「2016 年搞笑野生动物摄影奖」一经发表，深受读者喜欢。很快 2017 年又过去了，今年的小动物们更加逗趣可爱！还是请记住，这是一场严肃认真的世界性摄影比赛。看完觉得这个生物多样性的地球真美好~向那些小戏精致敬。 救、救命！《Help》by Tibor Kerccz这是今年的最佳作品，网友备注也超好笑：「Don't look at him steve, he is just trying to get attention.」 笑死老娘了 《The Laughing Dormouse》by Andrea Zampatti妈妈你猜我在哪《Hitching A Ride》by Daisy Gilardini卧槽！？《Wtf》by George Cathcartwoo~ hoo~ 《Cheering-Sea-Otter》by Penny Palmer泥奏凯！我赶时间 《Slap》by Troy Mayne 被抓到的羞羞现场 《Caught In The Act》by Bence Mate嗯？你叫我《Eh What’s Up Doc?》by Olivier Colle一家人穿戴整齐去礼拜啦 《

流式细胞仪检测细胞凋亡可以：鉴定细胞凋亡形态；可以准确的进行凋亡细胞的计数；可以进行特异的定性分析和定量分析。实验原理细胞凋亡时，在细胞、亚细胞和分子水平上会发生的特征性改变，这些改变包括细胞核的改变、细胞器的改变、细胞膜成分的改变和细胞形态的改变等，其中细胞核的改变最具特征性。通过流式细胞仪检测这些特征性的变化，进而判断细胞凋亡的情况。实验步骤一、收集细胞收集细胞｛数目约（1~ 5）×106 个 / mL｝，500～1 000 r/min 离心 5 min，弃去培养液。二、细胞洗涤3 ml PBS 洗涤 1 次。三、乙醇固定离心去 PBS，加入冰预冷的 70% 的乙醇固定，4℃，1～2 小时。

每年，生命科学领域都会涌现出许多新产品，这些新品助力了科研工作的发展，让我们一起看看 2017 年都有哪些创新性的产品。CRISPR-Pool™ 全基因组 CRISPR Cas9 文库创新点：CRISPR/Cas9 技术是近年来最强大的生物学技术突破之一，能够靶向性高效编辑基因。吉凯全基因组慢病毒 Cas9文库CRISPR-Pool™ 产品可在全基因组范围内对基因进行敲除或激活，结合二代测序技术可以高通量、快速筛选到疾病中关键基因。点此索取技术资料与报价品牌：吉凯基因人 CD3 或 CD4 Fab - TACS 细胞分选重力柱体验套装创新点：操作简单，几个步骤即可获得高纯度目标细胞，并且 Fab-TACS 正选化解了传统使用抗体正选的缺点，因此，使用 Fab-TACS 無痕正选技术能次次精准的提供您不含标记、未激活的目标细胞。点此索取技术资料与报价 品牌：德国 IBA Lifesciences无毒核酸染料 YeaRed创新点：YeaRed 是一种独特的油性大分子，不能穿透细胞膜进入细胞内。是EB核酸染料的无毒替代品。YeaRed 与 EB 具有相同的光谱特性，无需改变滤光片及观察装置，

细胞凋亡检测用途1. 用于肿瘤细胞和组织在内的不同种类病理标本研究；2. 应用于临床诊疗，新药研制、生物制品开发、肿瘤放化疗、以及从促凋亡角度探索肿瘤的基因治疗；3. 对相关疾病的早期发现、放化疗的疗效评价具有举足轻重的地位。细胞凋亡检测方法非常多样，根据具体情况可选用对应检测方法。以下每一种方法都有很详细的步骤说明，内容较多，此处就不一一列出，想了解详情，请点击「阅读原文」查看。1. 荧光探针双标记法2. 形态学检测法3. DNA ladder 法4. Annexin V/PI 双染色法5. 磷脂酰丝氨酸外翻分析（Annexin V 法）6. TUNEL 法7. Caspase-3 活性检测法常见问题及解答1. TUNEL 法检测细胞凋亡可以直接在孔板上做吗 ？2. 细胞凋亡的浓度 是多少？3. 细胞凋亡检测试剂怎么选择呢？

基因功能富集分析已经成为生物信息学中几乎每篇文章的必备套路。差异表达得到的显著的基因做一个基因功能富集分析，看看是否富集在一些感兴趣的功能上；共表达分析得到的基因模块，做一个基因功能富集分析，看看这个模块主要跟哪些功能相关；相关分析得到的候选基因，做一个基因功能富集分析，看看这些与性状相关的基因的有一些什么功能。此外基因功能富集分析还可以用来帮助筛选基因，确定未知功能的基因簇的潜在功能等作用。 今天就给大家安利一个好用的基因功能富集分析网站 WebGestalt 。相比应用较为广泛的 DAVID （https://david.ncifcrf.gov/ ）WebGestalt 具有以下优势：1. 结果可视化更漂亮，比如可以得到 GO 注释的有向无环图，直接放在文章中，高大上又直观；疾病注释的结构图等；2. 操作更方便，点一点鼠标，就可以下载下来整理好的数据，而 DAVID 里面下载出来的东西还需要转化之后用其他的软件进行绘图，甚是麻烦；3. 输入更优化，表现在对输入的 gene symbol 数目没有限制，DAVID 的数据库目前不能接受大于 3 000 个 gene symbol 的

