求问怎么用软件预测蛋白的靶标位点，用什么软件比较好，求问，有偿求助

都是用机器学习的方法，比较常用的是CSS-Palm，入门相对简单，首先搜索“CSS-Palm”或者复制网站地址进入（http://csspalm.biocuckoo.org/）。

1. STEP1：点击“ONLINE”，左侧显示的是我们可以预测的修饰类型。 比如我们以乙酰化为例，点击进入乙酰化位点预测界面。
2. STEP2：点击界面上方“PREDICTION”，这里需要用到的蛋白序列的FASTA格式，选中所有的乙酰化酶，点击“Submit”。
3. 结果输出：在预测出的结果中，我们可以知道修饰位点的位置，发生修饰的肽段序列以及可能促进该位点发生乙酰化修饰的乙酰化酶。

有许多软件可以用于预测蛋白的靶标位点，其中一些主要的软件包括：

1. AutoDock: AutoDock是一种常用的分子对接软件，可用于预测小分子与蛋白靶标的结合位点。它具有广泛的应用领域，并且有一个易于使用的图形用户界面。

2. SwissDock: SwissDock是一个在线分子对接服务器，可以用于预测蛋白与小分子的结合位点。它基于AutoDock Vina算法，并提供了友好的用户界面和高度自动化的工作流程。

3. PatchDock: PatchDock是一种用于预测蛋白蛋白对接的软件，可以预测蛋白蛋白相互作用的结合位点。它适用于预测蛋白与蛋白之间的相互作用，并提供了一套工具来分析和可视化结果。

4. HADDOCK: HADDOCK是一种用于蛋白蛋白和蛋白小分子对接的软件，可以预测蛋白结合位点。它结合了实验数据和计算方法，提供了高度集成的工作流程和可视化工具。

这些软件在蛋白靶标位点预测方面都有一定的优势和适用性。最佳的软件选择取决于你的具体需求和研究对象。一般来说，AutoDock和SwissDock是较为常用和易于使用的工具，而PatchDock和HADDOCK则更专注于蛋白蛋白对接。

可以用BATMAN-TCM、STITCH、SwissTargetPrediction 这三个工具都能预测靶蛋白及功能！