探针法荧光PCR可以同时扩增3kb和2kb的基因吗

可以是可以的，但是后续产物需要跑胶纯化

理论上是可以的，你可以试一试。

只要你extension time足够扩增3kb的这个基因，用荧光pcr可以同时扩增。但是你的实验目的是什么呢？

如果是用realtime pcr检测基因表达水平，不用非要把整个基因都扩增出来。