扩张型心肌病（Dilated Cardiomyopathy or DCM），是一种常见的心肌病。主要表现为心腔扩大，心肌肥厚、心脏功能减弱。目前，DCM 的病因及发病机制不明。整合素以及整合素相互作用蛋白在维持心肌细胞骨架的结构方面具有重要的作用。心肌特异性去除 β- 整合素（β-Integrin）会诱发扩张型心肌病。小鼠心肌低表达整合素相关激酶 ILK（Integrin Link Kinase）也会导致早发扩张型心肌病甚至自发心衰。但是，对于整合素引起的肥厚性心肌病的具体机制知之甚少。2019 年 11 月 26 日，来自北京大学基础医学院的张宏权教授团队在 Cell Death and Disease 杂志上发表题为《Kindlin- 2 suppresses transcription factor GATA4 through interaction with SUV39 H1 to attenuate hypertrophy》的研究论文。该研究发现整合素相互作用蛋白 Kindlin- 2 通过调控组蛋白 H3K9 甲基化抑制 GATA4 的表达，保护心脏免于异丙肾上腺素 (IS

为了对抗植物病害，确定致病因子是必要的，也是困难的。筛选携带不寻常结构域的植物免疫受体可以提供一条捷径。我们所有的食物，不管是从我们的盘子里还是从我们的牛身上，都是从农作物中获取的，而五岁以下的死亡人数中，有将近一半是由于营养不良造成的，保护作物免受疾病的危害具有很高的人道主义优先权——因此，很好的消息是，Panagiotis Sarris及其同事最近在BMC Biology上发表的一篇论文为发现新的抗病源提供了很有希望的资源。细胞系是生物学家武器库中最有价值的工具之一。但最近的研究表明，多达六分之一的研究人员正在研究被腐蚀或污染的细胞，因此需要进行彻底的改变以保持生物研究的完整性。山姆·弗雷泽解释了更多。致病微生物依赖于“效应蛋白”，它们通过操纵营养物质的传递或抑制宿主植物的免疫反应来增强其毒性。因此，保护作物的一个可能途径是对这些效应蛋白的靶点进行基因修饰，使它们仍然可以为植物发挥作用，但不能被效应蛋白操纵。战胜毒力在茉莉酸受体（一种重要的植物信号激素）的研究中，张和他的同事最近证明了这种方法在原理上的可行性。茉莉酸受体是毒力因子的一个共同靶点，因为它的激活使植物对在其活组织内完成

Copaxone（克帕松）是一种治疗多发性硬化（MS）的药物。人们认为遗传学可能解释了病人对药物反应的变异性。今天发表在《基因组医学》上的一项研究调查了多发性硬化患者对共轴的反应与基因中单核苷酸多态性之间的关系。多发性硬化（MS）是一种具有已知遗传影响的慢性神经系统疾病。遗传学决定了谁得了多发性硬化症，病情有多严重，进展有多快。MS患者对药物有不同的反应，有些患者的反应明显好于其他患者。多发性硬化症研究界越来越倾向于认为患者的基因特征会影响他们对多发性硬化药物的反应。Copaxone是一种偶然发现的抗MS有效的药物，其临床疗效和安全性在长期研究和临床实践中已得到证实，其作用机制一直是研究的课题。研究表明，Copaxone对MS的保护作用部分是由于其与免疫系统的复杂相互作用。与其他MS药物一样，对Copaxone的药物反应因患者而异。在2017年5月出版的《基因组医学》（Genome Medicine）杂志上，我和我的合著者描述了我们对Copaxone应答变异的遗传基础的研究，这是迄今为止在MS中进行的最大的药理学研究。在来自34个国家553个临床中心的10个临床试验的2422名患者中，