琼脂糖凝胶电泳可以：（1）用于 DNA 切胶回收；（2）用于 DNA 分离；（3）用于佐证 DNA 是否重组、质粒等是否切开以及其他分子生物学研究。 实验原理琼脂糖凝胶电泳是用琼脂糖作支持介质的一种电泳方法。其分析原理与其他支持物电泳的最主要区别是：它兼有「分子筛」和「电泳」的双重作用。 琼脂糖凝胶具有网络结构，物质分子通过时会受到阻力，大分子物质在涌动时受到的阻力大，因此在凝胶电泳中，带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量，而且还取决于分子大小，这就大大提高了分辨能力。但由于其孔径相当大，对大多数蛋白质来说其分子筛效应微不足道，现广泛应用于核酸的研究中。 蛋白质和核酸会根据 pH 不同带有不同电荷，在电场中受力大小不同，因此跑的速度不同，根据这个原理可将其分开。电泳缓冲液的 pH 在 6～9 之间，离子强度 0.02～0.05 为最适。常用 1% 的琼脂糖作为电泳支持物。琼脂糖凝胶约可区分相差 100 bp 的 DNA 片段，其分辨率虽比聚丙烯酰胺凝胶低，但它制备容易，分离范围广。普通琼脂糖凝胶分离 DNA 的范围为 0.2～20 kb，利用脉冲电泳，可分离高达 107 bp

在生物领域中经常会遇到找化合物相关的生物文献和专利，甚至是检测一个结构为何物的时候，这对学生物的学生来说简直就是灾难。接下来的 pubchem 数据库会让大家的困扰迎刃而解，pubchem 隶属 NCBI 数据库的子数据库，是专门针对化学结构搜索的数据库，使用方便而且是免费数据库，让一种初学者走上生物信息检索的巅峰。打开网址：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/1. 利用 bioassy 检测生物相关的文献在输入框中可以输入化合物的名字或者 CAS 号，点击搜索可以得到以下界面，我们可以查询和阅读想要的文献。2. 在主页中选中 compound 搜索可以得到以下界面，里面包括化合物的 2D 和 3D 结构物理性质、化学性质以及安全信息。更重要的是能查询到与化合物相关的文献和专利，该功能能迅速且全面的让我们了解该化合物的背景知识。3. 很多时候我们拿到的是一个中间体结构，根本无法进行名字和 CAS 搜索，尴尬又来了。这时候只需要在主页的右侧点击：进入页面后会进入以下界面：可以在上面选择相似结构搜索或者子结构搜索，点击 Launch 按钮，进入以下页面，我们可

蛋白质不是孤立存在与生物体中的，它们之间的相互作用往往发挥着重要的生物学功能，因此，功能蛋白质相互作用研究已经越来越受到研究者的重视。STRING 是集研究蛋白质相互作用组研究、基因组研究和蛋白质组研究于一体的非常强大的软件。现在我分析数据已经越来越离不开他了。我们可以进行在线数据分析。图 1可以通过输入蛋白质名称，多个蛋白名称，氨基酸序列等搜索 STRING。当我们不清楚物种是什么时也不用担心，因为网站有自动生成器，物种能够被自动识别出来。这里以分析大肠杆菌中的 77 个蛋白为例。步骤如下：图 21. 选择「Multiple proteins」;2. 在蛋白名处输入所有蛋白名或基因号；3. 在「Organism」处输入「Escherichia coli」;4. 点击 SEARCH。图 35. 下一页是确认物种页面，可以从中选择需要的物种。或者如果不确定物种时，可以选择匹配到蛋白数目最多的。点击「CONTINUE」。图 46. 下一页是确认蛋白页面，对于我们输入的每一个蛋白，网站自动进行匹配，将最有可能的蛋白排在第一位并打勾，并对于每一个蛋白进行简单的标注。这时我们就可以检查这些匹配的

