佚名 质粒和噬菌体 载体 只能在细菌中繁殖,不能满足真核DNA重组需要。感染动物的病毒可改造用作动物细胞的 载体 。由于动物细胞的培养和操作较复杂、花费也较多,因而病毒 载体 构建时一般都把细菌质粒复制起始序列放置其中。使载体及其携带的外来序列能方便地在细菌中繁殖和克隆,然后再引入真核细胞。目前病毒载体常用者有改造来自猴肾病毒SV40(Simian Virus 40)、逆转录病毒和昆虫杆状病毒等,使用这些病毒载体的目的多为将目的基因或序列放入动物细胞中表达或试验其功能、或作基因治疗等(见后)。 人 基因组 十分庞大,约含4×109bp,建立和筛选人的基因组文库,要求有容量更大的载体,酵母人工染色体(yeast artificial chromosome,YAC)载体应运而生。YAC含有 酵母 染色体 端粒 (telesome)、着丝点(centromere)及
佚名 如果目的序列两端有与 载体 上相同的限制性核酸内切酶位点,则同一限制酶切开产生的粘末端,在降低温度退火时,能重新互补结合,在DNA连接酶催化下,目的序列就与 载体 DNA链相连接(见图20-5)。 图20-5 同一限制酶切割DNA粘性末端的连接 不同的限制性内切酶切,如果产生的DNA的粘末端相同,也同样可用此法连接,如识别6bp序列的BamHⅠ和识别4bp序列的Sau3aⅠ切割DNA后都产生5’突出粘性末端GATC,可以互补结合连接。 如果在连接的两个DNA片段没有能互补的粘性末端,可用末湍核苷酸转移酶催化脱氨单核苷酸添加DNA的3’末端,例如一般DNA3’端加上polyG,另一股DNA加上polyC,这样人工在DNA两端做出能互补的共核苷酸多聚物粘性末端,退炎后能结合连接(图20-6),这样方法称为同聚物加尾法。 图20-6 同聚物加尾连拉法 对平末端的DNA,也可先连上人工设计合成的脱氧
佚名 从生物组织细胞提取出全部DNA,用物理方法(超声波、搅拌剪力等)或酶法(限制性核酸内切酶的不完全酶解)将DNA降解成预期大小的片段,然后将这些片段与适当的 载体 (常用噬菌体、粘粒或YAC 载体 )连接,转入受体细菌或细胞,这样每一个细胞接受了含有一个 基因组 DNA片段与 载体 连接的重组DNA分子,而且可以繁殖扩增,许多细胞一起组成一个含有基因组各DNA片段克隆的集合体,就称为基因组DNA文库(genomic DNA library)。如果这个文库足够大,能包含该生物基因组DNA全部的序列,就是该生物完整的基因组文库,能从这文库中钓取该生物的全部基因或DNA序列。从基因组含有生物生存、活动和繁殖的全部遗传信息的概念出发,基因组文库是具有生物种属特异性的。 构建基因组文库,再用分子杂交等技术去钓取基因克隆的方法,称为鸟枪法或散弹射击法,意味着从含有众多的基因序列克隆群中去获取目的基因或序列。当生物
佚名 以mRNA为模板,经反转录酶催化合成DNA,则此DNA序列与mRNA互补,称为互补DNA或cDNA。提取出组织细胞的全部mRNA,在体外反转录成cDNA,与适当的 载体 常用噬菌体或质粒 载体 连接后转化受体菌,则每个细菌含有一段cDNA,并能繁殖扩增,这样包含着细胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合称为该组织细胞的cDNA文库, 基因组 含有的基因在特定的组织细胞中只有一部分表达,而且处在不同环境条件、不同分化时期的细胞其基因表达的种类和强度也不尽相同,所以cDNA文库具有组织细胞特异性。cDNA文库显然比基因组DNA文库小得多,能够比较容易从中筛选克隆得细胞特异表达的基因。但对真核细胞来说,从基因组DNA文库获得的基因与从cDNA文库获得的不同,基因组DNA文库所含的是带有含子和外显子的基因组基因,而从cDNA文库中获得的是已经过剪接、去除了内含子的cDNA。 图20-9 cDNA文库的构建