西尼罗河热的零星流行发生在欧洲的夏季，当时西尼罗河病毒的蚊虫媒介正在叮咬。是否每年都会有新的病毒入侵，或者病毒会在某个地方越冬?西尼罗河病毒（WNV）的消息于1999年首次在美国纽约皇后区（Queen's）发现人类感染病例，并迅速传播到全美国，由受感染的鸟类携带，据估计在1999年至2010年间，有300万人感染。自那以后，美国爆发了更多的疫情，通常发生在8月和9月。不过，在此之前，欧洲也曾发生过零星疫情，而且仍然如此。它的地理范围在欧洲不断扩大，造成越来越多的流行病。西尼罗河病毒最早发现于乌干达的西尼罗河地区。它是一种由库蚊属蚊子传播的黄病毒，库蚊以受感染的鸟类为食。虽然这是自然的传播周期，但马和人也可能受到感染。大多数感染这种病毒的人没有症状，但它会引起发烧、头痛和皮疹（西尼罗热）。然而，在不到1%的病例中，病毒感染神经系统，引起严重症状，可能导致死亡。马特别容易受到感染，而且在高达40%的病例中可能致命。库蚊普通家蚊库蚊分布广泛，包括欧洲、中东、北美和南美部分地区。两个亚种，Cx.pipiens f.pipiens和Cx.pipiens f.molestus被认为是一个复杂的物种

2019 年我通过自己的辛苦付出，终于如愿以偿地考上了博士。我深深的体会到考博一路走来的艰辛，而今博士圆梦，也算是劳有所得。我深深体会到读博的路更艰辛，未来的路还很长，不过我已做好心理准备，扬帆起航，迎接明天。2020 考博已拉开帷幕，我认为需要着重准备好以下几件事。确定学校和联系导师我认为确定学校和联系导师至关重要，也是需要同时进行的，两者也是相互交叉的。比如我们之所以报考某个学校是因为我们有认识的导师，所以报考的导师决定我们所报考的学校；比如我们没有人脉只想考个力所能及的学校，那么就是报考的学校决定我们所报考的导师。关于确定学校在申请-考核制大趋势下，很多的学校博士招生都是实行申请-考核制，所以在确定学校时我们要考虑以下几点：第一，选择学校的数量。我们所选择的目标院校一般可以有 3 - 5 个，太多了你也没精力应对。选择的原则是考试时间不冲突、距离相近、参考书目相似的院校。第二，选择学校的质量。选择学校的质量就是所谓的是报考 985 啊还是报考 211 啊，这个要因人而异。我的建议是量力而行，不可好高骛远，此时我们可以考虑的因素就是我们本硕学校的出身，我们所取得的学术成果以及科研奖

施一公曾经说过：学术期刊一般不会因为语法错误而拒绝一篇文章，但一定会因为逻辑混乱而拒绝一篇文章。因此，一篇 SCI 论文能否被录用，主要还是看它所提出的方法和观点是否有价值，是否有独到的学术见解，推理是否合乎逻辑，及其证明是否科学等等。当然，逻辑固然重要，但论文也应该按照一定的格式、良好的写作风格来撰写。写作风格良好与否，无疑影响了该文的学术水平，还会直接影响作者在读者心目中学术形象，以刊出的许多 SCI 论文的 abstract 为例，就有许多这样的问题。接下来，就来细数一下我所见过的 abstract 写作大坑：图片来源：123rf.com.cn坑 1：写作风格随意科技学术论文，包括 SCI 论文及其摘要，属于正式写作范畴。正式写作的特点是要使用书面语言，不同于口语写作，需要正式、客观的写作风格。然而，不少人在编写 abstract 时会将正式写作和口语写作混淆，例如有些 abstract 的初稿出现如下语句：1. In this paper, we have given a reason that is…2. In this way, the measures can…3. …s

为了庆祝第四个国际植物日，来自基因组生物学的多米尼克·莫诺深入研究了植物表观基因组学的复杂世界。表观遗传学是指在不改变DNA序列的情况下影响基因活性和表达的机制。表观遗传过程在植物和动物中都很重要，但植物特别依赖表观遗传机制，因为它们提供了一种改变基因活性的快速方法。这是因为，作为固着有机体，植物不能在需要的时候进入一个更理想的环境，而是需要迅速改变它们的生理。基因组生物学刚刚推出了一期关于植物表观基因组学的专刊，其中包括对植物表观遗传机制和遗传的最新见解。DNA甲基化的秘密在植物中，DNA甲基化存在于DNA中的三种不同类型的核苷酸位点：CG、CHG和CHH。这些不同的甲基化背景反映了参与DNA甲基化沉积和维持的不同途径。CG甲基化通常存在于基因体中（称为基因体甲基化，或gbM），由VIM和MET1协同作用沉积。CHG甲基化通过H3K9me2和CMT3的反馈环沉积和维持，CHH甲基化通过RNA定向DNA甲基化（RdDM）途径维持。CHH甲基化普遍存在于沉默转座因子（TEs）中。虽然我们知道CG甲基化存在于基因体中，但它的起源和功能仍然是一个活跃的争论领域。Robert Schmitz研

