肽质量检索实验

鉴定数据库中已有序列的蛋白质的算法基于以下一些理念：(1) 肽段是由切点专一的试剂水解蛋白质产生的，通常用已知切点专一的蛋白酶。(2) 这些肽段的质量由 MALDI-MS 或 ESI-MS 精确测定。(3) 计符蛋白序列数据库中的每一序列被实验中所用水解试剂水解后产生的理论肽段的质量。(4) 用试验得到的肽质量与数据库中的肽质量计算值相匹配，计算得分或排序值。这种检索途径有一个明显的限制，就是被鉴

用肽质量数据鉴定蛋白质所控制的实验参数中，最具决定性的参数是肽质量测量的精确度 。质量精确度越高，结果判定越可信。另一决定性参数是所用酶（或化学试剂）的专一性。酶越纯，专一性胞高，检索结果可信。常用的酶是胰蛋内酶。但是要注意的是，即便是高纯度的胰蛋白酶也会在非 Lys, 或 Arg 的氨基酸残基 C 端酶切（其后不是 Pro) 。所有蛋白酶都存在的问题是，如果蛋白序列中有 2个或更多个连续氨基酸残