虫博士的丁香园
就是网络文件和属性文件的准备,感觉很模糊,因为疾病间的通路有重叠,但不同疾病的相同通路又有不同之处,不知如何下手。
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网络药理学在疾病相关网络的背景下,评价中药“多成分、多靶点和多通路”协同作用。网络药理学研究主要包括数据获取和网络分析两大部分。中药网络药理学通过构建和分析疾病相关网络、药物影响网络,识别疾病和药物影响的信号通路和生物学过程,阐明中药方剂的作用机制。
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构建疾病-成分-靶点-通路的网络是一个复杂的过程,需要对数据进行充分的准备和处理。
首先,准备好疾病、成分、靶点和通路的数据。这些数据可以从多个来源获取,如药物数据库、靶向药物数据库、基因数据库和临床试验数据等。在这些数据中,可能会有重复或缺失的部分,需要进行清理和整合。
其次,建立疾病、成分、靶点和通路之间的关系。这可以通过建立多层次的关系来实现,如疾病-靶点关系、成分-靶点关系和靶点-通路关系等。在建立关系时,可能需要考虑不同疾病间相同靶点和通路的差异性。
最后,将建立好的关系组成网络,可以使用各种网络分析工具对网络进行分析,如社区发现、中心性分析、对称性分析等。
需要注意的是,这个过程是一个迭代的过程,可能需要不断调整和优化才能得到最终的网络。
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网络药理学的研究包含三个部分的内容:数据收集、网络分析、实验验证。
1.数据收集模块主要包括4个部分:
中药饮片/复方成分的收集可以通过两种方式:
中药代谢组学检测和数据库,数据库主要包括TCMSP、TCMID、TCM;
成分靶点收集主要通过数据库获取:
TCMSP(结合uniprot)、Swiss target Prediction;
疾病靶点收集主要通过数据库获取:
GeneCards、DisGeNET、OMIM;
靶点通路分析:
使用数据库Metascape、DAVID、KOBAS进行富集通路收集;
2.网络分析
通过CytoScape搭建中药-成分-靶点网络图;
通过STRING数据库进行蛋白质互作分析(PPI);
3.实验验证
文献验证
计算化学实验验证
酶/蛋白水平实验验证
细胞模型实验验证
动物模型实验验证
临床实验验证
每一个验证都是在较上一个验证更加深入,较多的验证类型包含三个:酶/蛋白水平、细胞模型和动物模型。