探索蛋白质发挥功能部分氨基酸的序列规律在生物化学研究中是非常重要的。目前，序列标志（Sequence Logo）是最常用的可视化手段。其产生的结果是一个直方图样式，其中每个栏都用垂直的字母堆叠代替。堆叠的总高度以位表示，堆叠中每个字母的高度与其在该特定位置的频率成比例。但是，序列标志的不足是假设每个氨基酸发生的概率相同，为 0.05（5％），这显然是不合理的。而 Icelogo 则可以进行运算以校正用户定义的氨基酸频率，能够帮我们更准确地进行肽段序列分析。图 1iceLogo 使用参考组（Reference set）来计算实验组（Experimental set）中每个位置上每个氨基酸发生的几率（p 值）。因此，参考组的选择非常重要，应该反映预期的技术和生物背景。创建的参考集有三种：第一，静态参考集（static reference set）使用从 UniProt 或 Swiss-Prot 数据库中提取我们所关心物种的特异性序列来计算每个氨基酸的频率。但是，这种一般的蛋白质组参考集可能不会反映预期的生物或技术背景。第二，我们自己定义的肽序列也可作为参考组。例如，在分析来自磷酸化蛋白质组

经常看到很多大牛的 PPT 里面有很多极具视觉性的 Animation，自己平时也看到很多生物医学相关的国外的 Video，但是以上两种大多只能在线观看，不能下载（若知道下载方法的请忽略此文），经过探索及使用，现将相关下载方法推荐给各位，希望对需要的人有用。推荐的国外生物学视频网站1. BioInteractiveBioInteractive2. PBS Learning Media PBS LearningMedia以上两个网站都包含了大量生物学相关的 Animation, Video, Lecture 等。推荐国外医学视频网站1. Web MDWebMED这个网站在国外都非常普及，包含大量的医学内容，如医学视频、图谱、治疗方法等。如何下载视频？以上仅仅自己经常使用的网站，也可在其它网站找到相关视频，但都面临如何下载的问题，这里主要介绍两种下载方法。1. 最简单的办法：打开网页 savefrom。只需要将所要下载的视频链接复制到此检索框，justinsert a link，即可下载。savefrom很多视频都可通过该方法下载，如果不能下载，可通过以下方法下载。2. 通过火狐浏览器安装

CpG 作为作为表观调控的重要组成部分，在基因调控方面起着重要作用。CpG 岛是什么，CpG 岛主要位于基因的启动子（promotor）和第一外显子区域，约有 60% 以上基因的启动子含有 CpG 岛。CpG 岛的 GC 含量大于 50%，长度超过 200bp。接下来介绍几个网站：EMBOSS、MethPrimer、Sequence Manipulation Suite。这三个网站的网址在对话框回复【0521】即可查询复制。这三个网站操作起来大同小异，EMBOSS 刚进入界面点击红色方框的 LaunchCpgplot在方框内随意输入一个基因的启动子序列，接着点击红色方框的 submit这即为图片结果，点击红色方框，得到文字结果在 MethPrimer 网站也一样，进入网站界面点击红色方框进入在方框里输入启动子序列，直接就 submit 即可，输出结果同理在 SequenceManipulation Suite 网站上，进入界面，直接输入启动子序列，如下图点击 submit这三个网站得出的结果相似，只是表现形式不一样而已，预测 CpG 岛就这么简单，但是元元有话说，CpG 岛预测只是作为

今天给大家分享一篇 lncRNA 的文章（Self-Recognitionof an Inducible Host lncRNA by RIG-I Feedback Restricts Innate Immune Response），文章发表在 Cell 上，通讯作者为曹雪涛院士。RIG-I 是一种模式识别受体，它能够识别外源性病毒 RNA（dsRNA），之后 RIG-1 的半胱天冬酶募集结构域（CARD）通过 TRIM25 进行 K63 连接的泛素化。TRIM25 的 RING 和 SPRY 结构域介导其与 RIG-I 的相互作用最后通过 IRF3 的细胞内信号传导途径来产生 IFN。虽然也可以激活 NF-kB 信号通路，但 「VSV infection is a weak NF-kB inducer」（文章中有提到）。Progress in Biochemistry and Biophysics 2013,40(5): 397~405我们首先来看下这篇文章的模式图，外源性 RNA 病毒入侵后，大量产生的 IFN-I 可以诱导机体产生 lnc-Lsm3b，而 lnc-Lsm3b 可以

