蛋白组学数据，为什么一个样品的3个重复，对于某一个蛋白，2个重复值很高，另1个却为缺失

有可能是样本本身存在实际的生物学变异。不同细胞亚群中该蛋白表达水平真的存在差异。

在蛋白组学数据分析中,同一样本不同重复中某个蛋白丰度差异很大的情况有以下几点原因:

1. 实验操作过程中的误差导致样本间蛋白提取效率不同。例如裂解不完全,提取回收率变化等。

2. 色谱分离和质谱检测的技术波动。同一样本重复间质谱采集情况可能会有细微变化。

3. 数据处理中的误差。如配对错误,定量计算错误等。

4. 样本本身存在实际的生物学变异。不同细胞亚群中该蛋白表达水平真的存在差异。

5. 如果是低丰度蛋白,数据 acquisition时可能由于低丰度而在某些重复中并未被检测到。

6. 可能存在蛋白质水平的真实动态变化,某些重复刚好捕捉到这一变化过程。

7. 数据重复性本身不足,需要增加实验重复次数。

针对此情况, 首先需要检查实验操作过程,然后对比原始数据查看质谱采集情况,再排查数据分析处理过程。如果这些都排除问题后,则需要考虑结果是否反映样本本身的生物学变异,这需要增加实验验证。综合各方面信息进行判断。

考虑是蛋白序列的空间结构导致的，可以增加重复次数