用Autodock之前需要准备哪些知识

需要安装autodock 和autodock tools，都是免费的软件，网上搜索一下按提示进行安装即可。准备蛋白和小分子的pdb文件PDB蛋白数据库网址https://www.rcsb.org/PubChem小分子数据库https://www.pubchem.ncbi.nlim.nih.gov/准备坐标文件---AutoGrid---docking---分析对接结果---analyze

autodock使用分为ADT和vina。ADT有可视化界面，vina需要用命令，但可以处理多个数据。ADT的使用：可参考官网tutorial，配置环境后，linux系统下调用命令为adt。 vina可以做单分子对接，也可以做虚拟筛选，配置好环境后，vina命令即可调出 。单个分子对接，需要指定配体和受体的PDBQT文件和搜索区域的位置和大小，然后执行命令。