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使用最通用的凝胶过滤方法,选择分离范围广阔的介质如Superose、Sephacryl HR依据分子量将 样品分成不同组份。用含专一配体或抗体的亲和层析介质结合目标蛋白。亦可用各种活化偶联介质偶联目标蛋白的底物、受体等自制亲和介质,再用以结合目标蛋白。一步即可得到高纯度样品。
体积大的样品,往往使用离子交换层析加以浓缩及粗纯化。高盐洗脱的样品,可再用疏水层析纯化。疏水层析利用高盐吸附、低盐洗脱的原理,洗脱样品又可直接上离子交换等吸附性层析。两种方法常被交替使用于纯化流程中。
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混合物的分离程度主要决定于凝胶颗粒内部微孔的孔径和混合物相对分子质量的分布范围。和凝胶孔径有直接关系的是凝胶的交联度。凝胶孔径决定了被排阻物质相对分子质量的下限。移动缓慢的小分子物质,在低交联度的凝胶上不易分离,大分子物质同小分子物质的分离宜用高交联度的凝胶。
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凝胶的颗粒粗细与分离效果有一定的直接关系。一般来说,细颗粒分离效果好,但流速慢;而粗颗粒流速快,但会使区带扩散,使洗脱峰变平而宽。所以,如果要用细颗粒凝胶宜用大直径的层析柱,用粗颗粒时用小直径的层析柱。在现实的实际操作中,要根据工作需要,选择适当的颗粒大小并调整流速。