信号检测时，每一个细胞通过激光，机器的探头都会检测到一个荧光信号，在内部产生一个电脉冲信号（波），这个信号机器记录为一个峰值，每一个峰值都有三个参数，高度（H），宽度（W）和曲线下面积（A），H 和W都是直接测出的，而A是根据机器的设置就算得出。
这三个参数都可以作为流式细胞仪结果图的坐标。比如PI（FL-2，老式的机器用这个来表示荧光通道的数目，一般是1-4）的信号，既可以用PI-H来作图，也可以用PI-A来作图，而W则一般是用作区分单细胞的。因为如果多于一个以上的细胞粘附在一起通过激光，就会导致时间变长，W增加。
