全谱分析能鉴定到多少蛋白?定量分析呢？

全谱分析(Shotgun Proteomics)和定量分析(Quantitative Proteomics)在蛋白质组学研究中所能鉴定的蛋白数量存在差异:

1. 全谱分析主要目的是扩大蛋白质组的覆盖范围,鉴定样品中存在的所有蛋白质。一般能够鉴定上千到上万个蛋白。

2. 定量分析在一定覆盖范围内,精确比较不同样本中蛋白的相对丰度。通常每次能定量数百到上千个蛋白。

3. 全谱分析中,通过肽段组合、多次分析等策略,可以将蛋白质组覆盖度大幅提高到数万个。

4. 定量分析通过多标签等技术提高通量,也可扩大到上万级蛋白的定量。

5. 但全谱分析和定量分析的蛋白数量取决于样品类型、检测技术等多种因素。

6. 通常全谱分析致力于发现蛋白质组成,而定量分析注重差异蛋白筛选。两者有不同侧重点。

7. 优化策略可以扩大两种方法的蛋白覆盖数量,但都存在技术限制。

所以,在设计实验时,需要根据研究目的,平衡蛋白质组覆盖度和精确定量的需求。

这取决于分析样品的复杂程度、数据库完善度、蛋白含量和蛋白质组分离程度等。如植物来源的样本中蛋白质种类和数量通常比动物来源的样本多，动物组织样本中蛋白质种类和数量比其血液样本多。通常情况下，全谱分析可以鉴定到1000~3000种蛋白。

一般情况下,常规样本全谱分析能鉴定到1000～3000个蛋白,定量蛋白质组学能鉴定到2000～6000个蛋白。