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核酸序列的检索实验
核酸序列是了解生物体结构、功能、发育和进化的出发点。国际上权威的核酸序列数据库有三个,分别是美国生物技术信息中心(NCBI)的GenBank ,欧洲分子生物学实验室的EMBL-Bank(简称EMBL),日本遗传研究所的DDBJ 。内容来源:广东药学院实验指导手册。
实验概况收录 1 操作方法 · 1 相关问答 · 3 相关文章
位点特异性核酸内切酶的蛋白质工程
3. 方法此处列出的方法概括了为定点突变而做的氨基酸位点选择(见 3.1)、为在细菌细胞中表达而做的 MutH 蛋白突变 ( 见 3.2 ) 和 MutH 变体的鉴定(见 3.3 )。3.1 为定点突变对氨基酸的选择从生物技术信息国家中心基因组基本局部比对搜索工具(basic  local   alignment  search tool,BLAST) 页面( http : //www.   ncbi.   nlriLnih.   gov /BLAST/) [ 24 ] 得到 MutH 蛋白
操作方法所属实验:位点特异性核酸内切酶的蛋白质工程实验
核酸序列分析
查询系统进行人瘦素(leptin) 的基因组序列分析和基因的电子表达谱分析;5.  使用Blast2进行人瘦素(leptin)mRNA序列与其外显子或基因组序列的比对分析。二、实验方法1.  调用Internet浏览器,并在其地址栏输入Entrez网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez;2.  在Search后的选择栏中选择nucleotide;3.  在输入栏输入homo sapiens leptin;4.  点击go后显示序列接受号及序列名称等;5.  查找
操作方法所属实验:核酸序列分析实验
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NCBI BLAST比对结果详细分析

相关专题 NCBI BLAST比对结果报告分析:BLASTNCBI开发的一款序列相似搜索程,常用在线的BLAST比对工具进行序列比对分析和引物设计。 写在解读报告之前的,首先就使用Blast最终的目的是什么达成一致,Blast是通过两两比对,找到数据库中与输入序列最相似的序列,或者说是最相似的序列片段。那么我们看比对结果就是看Blast从数据库中找到哪些相似的序列,然后就是如何相似,这些相似又可以告诉我们哪些信息等。当然Blast

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NCBI BLAST软件比对结果详细分析

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虫媒病毒的直接检测法
病毒的 PrM 基因、黄热病毒的 NS1 基因、登革病毒的 E 基因、蝉传脑炎病毒的 NS5 基因以及基孔肯雅病毒非结构蛋白区的基因作为靶标用于 RT-PCR 种间和型别特异性鉴定。4)序列分析:序列测定结果其中一个重要用途是可借助 GenBank 中的海量资源对所测序列进行同源性分析,并以此鉴定未知序列。如广东出入境检验检疫局在发现我国首例输入性基孔肯雅热病例的过程中,就是以 PCR 扩增片段的序列测定分析作为核实鉴定的重要手段。测出的 521 个碱基序列 BLAST 比对结果显示,与基孔肯雅病毒
操作方法所属实验:虫媒病毒的实验室检测
序列比对
BLAST+序列检索的基本过程可分为如下几步:A. 解压程序。首先创建文件夹,如: D;\blast +。将 ncbi-blast-2.2.28+ -ia-win32.targ 放入该文件夹,解压产生 bin、doc 两个目录以及一些文件。bin 目录中存放的文件是已经编译好的 BLAST+程序,doc 目录中存放的是帮助文档。B. 设置程序环境变量。有多种方法可以让系统知道 BLAST+程序的位置。一种方法是将 BLAST+程序放置到当前工作目录下。第二种方法是在 Dos 中用 path
操作方法所属实验:比较基因组常用分析方法
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【求助】文章与NCBI的矛盾?我该相信谁?

sunshijie12345 各位大虾: 我今天看文章遇到些问题想请教下: 我在很多篇文章里看到 Human Muscle Phosphofructokinase Gene(PFKM)都说位于1号染色体上,但是我在NCBI里查询,该基因却在12号染色体上,请问我该怎么解决这一矛盾,应该相信文章还是该相信NCBI? freecell 写信给作者。 From NCBI, we know

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NCBI的使用指南之Map viewer

Map viewer是NCBI 网站上提供的一个非常有用的寻找基因的工具,通过Map viewer你可以了解你感兴趣基因在基因组中所处的位置、基因序列、内含子及外显子的排列、基因的细胞遗传学图、EST.SNP等等许多有用的信息。进入Map viewer的方法如下:点击NCBI首页的Map viewer 进入Map viewer的首页,在Search下拉框内选择你寻找基因的生物种 类【eg:Homo sapiens(human)】在后面输入你基因的名称(eg:hcn

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siRNA表达载体的构建
,而这些UTR结合蛋白或者翻译起始复合物可能会影响siRNP核酸内切酶复合物结合mRNA从而影响siRNA的效果。 2.  序列同源性分析 将潜在的序列和相应的基因组数据库(人或者小鼠、大鼠等等)进行比较,排除那些和其他编码序列/EST同源的序列。例如使用BLAST( www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)选出合适的目标序列进行合成.并非所有符合条件的siRNA都一样有效,其原因还不清楚,可能是位置效应的结果,因此对于一个目的基因,一般要选择3-5个靶位点来设计siRNA。 通常来说,每个
操作方法所属实验:siRNA 表达载体的构建
🔥 引物设计原理与方法
一、引物设计原则1.引物长度:PCR 的特异性通过引物长度和退火温度控制,一般 16-24 个碱基。2. G+C 含量:G+C 的含量一般控制在 40-60% 左右。3.碱基随机分布。为避免 PCR 产物的突变,一般不建议 3' 端连续相同的碱基,并且目的片段的某一序列连续多个相同碱基的位置,极容易出现突变。二、实验步骤1.目的片段的获取设计引物取决于待扩增的目的片段。在 NCBI 首页的搜索框的下拉菜单中选择 Gene,再在对话框中输入目的基因的名称;选择对应的来源之后,选择对应需要的亚型
操作方法所属实验:PCR 引物设计及评价实验
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NCBI设计PCR引物图文详解,看了就会

首先打开NCBI主页,大E浏览器有时候打不开,可以换个浏览器试试http://www.ncbi.nlm.nih.gov/然后按照以下步骤进行就可以了打开主页后,选择Gene,然后在后面输入目的基因名,基因后面可以加空格然后加种属缩写,不知道种属缩写也可以不加点击Search找到目的基因,注意后面标记的种属,然后点基因名进入下一页面后,向下拉,直到mRNA and Protein,点击红色数字向下拉复制序列,然后另打开NCBI主页,点右侧第五个Blast向下翻到specialized blast

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NCBI在线Blast的图文说明

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。 NCBI的在线blast: 1,进入在线blast界面,可以选择blast特定的物种(如人,小鼠,水稻等),也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。

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基本方案
1.  为保证待测目的区域测序真实可靠,引物设计应该使待测目的区域边界距离上下游引物至少各50 bp; 2.   引物设计建议使用在线方式,以保证成功率; 3.  为保证测序敏感性,PCR产物片段大小应在250 bp-650 bp范围; 4.  为方便实验,建议引物合成时分装成1 o.d/管,方便将PCR与测序的引物分开; 5.  为保证引物的特异性,建议引物设计后在NCBIblast确认; 6.  为防止降解,PCR产物应尽快测序,否则应该保存在-20℃,且时间不宜过长; 7.  为保证
操作方法所属实验:单核苷酸多态性(SNP)实验
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