佚名 随化学合成技术的发展,现在计算机控制的全自动核酸合成仪已被广泛应用,按人们设计好的序列一次合成100-200bp长的DNA片段已不成问题。可能用这些合成的片段组合连接成完整的基因。但目前人工合成基因最大的限制是人们并未掌握怎样的核酸序列能具有生命功能的规律,例如1kb长的DNA最通常编码功能蛋白质的基因长度就可以有~10600种不同的序列,随意合成的DNA绝大多数肯定是不具有生物功能或无法知道它会有什么功能的,因而只能模仿自然界生物中已知的基因序列来合成,而化学合成这样长的基因DNA序列,其价格远高于用PCR法获得基因,所以目前很少全部用化学方法去合成基因。但人工设计化学合成核酸片段作为引物、接头等已经是分子生物学和基因工程中必不可少的、十分重要的手段。
佚名 目的基因序列与 载体 连接后,要导入细胞中才能繁殖扩增,再经过筛选,才能获得重组DNA分子克隆,不同的 载体 在不同的宿主细胞中繁殖,导入细胞的方法也不相同。 一、转化 由于外源DNA的进入而使细胞遗传性改变称为转化,早在1943年,Avery等就发现有毒肺炎双球菌的DNA与无毒肺炎双球菌共培养后产生有毒性的肺炎双球菌后代的转化现象。但DNA进入细胞的效率很低,在分子生物学和基因工程工作中可采取一些方法处理细胞,经处理后的细胞就容易接受外界DNA,称为 感受态细胞 ,再与外源DNA接触,就能提高转化效率。例如大肠杆菌经冰冷CaCl2的处理,就成为感受态细菌,当加入重组质粒并突然由4℃转入42℃作短时间处理,质粒DNA就能进入细菌;用高电压脉冲短暂作用于细菌也能显著提高转化效率,这称为电穿孔(electroporation)转化法。 二、感染 噬菌体进入宿主细菌,
佚名 目的序列与 载体 DNA正确连接的效率、重组导入细胞的效率都不是百分之百的,因而最后生长繁殖出来的细胞并不同都带有目的序列。一般一个 载体 只携带某一段外源DNA,一个细胞只接受一个重组DNA分子。最后培养出来的细胞群中只有一部分、甚至只有很小一部分是含有目的序列的重组体(recombinant)。将目的重组体筛选出来就等于获得了目的序列的克隆,所以筛选(dcreening)是基因克隆的重要步骤。在构建 载体 ,选择宿主细胞、设计分子克隆方案时都必须仔细考虑筛选的问题。以下就常用技术的基本原理加以介绍。 一、根据重组载体的标志作筛选 最常见的载体携带的标志是抗药性标志,如抗氨�青霉素(anpr)、抗四环素(terr)、抗卡那霉素(kanr)等。当培养基中含有抗生素时,只有携带相应抗药性基因载体的细胞才能生存繁殖,这就把凡未能接受载体DNA的细胞全部筛除掉了。如果外源目的序列是插入在载体的抗药性基因中间使这抗药
佚名 使克隆的基因在细胞中表达对理论的研究和实验的应用都是十分重要的意义的。克隆的基因只有通过表达才能探索和研究基因的功能以及基因表达调控的机理,克隆基因表达出所编码的蛋白质可供作结构与功能的研究。有些具有特定生物活性的蛋白质在医学上、以至在工业上都是很有应用价值的,可以克隆其基因使之在宿主细胞中大量表达而获得。要使克隆基因在宿主细胞中表达,就要将它放入带有基因表达所需要的各种元件的 载体 中,这种 载体 就称为表达 载体 (expression vector)。克隆基因可以放在不同的宿主细胞中表达,可用大肠杆菌、枯草杆菌、 酵母 、昆虫细胞、培养的哺乳类动物细胞、以至整体动物。对不同的表达系统,需要构建不同的表达载体。克隆基因在不同的系统中表达成功的把握性,取决于我们对这些系统中基因表达调控规律的认识程度。 图20-11 几种常用的大肠杆菌表达载体 人类对大肠杆菌经过长期的研究,对其特性和