真核细胞中，染色体 (Chromosome) 是在有丝分裂或减数分裂时遗传物质存在的特定形式。一直以来，我们都知道宏观上动辄 2 米长的基因组 DNA 可以被高度压缩成染色体，可这其中具体是什么样的机制导致了这一事件的发生？使得冗长的 DNA 可以被高度有序压缩而又不会像日常我们用的耳机线一样打结。一直是个未被详细阐明的问题。过去几十年来，科学家们一直在探讨并提出了环挤压（loop extrusion）模型等不同的假说。2019 年 12 月 13 日，Yoori Kim 等 1 和 Iain F. Davidson 等 2 在 science 杂志上背靠背发表两篇文章揭示了在存在 NIPBL-MAU2 蛋白复合物的情况下，人黏连蛋白复合物（human cohesin-NIPBL complex）可以充当分子马达的作用在体外高速挤压 DNA 环。与调节姐妹染色单体内聚的方式不同，黏连蛋白在环挤压过程中不会在拓扑结构上捕获 DNA。这些结果为染色质的环挤压模型提供了直接的证据，并表明基因组结构是高度动态的。图片来源：science研究背景DNA 通过依赖于称为黏连蛋白的环状腺苷三磷酸酶复

过继性免疫细胞治疗 (Adoptive cell therapy, ACT) 自 1982 年首次被报道以来，迅速成为了肿瘤免疫治疗的主要方法之一。从一开始的杀伤细胞（lymphokine activated killer cell）到今天通过改造 T 细胞而形成嵌合抗原受体的 T 细胞 (chimeric antigen receptor-engineered T cell, CART)，ACT 的应用显著提高了晚期癌症患者的生存概率。尽管如此，T 细胞在体内存在时间较短以及在实体瘤聚集较少的这一特性，极大的限制了相关技术的进一步发展。12 月 11 日，来自美国圣犹达儿童研究医院的迟洪波（Hongbo Chi）教授领导团队在 Nature 发表了题为《Targeting REGNASE-1 programs long-lived effector T cells for cancer therapy》的研究 1，发现了通过调节 REGNASE-1 能够显著延长 T 细胞在实体瘤的聚集与体内的存活时间，并进一步揭示了 REGNASE-1 通过调节 BATF 来延长 T 细胞存活时间的

艰难梭菌是临床常见致病菌之一，尤其是老年住院患者，因艰难梭菌感染导致的并发症发病率和致死率都日益增多。特别是该菌可以形成孢子，对外界恶劣环境的耐受性显著提高，可成为潜在的致病源。虽然对艰难梭菌孢子的形成已经有广泛研究，但更多的是聚焦于基因组 DNA，从序列的角度来探究孢子形成的调控机制。近期，纽约西奈山医学院房刚团队在 Nature Microbiology 发表最新研究《Epigenomic characterization of Clostridioides difficile finds a conserved DNA methyltransferase that mediates sporulation and pathogenesis》，研究表明，艰难梭菌的 DNA 甲基化对于孢子的形成以及该菌的致病性，都有重要意义。图片来源：Nature Microbiology实验思路首先，从重症监护选择 36 个病人，对从其体内分离的艰难梭菌样本进行基因组和 DNA 甲基化组测序分析。在所有样本中都发现了一个相同的 DNA 甲基化酶（CamA），而在 GenBank 上检索发现，约 3

