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利用转座子系统诱变基因组

实验分类:

DNA 实验

最新修订时间:

简介

当前利用模式小鼠研究基因功能主要有两个策略:基因驱动法(gene-driven approach)和表型驱动法(phenotype-driven approach)。基因敲除是典型的基因驱动法,采用此法产生一个基因敲除小鼠大约需要 1 年半的时间,而且只能对已知序列的基因进行操作,不能适应现代生物学高效率、高通量的需要。表型驱动法是指利用化学试剂在较短时间内诱导动物产生大量随机突变表型,或者通过转座子技术产生基因组整体突变,通过筛选获得具有特殊表型的动物并鉴定其遗传基础。


转座子(transposon)是一类可在基因组中发生位置移动的 DNA 片段,其移动过程被称为转座(transposition)。根据转座机制的不同,转座子可分为反转录转座子和 DNA 转座子两类,其中 DNA 转座子具有可被人为改造以及在哺乳动物中高效转座的优势而被广泛采用。常用的 DNA 转座子包括 Sleeping Beauty(SB)、piggyBac(PB)和 Tol2 等。利用转座子可携带较大的外源基因片段在动物体内实现高效转座的特点,解决了转基因动物制备时基因整合率低、表达效率低、随机整合、制作成本高等技术瓶颈问题,从而成为研究小鼠基因功能的常用手段。


原理

利用转座子系统诱变基因组的基本原理是首先将转座子整合入基因组并造成相应的基因突变体,再从中筛选出具有某种特异表型的细胞或个体,进一步通过反式 PCR 技术检测转座子的插入位点,从而研究被突变基因的功能。基因组中的蛋白编码序列只有 2% 左右,单纯的转座子插入有可能插入内含子而不引起表型变化,因此通常采用基因捕获技术 (gene trapping),即在转座子载体的基础上加入启动子、报告基因、剪接供体 (splicerlonor,SD)、剪接受体 (spliceacceptor,SA) 和 polyA 加尾信号等元件,这样可显著提高基因突变体的筛选效率。通过高通批的基因捕获技术与各种转座子及报告基因的联合应用,可以构建全基因组范围的小鼠胚胎干细胞基因突变体文库,为大规模的基因功能研究提供良好的公共资源基础。


(一)SB 转座子系统:SB 转座子系统具有高效、随机整合的特点,可用于小鼠基因组的大规模突变。旧版的 SB 转座子(含有 CAG-GFP) 只能检测转座事件;而新版的转座子利用启动子捕获和 polyA 捕获的原理,可以筛选出发生在内源基因内部的转座事件,并可以确定该内源基因的表达谱。


(二)piggyBac 转座子系统:虽然 SB 转座子系统可以用于小鼠基因组突变,但是仍然存在着转座效率低、转座插入位点集中于(约 40%) 供体附近位点以及转座子载体插入容量有限等缺点。我国复旦大学的科学家在改进转座子突变系统上做出了突出贡献。丁异等改造了一种存在于粉纹夜蛾的 piggyBae (PB) 转座子系统,并深入地研究了 PB 转座子系统在哺乳动物细胞和小鼠体内的转座效率。他们发现,PB 转座子系统可以作为一种小鼠体内的基因诱变工具。PB 转座系统的优势是多方面的。PB 转座子能在生殖细胞中高效转座,可用简单的交配策略快速而高效地产生大量可稳定传代的带有单个 PB 插入的动物品系,并可实现对没有建立胚胎干细胞系的动物的基因诱变。PB 转座后的插入广泛分布于基因组中,由于某些位置原因,尤其偏好基因内部,这样可以使 PB 插入有效地破坏内源基因功能,造成与传统基因剔除诱变产生类似的表型。此外,利用 PB 转座子的精确切离可实现对突变表型的回复,从而进一步确定表型和基因的对应关系。PB 转座子的负载容量大,可同时携带含有多个基因的大片段 DNA。PB 转座子可与基因捕获技术相结合,借助 lacZ 等报告基因显示内源基因的表达谱。

来源:丁香通实验团队

操作方法

SB转座子系统诱变基因组

转座子(transposon)是一类可在基因组中发生位置移动的 DNA 片段,其移动过程被称为转座(transposition)。根据转座机制的不同,转座子可分为反转录转座子和 DNA 转座子两类,其中 DNA 转座子具有可被人为改造以及在哺乳动物中高效转座的优势而被广泛采用。常用的 DNA 转座子包括 Sleeping Beauty(SB)、piggyBac(PB)和 Tol2 等。利用转座子可

piggyBac转座子系统诱变基因组

转座子(transposon)是一类可在基因组中发生位置移动的 DNA 片段,其移动过程被称为转座(transposition)。根据转座机制的不同,转座子可分为反转录转座子和 DNA 转座子两类,其中 DNA 转座子具有可被人为改造以及在哺乳动物中高效转座的优势而被广泛采用。常用的 DNA 转座子包括 Sleeping Beauty(SB)、piggyBac(PB)和 Tol2 等。利用转座子可

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