佚名 作为分子生物学发展的重要组成部分,DNA重组及基因工程技术给生命科学带来了革命性变化,促进着生命科学各学科研究和应用的进步,对推动医学各领域的发展同样起着重要的作用。 一、对人类遗传信息的认识 遗传信息决定生物的形态和特征,是生物生存之本。估计人类的 基因组 DNA约有4×109bp,含有约5-10万个基因,但至今人类对自己赖以生存繁衍的这个庞大的遗传信息库还知之甚少,目前已经知道的人基因只占估计数的百分之几,已搞清楚其表达调控者更寥寥无几,对占基因组80-90%不为蛋白质编码序列的认识更少,因而实际上我们现在对自己生存的基础和实质只有很表面的肤浅认识,设想如果人类掌握了自身全部遗传信息的结构、功能、表达和调控,无疑将能够深刻认识人的生长、发育、生存、繁衍的整个生老病死历程,将能对疾病的诊断、治疗和预防提出极有效的措施,将能真正掌握自己生存和发展的命运。 DNA重组技术的出现和发展,就使人们有可能去深入探索这个重大的课题。1985年提
佚名 基因工程又称遗传工程,是生物工程的主导技术。DNA重组技术或分子克隆是基因工程的核心。分子生物学研究中发现的许多核酸酶类都可用作基因工程的工具。其中能识别特定的回文序列并切割DNA双链的Ⅱ类限制性核酸内切酶在DNA重组技术中被广泛应用。 当前目的基因序列主要来源于自然界的生物,无性繁殖的纯基因称为基因克隆,目的基因或核酸序列必须由 载体 携带进入宿主细胞复制繁殖才能分离到克隆。常用的 载体 有质粒、噬菌体、病毒、 酵母 人工染色体等, 载体 必须能携带目的序列有效地进入宿主细胞复制繁殖,并应当具有良好的标志可供识别和筛选,常用有抗药性和α互补蓝白筛选标志等。为获得目的基因克隆,可构建生物的 基因组 文库,完整的基因组文库是含有该生物全部遗传信息的克隆集合体,从基因组文库中可以克隆得该生物的基因组基因;以mRNA为模板经反转录酶催化合成与NRA序列互补的DNA称为cDNA,可以从组织细胞提取m
佚名 高等生物所处的环境无时无刻不在变化,机体功能上的协调统一要求有一个完善的细胞间相互识别、相互反应和相互作用的机制,这一机制可以称作细胞通讯(Cell Communication)。在这一系统中,细胞或者识别与之相接触的细胞,或者识别周围环境中存在的各种信号(来自于周围或远距离的细胞),并将其转变为细胞内各种分子功能上的变化,从而改变细胞内的某些代谢过程,影响细胞的生长速度,甚至诱导细胞的死亡。这种针对外源性信号所发生的各种分子活性的变化,以及将这种变化依次传递至效应分子,以改变细胞功能的过程称为信号转导(Signal Transduction),其最终目的是使机体在整体上对外界环境的变化发生最为适宜的反应。在物质代谢调节一章中曾涉及到神经-内分泌系统对代谢途径在整体水平上的调节,其实质就是机体内一部分细胞发出信号,另一部分细胞接收信号并将其转变为细胞功能上的变化的过程。所以,阐明细胞信号转导的机理就意味着认清细胞在整个生命过程中的增殖、分化、代谢及死亡等诸方面的表现和调控方式,进而理解机体
佚名 单细胞生物仅与环境交换信息,高等生物则根据自然需求进化出一套精细的调控通讯系统,以保持所有细胞行为的协调统一。细胞间主要以如下三种方式进行联络(图21-1)。 图21-1 三种细胞通讯的基本方式 (一)细胞间隙连接 细胞间隙连接(Gap Junction)是一种细胞间的直接通讯方式。两个相邻的细胞间存在着一种特殊的由蛋白质构成的结构-连接子(Connexon),其结构见图21-2和图21-3。连接子两端分别嵌入两个相邻的细胞,形成一个亲水性孔道。这种孔道允许两个细胞间自由交换分子量为1500道尔顿以下的水溶性分子。这种直接交换的意义在于,相邻的细胞可以共享小分子物质,因此可以快速和可逆地促进相邻细胞对外界信号的协同反应。 图21-2 间隙连接功能示意图 荧光标记的不同大小的分子注入细胞后,依靠间隙连接进入另外一个细胞,图中数字表示分子量。 图21-3 间隙连接结构示意图 连接子为一个多基因家庭,
