防御素目的基因怎么找?

1.NCBI中的mRNA通常是指已经被转录成mRNA的基因序列。而cDNA是通过反转录过程将mRNA转化为DNA而得到的。所以，可以说NCBI中的mRNA是cDNA的其中一条链，但并不是完全等同于cDNA。 

2.文献中的基因序列比NCBI的基因序列短可能有多种原因。一种可能是文献中提及的基因可能只包含核心部分的序列，而NCBI中的序列可能包含了更多的非编码区域。另一种可能是NCBI中的序列可能经过了更新或修正，因此会包含更多的序列信息。 

3.在设计引物时，通常会利用NCBI中的CDS序列。CDS序列是编码区域的序列，包含了编码蛋白质所需的信息。通过选择CDS序列作为引物设计的目标，可以确保引物会特异性地结合到目标基因的编码区域上。

首先，打开NCBI主页，选择需要查询的数据库，以查询基因序列为例，选择“Gene”，并在搜索框内输入查询内容，点击Search。若是您感兴趣的是防御素蛋白相关的信息，可以选择“Protein”；

Search后出现所有已经Report的所有序列，以及基因名称、种属、ID号等信息

如果是CDS和CDS比较，确定是coding的部分少了200多，那有可能是alternative splicing或者alternative transcription start/end sites。在不同的组织、发育时期、生理状态下出现alternative splicing比较正常，这样的话你做的就是一个isoform。另外你还可以再确认一下，有时候会有3’UTR或者特殊的3‘端的序列editing，这样一来也会导致长度出现明显差别。如果你现在的结果对于基因的功能研究都比较确定，可以查一查这个基因在其他物种里有没有alternative splicing的现象，然后当成一个isoform就好了，没什么影响。

1. NCBI中的mRNA序列不完全等同于cDNA序列,但两者有很大重合部分。mRNA是通过转录自DNA而来的单链核酸序列,包含外显子序列。cDNA是通过逆转录酶反转录合成自mRNA而来,也包含外显子序列。但cDNA还包含5'端帽结构和3'端聚A尾。所以mRNA和cDNA在内含序列上有很大的重合性,但并不完全一致。

2. NCBI中的基因序列可能比文献报道的序列短的原因有:

(1) NCBI采用的基因序列来自更准确的最新测序结果;

(2) 文献报道的序列可能只是对基因片段的测序;

(3) NCBI序列去除了一些内含子序列。

3. 设计引物时主要是基于mRNA序列的编码区CDS设计。CDS代表编码蛋白质的区域,对应于外显子序列。设计引物时选取CDS区域,可以保证扩增出的片段包含编码蛋白质的序列信息。