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DNA 和 RNA 靶序列的原位 PCR 扩增实验

相关实验:DNA 和 RNA 靶序列的原位 PCR 扩增实验

最新修订时间:

材料与仪器

样品
双氧水 PBS 蛋白酶K RNA酶 DTT dNTP KCl MgCl2 Tris·Cl
加湿盒 热循环仪

步骤

1. 将载有固定样品的载玻片置105℃加热块上5~120 s。
2. 载玻片放入含0.3%H2O2中,于37℃或室温温育过夜,以灭活内源性过氧化物酶活性,然后以PBS洗1遍。

3. 取1 mg/ml 的蛋白酶K稀释于150 ml PBS(终浓度6 μg/ml),将玻片浸于此液中,室温温育5 min 后,400×显微镜下观察细胞,如多数待检细胞呈现小“圆泡”、 “斑点”或“胡椒粒”状,可马上进行步骤4操作。温育5 min 后,如未出现上述情形,亦可继续温育,时间可长至60 min,待细胞表面呈小气泡状时,及时进行步骤4。
4. 在95℃加热载玻片2 min 以灭活蛋白酶K。然后浸于PBS中10 s、水中10 s,再晾干载玻片。
5. 加10 μl 无RNA酶的DNA酶液至载玻片各样品上,放加湿盒中,于37℃温育过夜。

6. 用冲洗缓冲液洗片1次,然后以DEPC处理的水冼2次,晾干。

7a. 如使用AMV或MoMuLV 反转录酶:配置如下反转录体系(总体积20 μl)

(1)2 μl 10×AMV/MoMuLV RT缓冲液(1×)

(2)2 μl 10 mmol/l 4种dNTP混合液(终浓度1 mmol/l)

(3)0.5 μl 40 U/μl RNasin(终浓度1 U/μl)

(4)1.0 μl 20 μmol/l 下游行物(终浓度1 μmol/l)

(5)0.5 μl 20 U/μl AMV或MoMuLV 反转录酶(终浓度0.5 U/μl)

(6)8 μl DEPC处理过的水
7b. 如使用SuperScript 2反转录酶:配置如下反转录体系(总体积20 μl)


(1)4 μl 5×反应缓冲液(随酶提供:1×终浓度)

(2)2 μl 10 mmol/l 4dNTP混合液(终浓度 1 mmol/l)

(3)0.5 μl 4 U/μl RNasin(终浓度 0.1 U/μl)

(4)1.0 μl 20 mmol/l 下游引物(终浓度 1 μmol/l)

(5)0.5 μl 20 U/μl SuperScript 2(终浓度0.5 U/μl)

(6)1.2 μl 0.1 mol/l DTT(终浓度6 mmol/l)

(7)4.8 μl DEPC处理过的水
8. 加10 μl 反转录酶体系于载玻片各样品上,并小心盖上20 mm×60 mm 的盖玻片,放一加湿盒中,于42℃或37℃温育1 h。

9. 在92℃加热块上温育玻片2 min,移去盖玻片并用水洗玻片2次。

10. 配置如下扩增体系(总体积100 μl)

(1)5 μl 25 μmol/l 正向引物(终浓度1.25 μmol/l)

(2)5 μl 25 μmol/l 反向引物(终浓度1.25 μmol/l)

(3)2.5 μl 10 mmol/l 4dNTP混合物(每种dNTP终浓度200 μmol/l)

(4)1.0 μl 1.0 mol/l Tris·Cl,pH8.3(终浓度10 mmol/l)

(5)5.0 μl 1.0 mol/l KCl(终浓度50 mmol/l)

(6)2.5 μl 100 mmol/l MgCl2(终浓度2.5 mmol/l)

(7)10 μl 0.01%明胶(终浓度0.001%)

(8)2 μl 5 U/μl Taq DNA聚合酶(终浓度0.1 U/μl)

(9)66 μl 水
图一、示蛋白酶K处理前的淋巴细胞

11. 用20 μl 吸头加8 μl(如用3孔载玻片)或12~20 μl (如用单孔载玻片)原位PCR扩增体系于各孔上,该液体覆盖整个孔表面。

12. 放20 mm×60 mm 盖玻片于每一载玻片上,小心用指甲油封住盖玻片边缘。
13. 在92℃加热块上,温育玻片90 s。然后转至热循环仪。

14. 按如下扩增循环或其他最佳的条件进行PCR
(1)30个循环:30 s,94℃(变性)
(2)1 min,约45℃(退火)
(3)1 min,72℃(延伸)
(4)最后一步:不定4℃(维持)
15. 由热循环仪上取下载玻片,浸于100%乙醇中≥5 min 溶解指甲油,用剃须刀或其他小刀橇开盖玻片,刮去残留的指甲油,以便在杂交/检测步骤中能平放上新的盖玻片。
图二、示蛋白酶K处理后的淋巴细胞

16. 在92℃加热块上温育玻片1 min,然后于室温下用2×SSC浸泡5 min。玻片在4℃可存敢2~3周。

来源:丁香实验

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