精神分裂症是一种复杂的精神疾病，尽管它有不利的影响，但仍持续存在。在这里，Niladri Banerjee描述了他自己和同事所做的工作，并发表在BMC进化生物学上，研究我们、尼安德特人和丹尼索瓦人之间的甲基化区域是否富含已知与疾病相关的单核苷酸多态性（snp）。精神分裂症在一个人的头脑中唤起许多意象。大众文化在电影《搏击俱乐部》和《美丽心灵》中描绘了患有这种疾病的人物。但真正的疾病是什么？首先，精神分裂症是极其复杂的，表现在很多方面。它是一种精神疾病，主要影响我们身体中最重要的器官之一：大脑。在临床上，所谓的阳性症状：幻觉和妄想，以及阴性症状：冷漠和抑郁，持续一到六个月，往往被归类为精神分裂症。至少自从书写字母表出现以来，就有记录，这些书写字母表描述了今天被称为精神分裂症的症状和体征。此外，这些记录存在于已被地理和时间分隔的文化中。这是该病的定义性特征之一——全球终生患病率为1%，并不取决于出生地或出生时间。稳定的全球流行这种疾病在不同文化和千禧年之间的表现让人怀疑为什么自然选择似乎既不能消除也不能降低疾病的发生率。这种疾病通常表现在青春期晚期到20岁早期，即生殖的黄金时期。然而，尽管

上周，美国国立卫生研究院发布了基因组数据共享政策。从明年开始，研究参与者将需要允许研究人员重复使用和共享他们的数据。但是，在设想重新使用样本数年前获得的许多较老的研究呢？Michele Cote和Wayne州立大学和美国Karmanos癌症研究所的同事们想知道，如果重新联系一个有着15年经验的肺癌研究人员，并要求他们分享他们的去鉴定数据，会发生什么。15年前，当我以项目协调员的身份开始从事医学研究时，高通量基因组学的世界还处于初级阶段。人类基因组计划即将完成，但当时进行的大多数基因组研究都集中在少数几个基因（“候选基因”）上，每个基因中都有一个或两个感兴趣的单核苷酸多态性（snp）。作为一项以人群为基础的肺癌研究的协调人，我的主要工作是招募数百名患者和合适的对照组，获得研究对象的知情同意，并协调访谈和DNA采集。在未来，这些参与者的DNA（其中许多人已经病入膏肓）将被测序以发现几乎所有的生殖系变异，这一想法与我的想法相去甚远。快进到2008年。美国国立卫生研究院（NIH）开始要求NIH支持的研究，并将高通量基因组分析产生的去鉴定数据提交给基因型和表型数据库（dbGaP）。大多数人会同意

因为他们有相同的基因组，所以同卵双胞胎是研究表观遗传修饰效应的理想对象，表观遗传修饰是控制基因表达而不是DNA序列本身的DNA改变。最近发表在《基因组医学》上的一项研究观察了79对同卵双胞胎，其中一对患有类风湿性关节炎，而另一对则没有，以探索与这种情况相关的可能的表观遗传因素。类风湿关节炎是一种常见而复杂的自身免疫性疾病，严重影响患者的生活质量。众所周知，影响疾病发展和进展的因素很多，包括遗传和环境因素，如吸烟。近年来，已经发现了100多个基因变异（称为单核苷酸多态性），它们在类风湿性关节炎的发展中起着一定的作用；然而，这仍然只是解释了导致这种疾病的一小部分原因。单卵（基因相同）双胞胎患类风湿关节炎的不一致率相对较高，表明环境因素在该疾病的病因中起着重要作用。环境暴露影响疾病的一种方式是通过DNA的表观遗传修饰。表观遗传修饰控制特定细胞或组织中哪些基因被“打开”和“关闭”。这在组织发育的调节中是重要的，在确定细胞特性中是至关重要的。DNA中的表观遗传标记可以被许多不同的东西改变，包括环境因素，如饮食、运动和吸烟。虽然许多表观遗传变化是正常的，并且发生在健康发育和衰老期间，但表观遗传也可

通常情况下，转移瘤（metastases）从原发部位侵入淋巴管、血管或其他途经被带到它处继续生长，形成与原发部位肿瘤相同类型的肿瘤。大多数癌症患者死于由具有原发性或获得性耐药的扩散性肿瘤细胞发展而来的远处转移瘤。因此，为了更好地了解和治疗癌症转移，开发对扩散性肿瘤细胞和针对肿瘤细胞的靶向药物进行全面且无偏检测的技术显得至关重要。此类技术将有助于更可靠地探索影响临床前小鼠模型中肿瘤转移和药物靶向的机制，从而为改进治疗方法的发展做出重大贡献。但是到目前为止，由于缺乏可靠地检测小鼠体内所有单个转移瘤和扩散肿瘤细胞的成像技术，以及快速准确地量化大规模成像数据的算法，使得相关研究一直难以有突破性成果。2019 年 12 月 12 日，德国亥姆霍兹慕尼黑研究中心 - 组织工程与再生医学研究所的 Chenchen Pan 等 1 在 Cell 杂志上发表题为《Deep Learning Reveals Cancer Metastasis and Therapeutic Antibody Targeting in the Entire Body》的文章。该研究基于深度学习开发的新型算法 ——DeepM