佚名 脂溶性化学信号(如类固醇激素、甲状腺素、前列腺素、维生素A及其衍生物和维生素D及其衍生物等)的受体位于细胞浆或细胞核内。激素进入细胞后,有些可与其胞核内的受体相结合形成激素-受体复合物,有些则先与其在胞浆内的受体结合,然后以激素-受体复合物的形式进入核内。 图21-7 类固醇激素及其受体的作用机理示意图 这些受体均属于转录因子,并具有锌指结构作为其DNA结合区(见第十九章)。在没有激素作用时,受体与热休克蛋白(Heat shock proteins, Hsps,见第一章)形成复合物,因此阻止了受体向细胞核的移动及其与DNA的结合。当激素与受体结合后,受体构象发生变化,导致热休克蛋白与其解聚,暴露出受体核内转移部位及DNA结合部位,从而激素受体复合物向内转移,并结合于DNA上特异基因邻近的激素反应元件(hormone response element, HRE)上(图21-7)。 不同的激素-受体复合物结合于不同的激素反应元件(表21-1)。结合于激素反应元件的激素
佚名 与脂溶性的化学信号不同,亲水性信号分子(所有的肽类激素、神经递质和各种细胞因子等)均不能进入细胞。它们的受体位于细胞表面。这些受体与信号分子结合后,可以诱导细胞内发生一系列生物化学变化,从而使细胞的功能如生长、分化及细胞内化学物质的分布等发生改变,以适应微环境的变化和机体整体需要。这一过程可以称之为跨膜信号转导。在这一信号转导过程中,信号分子不进入细胞。虽然有些信号分子与受体结合后可以发生内化(internalization),但这不是主要的作用方式。这种位于膜表面的受体所介导的信号传递主要表现为,各种参与信号传递的信号分子的构象、浓度或分布发生变化,各种信号分子之间发生相互识别和相互作用。
佚名 离子通道型受体是一类自身为离子通道的受体。这种离子通道与受电位控制的离子通道及受化学修饰调控的离子通道不同,它们的开放或关闭直接受配体的控制,其配体主要为神经递质。 图21-8 乙酰胆碱受体的结构模式图 图21-8显示了作为离子通道受体的典型代表-乙酰胆碱受体的结构模式。乙酰胆碱受体是由5个同源性很高的亚基构成,包括2个α亚基,1个β亚基,1个γ亚基的和1个δ亚基。每一个亚基都是一个四次跨膜蛋白,分子量约60kd,约由500个氨基酸残基构成。推测跨膜部分为四条α螺旋结构,其中一条α螺旋含较多的极性氨基酸,就是由于这个亲水区的存在,使五个亚基共同在膜中形成一个亲水性的通道。乙酰胆碱的结合部位位于α亚基上。� 乙酰胆碱受体可以以三种构象存在(图21-9)。两分子乙酰胆碱的结合可以使之处于通道开放构象,但即使有乙酰胆碱的结合,该受体处于通道开放构象状态的时限仍十分短暂,在几十毫微秒内又回到关闭状态。然后乙酰胆碱与之解离,受体则恢复到初始状态,做好重新接受配体的准备。
佚名 在DNA的一级结构中,四种碱基A,T,C,G远非均匀分布,尽管双螺旋的构型大体相同,但沿着DNA链各处的物理结构不完全相同,各处双螺旋的稳定性也就显示出差别,充分体现了DNA一级结构决定高级结构的原理。其不均一性(heterogeneity)主要有: 1.反向重复序列(inverted repeats) 又称回文序列(palindrome),它能在DNA或RNA中形成发夹结构。这种回文结构通常是作为一种特别信号,如限制性核酸内切酸(restriction encl闩迥onuclease)及调节蛋白的识别位点,转录终止信号等。 2.富含A/T的序列 在高等生物中,A+T与G+C的含量差不多相等,然而在它们的染色体某一区域,A・T含量可能相当高。如在很多有重要调节功能的DNA区段都富含A・T,特别是在复制起点和启动子的Pribnow框(真核生物为TATA框)的序列中,其对于复制和起始十分重要。因为A-T对只有二条氢键,此处的双链较G-C对处易于解开,有利于起始复合物的形
