③ 室温下，用溶 于 lmol/L N a C l 的 50m m o l / L E D T A 孵育树脂两次。 ④ 用水洗树脂。 ⑤ 0. lmol/L 乙酸洗树脂。 ⑥ 室温下，在 0 •lmol/L 乙酸中用0. lmol/L FeCl3 或 GaCl3 孵育树脂两次。 ⑦ 用 0. lmol/L 乙酸洗树脂。 ⑧ 用 乙 酸 （0. lmol/L ) : 乙 腈 （3 : 1，体积比）洗树脂。 ⑨ 用 0. l m d /L 乙酸洗树脂。 ⑩ 把树脂悬浮于0. lmol/L 乙酸中。 准备好的 I M A C 树 脂 于 4°C 至 少 可 储 存 40d ，但会降低树脂的使用 效果。

    二、多肽样品的制备

    用 蛋 白 酶 （ 胰蛋白酶、 Lys-C 、 Asp-N 等）消化凝胶或溶液中存在的蛋白质样 品，详 见 第 7 章方 案 5。 ⑫ 把 1 份相当于0. 1〜IO p m o l的消化样品稀释到30〜50fxl 0. lmol/L 乙酸中。

    三、用 NanoscaleIMAC 纯化磷酸化多肽

    ⑬ 制 备 I M A C 柱 ：将足够量的I M A C 树 脂 （ 来自第⑩步）装人一个长而窄的吸 头 ，填充成一段长15〜20m m 的 I M A C 树 脂 柱 （ I M A C 柱 子 的 制 备 见 “ 附加方案： 用于样品去盐的微柱和Nanoscale I M A C 的制备和使用” ）。 ⑭ 用注射器或微量移液器把蛋白质样品（30〜50^x1 ) 慢 慢 地 加 到 （1〜30jLd/min) I M A C 柱子上。 ⑮ 收 集 流 经 Nanoscale去 盐 柱 的 穿 透 液 （Poros R 2 或 Poros.Oligo R 3 的制备？ 根 据 在 方 案 1 结 尾 的 “ 附加方案” ），随 后 去 盐 并 进 行 M A L D I -T O F -M S 多肽质谱 分析）。 收集的组分包括所有的未被I M A C 吸附的多肽。 ⑯ 20沁 0. l m 〇 l/L 乙酸洗I M A C 柱子。 这一步和接下来的洗涤步骤中，用注射器产生的轻微正压轻轻地将液 体压过柱子，每一洗涤步骤后把洗脱液丢弃。 ⑫ 用 20沁 乙 酸 （〇 • lm 〇 l/L ) : 乙 腈 （3 : 1，体积比）洗柱子。 ⑱ 用 20W 乙 酸 （0 •lmol/L ) 洗 I M A C 柱子。 ⑲ 用 5沁 p H 10. 5 的洗脱液洗脱滞留在I M A C 柱子上的磷酸化蛋白，或直接把 20/lxI 5 % 甲酸滴到新的 Nanoscale 柱 子 的 上 端 （Poros 10R 2 或 Poros Oligo R 3)。 另外一些洗脱试剂是M A L D I 的基质，如 D H B - 5 0 % 乙腈-2. 5 % 甲酸 或 C H C A - 7 0 % 乙腈-0. 1 % T F A 。用这些洗脱试剂时，洗脱液可直接点到 M A L D I 探针上。 ⑳ 用 IW 的 M A L D I 基质溶液从去盐的I M A C 柱子中洗脱出脱盐的I M A C 洗脱 物 （ 见第⑲ 步）。 M A L D I -M S 分析样品的制备，见 第 8 章 方 案 1。把 5〜8 小滴洗脱液 点 到 M A L D I 靶板上，第 1 滴 和 第 2 滴主要是用来作分析的，可以对洗脱
    下来的多肽作nano-E S I 分析，也 可 用 1〜 2沁 5 % 的甲醛+ 1% 甲酸 或 1〜 2W 5 % N H 3 • H 2O + 5 0 % 甲醇对洗脱液加酸化，然后作负离子模式分析 (酸化使用5 0 % 甲酸/ 5 0 % 甲醇）。 附加方案： 用于样品去盐的微柱和Nanoscale I M A C 的制备和使用 这种方法与第8 章中的方案2 和方案3 所详细论述的微柱的制备很相似，是基于 Gobom等 （ 19 9 9 )和 Stensballe等 （2001)提出的原理。任何一种色谱树脂，都可以用 在微柱上，通过紧压GELoader加样吸头的末端，把树脂加上去，上样、洗涤、洗脱是 通过在树脂的上端加液体，利用气压产生低流速，使液体通过柱子，不需要玻璃材料。 附加材料 注意：标记有〈！>的材料的正确处理方法请参见附录3。 色谱 树 脂 （ 如 Poros R l ， PorosR2; Poros Oligo R 3 或 I M A C ) GELoader 加 样 吸 头 （ Eppendorf) 甲醇 塑料改造的移液器（ Iml) 需要用一个改造后的200/il移液器吸头上端部分把加样器和GELoader 加样吸头连接到一起。 方法 ① 制备色谱树脂浆，每 I m l 甲醇中含有100〜200|ul的色谱树脂。 ② 轻压或弯曲吸管的端部，从而部分阻塞GELoader加样吸头。使色谱树脂被滞留 在柱子中而液体流出。 ③ 从 GELoa d e r吸头顶部加入5jul树脂浆，把 一 个 I m l 注射器连接到G E L o a d e r吸 头的微柱上，并利用注射器施加压力填柱，柱子的高度应为2〜4m m 。 在主方案中所用到的I M A C 柱子需用足够多的树脂来制备长15〜20m m 的柱子。 ④ 用注射器施压，用 10〜20jul 5 % 甲醛通过GELoader吸头冲洗柱子以平衡树脂。 可用T F A 或乙酸代替甲酸，相应地，乙腈代替甲醇。在纳电喷质谱中 推荐使用甲酸和甲醇（ 见第8 章）。 ⑤ 多肽或蛋白质样品溶入20〜40沁5 % 乙酸中。 ⑥ 将 5〜20W 的样品加到微柱上，通过注射器轻轻施压，使样品流过柱子。 O 用注射器施压，通过GELoader吸头，用 10〜20jul 5 % 的乙酸洗树脂。 ⑧ 用较小体积的5 % 甲酸/ 5 0 % 甲醇洗脱样品。 洗脱液可收集到小离心管（microfuge tube) 中，沉淀直接加到M A L D I 探针 上，或直接洗脱到纳电喷针管里。后两种情况中，洗脱液的体积只需1〜2jul。 多肽样品的分离，可通过用一系列流动相从微柱上逐级洗脱样品的步骤 得到提高，流动相依次应该为： 5 % 乙酸+ 1 5 % 甲醇， 5 % 乙酸+ 3 0 % 甲醇， 5 % 乙酸+ 5 0 % 甲醇。若 作 M A L D I -M S 分析，则可以用基质溶剂直接将样品 洗脱到M A L D I 探针上，基质溶剂如C H C A 、 S A 或 D H B 溶于3 0 % 〜5 0 % 甲 醇或乙腈中，应该用一系列小滴，而不是大滴液体来沉淀洗脱液（ 见 第 8 章 方 案 1)。

    ​

    来源：丁香实验

    提问
    扫一扫
    丁香实验小程序二维码
    实验小助手
    丁香实验公众号二维码
    扫码领资料
    反馈
    TOP
    打开小程序