发表在BMC神经科学杂志上的研究首次从分子水平上揭示了猫是如何感知食物中的苦味的，并解释了为什么它们有时会如此挑剔。据认为，检测苦味化学物质的能力是因为它能帮助动物避免在植物中发现的有毒化合物。所有的猫，从宠物到野生老虎，都很少吃植物。但家猫在食物和药物中仍可能遇到苦味。宠物猫在饮食选择上有一个不可预测的名声。这可以用它们对苦味的感知来解释，这种感知不同于其他哺乳动物，因为它们苦味受体的种类不同。在一项新的研究中，通过细胞实验研究了两种不同的猫苦味受体的行为，研究了它们对苦味化合物的反应性，并将它们与人类的同类物进行了比较。TAS2R38是人类的一种苦味受体，其中一些人有“超级品尝者”变体，使他们对苦味化合物极端敏感，这解释了一些人对西兰花和芽甘蓝的强烈厌恶。与人类的TAS2R38受体相比，cat版本的Tas2r43对一种叫做PTC的关键苦味化合物的敏感性降低了10倍，对另一种苦味化合物PROP完全没有反应。与人类类似，猫的苦味受体也被苦味化合物芦荟苷（在芦荟植物中发现）和变性氨（用来阻止儿童和宠物食用防冻剂等化学物质）激活，但对这些化合物的反应不同。猫受体对芦荟苷的敏感性较低，对地那

折线图可以显示随时间（根据常用比例设置）而变化的连续数据，因此非常适用于显示在相等时间间隔数据的变化趋势。今天给大家讲解 Graphpad 绘制折线图，话不多说，直接进入教程。1. 打开 graphpad 软件，点击 XY 模块，按下图进行选择。2. 点击 creat，键入数据，完善表格。3. 点击 graphs 下的 new analysis，按下图选择，生成草图。4. 接下来开始统计分析数据，得到回归曲线，点击 Analyze，进入 analyze data，选择 XY analyses 下的 linear regression，勾选所有的分组，如下图。5. 点击 ok，进入下图对话框，并如图选择。6. 点击 ok，生成带有线性回归拟合趋势线的草图。7. 是不是感觉趋势线与数据点间的连线不好辨认，这时可选择不添加的连接线的点图，点击 change 模块第一个按钮，按下图选择即可。8. 数据分析：得到线性回归方程：Y 1= 2.13undefinedX + 8.495；Y2 = 2.80undefinedX + 7.201。9. 进一步加工修饰折线，双击折线进入 format graph，调整折线的颜色、粗细以

巴黎高等师范学院的Charles Hebert和Hugues Roest Crollius在《基因组生物学》杂志上发表的一篇文章中指出，人类基因组中存在一种新的核苷酸频率周期性，这可能会对核小体的定位和基因调控产生影响。在他们的研究中，Hebert和Roest Crollius将人类基因相对于转录起始位点进行排列，并观察到YY二核苷酸的模式(其中Y为C或T)，与转录起始位点在相位上间隔10个碱基对。重要的是，对核小体定位数据的分析表明，核小体与二核苷酸有关。该模式是丰富的基因与结合位点的EP300核小体建模蛋白。作者推测，重复模式可能有助于以一种容易被EP300修饰的方式定位核小体，从而使它们更容易被RNA聚合酶取代，尽管该模型目前尚处于推测阶段，需要在未来的工作中得到证实。然而，这项工作在人类基因组中提出了一种令人兴奋的新模式，并对定位核小体如何影响基因转录具有意义。核小体旋转设置与组织特异性人类基因启动子的转录调控有关。