佚名 真核生物的染色体(chromasome)在细胞生活周期的大部分时间里都是以染色质(chromatin)的形式存在的。染色质是一种纤维状结构,叫做染色质丝,它是由最基本的单位�核小体(nucleosome)成串排列而成的。DNA是染色体的主要化学成分,也是遗传信息的 载体 ,约占染色体全部成分的27%,另外组蛋白和非组蛋白占66%,RNA占6%。 组蛋白(histones)是一种碱性蛋白质,等电点一般在PH10.0以上,其特点是富含二种碱性氨基酸(赖氨酸和精氨酸),根据这两种氨基酸在蛋白质分子中的相对比例,将组蛋白分为五种类型(表15-6)。 表15-6 五种组蛋白分子的基本参数 种类 类型 碱性氨基酸 酸性 氨基酸 碱性氨基酸/酸性氨基酸 氨基酸 残基数
佚名 核小体是构成染色质的基本结构单位,使得染色质中DNA、RNA和 蛋白质组 织成为一种致密的结构形式。核小体由核心颗粒(core particle)和连接区DNA(linker DNA)二部分组成,在电镜下可见其成捻珠状,前者包括组蛋白H2A,H2B,H3和H4各两分子构成的致密八聚体(又称核心组蛋白),以及缠绕其上一又四分之三圈长度为146bp的DNA链;后者包括两相邻核心颗粒间约60bp的连接DNA和位于连接区DNA上的组蛋白H1(图15-12),连接区使染色质纤维获得弹性。核小体是DNA紧缩的第一阶段,在此基础上,DNA链进一步折叠成每圈六个核小体,直径30nm的纤维状结构,这种30nm纤维再扭曲成襻,许多襻环绕染色体骨架(Scaffold)形成棒状的染色体,最终压缩将近一万倍。这样,才使每个染色体中几厘米长(如人染色体的DNA分子平均长度为4cm)的DNA分子容纳在直径数微米(如人细胞核的直径为6-7μm)的细胞核中。 图15-12A DN
佚名 DNA是遗传信息的 载体 ,遗传信息的作用通常由蛋白质的功能来实现,但DNA并非蛋白质合成的直接模板,合成蛋白质的模板是RNA。正常细胞遗传信息的流向是: 与DNA相比,RNA种类繁多,分子量相对较小,一般以单股链存在,但可以有局部二级结构,其碱基组成特点是含有尿嘧啶(uridin,U)而不含胸腺嘧啶,碱基配对发生于C和G与U和A之间,RNA碱基组成之间无一定的比例关系,且稀有碱基较多。此外,tRNA还具有明确的三级结构。 表15-7 RNA的分类 细胞核和胞液 线粒体 功能 核蛋白体RNA rRNA mt tRNA 核蛋白体组成成分 信使RNA mRNA mt mRNA 蛋白质合成模板
佚名 遗传信息从DNA分子抄录到RNA分子中的过程称为转录(transcription)。在真核生物中,最初转录生成的RNA称为不均一核RNA(heterogeneous nuclear RNA,hnRNA),然而在细胞浆中起作用,作为蛋白质的氨基酸序列合成模板的是mRNA(messenger RNA)。hnRNA是mRNA的未成熟前体。两者之间的差别主要有两点:一是hnRNA核苷酸链中的一些片段将不出现于相应的mRNA中,这些片段称为内含子(intron),而那些保留于mRNA中的片段称为外显子(exon)。也就是说,hnRNA在转变为mRNA的过程中经过剪接,被去掉了一些片段,余下的片段被重新连接在一起;二是mRNA的5′末端被加上一个m7pGppp帽子,在mRNA3′末端多了一个多聚腺苷酸(polyA)尾巴。mRNA从5′末端到3′末端的结构依次是5′帽子结构,5′末端非编码区,决定多肽氨基酸序列的编码区,3′末端非编码区,和多聚腺苷酸尾巴。多聚腺苷酸尾一般由数十个至一百几十个腺苷酸连接而