最近发表在《头痛与疼痛杂志》上的一个专题系列探讨了与偏头痛相关的小分子的最重要方面：垂体腺苷酸环化酶激活肽（PACAP）。主题系列涵盖了PACAP的所有内容，从它在中枢神经系统的发现到与原发性头痛相关的实验研究。为了了解更多，我们邀请了偏头痛研究者宋国告诉我们偏头痛治疗的最新突破。偏头痛是最常见的神经系统疾病，全世界有10-15%的成年人患有偏头痛。由于偏头痛是最虚弱的疾病之一，每年的费用和公共卫生负担都是巨大的。偏头痛的主要特征是严重头痛发作，伴有恶心、呕吐和声音或光线引起的不适等症状。它们可以是间歇性或慢性的，定义为每月头痛少于或超过15天。尽管对偏头痛的潜在机制有了更深入的了解，但在信号传导途径和特定生物标记物的识别方面仍存在显著的空白。尽管如此，治疗方案方面的一个可能的突破似乎已经迫在眉睫。偏头痛人体模型在过去的9年里，我在丹麦哥本哈根的丹麦头痛中心（DHC）做过研究，这是一个研究偏头痛机制的世界领先机构，已有30多年的历史。这项工作的中心部分是使用实验性人类偏头痛模型，通过实验性地诱发人类偏头痛发作来剖析疾病机制。这些研究已经证实，诸如降钙素基因相关肽（CGRP）和垂体腺苷酸

发表在《基因组生物学》上的新研究揭示了金丝雀歌唱行为进化的线索。鸣禽几乎占所有鸟类种类的一半，以其精细的鸣叫表现出复杂的行为，使它们适合神经生物学家深入了解行为的一般机制。金丝雀已成为研究影响激素依赖性歌唱的神经变化（或“大脑可塑性”）的首选模型。这是因为它有一个明显的繁殖季节，歌曲和类固醇激素浓度有季节性的变化，在繁殖季节和非繁殖季节之间大脑有不同程度的可塑性。金丝雀自15世纪开始被驯化，是生活在北大西洋亚速尔群岛、马德拉岛和加那利群岛上的野生金丝雀的后代。像它们的野生祖先一样，家养金丝雀在长日（繁殖）条件下唱刻板的歌，在短日（非繁殖）光周期下唱变化多端的歌。我们进一步研究了金丝雀基因组序列的广泛含义，它不仅允许研究荷尔蒙对歌唱和行为的影响，而且为神经可塑性的研究提供了一个很好的模型，可以作为分子神经科学研究的模型。金丝雀基因组测序我们的工作导致了第一个高质量的组装和注释的雌性金丝雀基因组，其大小为12亿碱基对。在鸟类中，雌性是“异配子”性（ZW），因此分析的基因组序列包含两种类型的性染色体Z和W。整个鸟类分类群中金丝雀和13个基因组之间的全基因组比对显示，在全球范围内，鸟类基因组非

腹腔疾病（CD）是一种自身免疫性消化疾病，影响全球100人中约1人。腹腔疾病的症状——包括腹泻、腹胀和腹痛——是由于人体免疫系统错误地攻击面筋蛋白，对小肠表面造成损害而出现的。无麸质饮食能很好地控制CD的症状，及时诊断对控制CD症状至关重要。CD通常通过血液检测CD相关抗体，然后进行肠道活检来检测。CD与合并自身免疫性疾病的检测进展Carlos López Larrea及其同事在BMC Medicine杂志上发表的最新研究表明，CD患者体内存在针对MHC I类多肽相关序列A（MICA）蛋白的抗体，它们的存在与含麸质饮食有关。这些发现提示MICA蛋白可能参与了CD的发病机制，而检测这些蛋白的抗体可以预测无麸质饮食的成功率。重要的是，作者还表明抗MICA抗体与腹腔病人并发自身免疫性疾病的风险增加有关。Juan Manuel Anaya及其同事的荟萃分析表明，自身免疫性疾病倾向于在个体和家庭中聚集，因此阐明进一步自身免疫的预测因素很重要。López Larrea等人的研究结果。提示抗MICA抗体可作为腹腔自身免疫性疾病进一步发展的预测指标，以便针对合适的患者进行监测和治疗。CD或非腹腔麸质敏