近年来关于组蛋白的研究越来越多，组蛋白各种各样的修饰有各种各样的功能，想要做跟组蛋白相关的研究，组蛋白提取是一个必不可少的技能了。你还在为组蛋白如何简单方便的提取而烦恼么，来，让学霸君教你一招。组蛋白有四种类型：H2A、H2B、H3、H4，组蛋白是染色体基本结构蛋白，因富含碱性氨基酸 Arg 和 Lys 而呈碱性，可与酸性的 DNA 紧密结合。因为组蛋白是偏碱性的，因此我们可以使用酸法来提取。下面学霸君就仔细介绍一下实验操作步骤啦：1、将 3-5×105 个细胞种到 6 孔板中，接着进行自己需要的实验处理，处理结束后开始收蛋白，先用 1×PBS 将细胞洗两次，每次吸尽上清。2、每孔加入 200ul NETN 裂解液，冰上裂解 15min High salt NETN buffer母液配制 100ML20mM Tris,PH=8.01M2ml500mM NACL5M10ml0.5% NP-4020%2.5ml1mM EDTA0.5M200ulH2O85.3ML临用前加蛋白酶抑制剂3、用细胞刮刮细胞，将细胞收集于 1.5mlEP 管中，1500g,4℃，离心 10min4、离心结束后可以

代谢组学是现在医药领域用来探究某种疾病或药物作用机制的一种热门手段。目前代谢组学的研究主要采用三种技术平台：LC-MS、NMR 和 GC-MS。这三种技术各有利弊，相对来说，LC-MS 对于代谢物的检测最为全面。对于 LC-MS 代谢组学方法得到的代谢物指认，Xcalibur 软件和 Metlin 数据库最为实用。下面我们就讲一下 Xcalibur 软件和 Metlin 数据库的使用方法：1 . 找到想要解析的数据，双击，出现如下界面，激活右上角色谱图光标，使其变绿，即可对色谱图进行编辑。2. 右击色谱图，选中 Ranges，在 Scan 下选择想要查看的正负离子色谱图，以下以正离子为例，在 Plot 中选择要查看的谱图类型，如 TLC 为总离子色谱，点击确定，既得总离子色谱。3. 右击正离子色谱图，选中 Ranges，在 Plot 中选择 Mass Range，在最下方空白 Range(s) 处输入想要提取的 m/z，如 175.11913，即可提取到色谱峰。4. 激活质谱图光标，使其变绿，方可对质谱进行编辑，将鼠标定位在提取到的色谱峰处，下方质谱图即可显示对应的一级质谱5. 以 m

元元上回用 targetscan 和 starbase 告诉大家查找 miRNA 结合位点，如何用数据库查找 miRNA 结合位点（今天学的是寻找基因的 3’UTR 和 miRNA 的碱基序列，最终预测 miRNA 与目标 mRNA 在 3’UTR 的结合位点）例如咱们在 starbase 看到如下结果：划红线的结果是 miR34A-5P 与 BCL2 存在结合位点，有三个数据库预测到这种关系。现在咱们用 RNA22Sites 这个网站也来寻找 miRNA 结合位点。进入这个网站：https://cm.jefferson.edu/rna22/Interactive可以见到两个文本框，第一个是写 miRNA 的序列，miRNA 查找基因序列一般用 miRBase 查找，第二个文本框是写预测基因的 UTR 序列，一般 miRNA 结合在 mRNA 的 3’UTR 区，所以一般下面输的是某 mRNA 的 3’UTR 序列，直接进入 NCBI 里找。现在咱们先用 miRBase 查找 miRNA 的序列。进入网站：http://www.mirbase.org/search.shtml在文本框里

MCAO 实验全称即大鼠中动脉阻塞实验，是脑缺血常见动物模型。科研一线的小伙伴是不是每次做起来 MCAO 实验，都是腰酸背痛腿抽筋，哈哈，教你几招迅速搞定老鼠君们的办法，让你分分钟飞起来~~首先，你得有 helpers！MACO 实验简单分为几个步骤：麻醉 + 钝性分离 + 插线栓 +（拔栓）+ 缝合【如果需要 Reperfusion 则需要拔栓，否则直接缝合就行~】敲黑板！以上 5 个步骤都需要一个 helper，流水线操作，一只老鼠待在每个小伙伴儿面前不足 1 分钟，保证实验既快又有条不紊! 其中插线栓最重要，需要一个熟练的厂工！为了进一步使实验做起来更行云流水，下面的小建议或许更有用！Tips:1. 工欲善其事必先利其器，做实验前首先得有自己的一套家伙什儿吧~~哈哈，我来抖抖自己的宝儿~~ 找到一套适合自己的实验工具，即使失败了，也不能怪工具了（只能怪自己 chun，三声~）。关于线栓：目前主要有硅胶和多聚赖氨酸两种材质的线栓。强烈建议大家采用硅胶线栓。这是因为多聚赖氨酸对血管内皮细胞损伤严重，容易引起血小板聚集，导致血栓形成，形成永久性血栓，如果需要 MCAO/Reperfus

基因的体外定点突变是常用的分子实验技术，主要用于研究蛋白质结构与功能关系或者验证 microRNA 与靶基因是否结合。今天为大家介绍下基因突变质粒的构建原理与方法。第一阶段：野生型质粒构建1. 引物设计：根据需要验证的基因序列，设计需要扩增的基因片段引物。引物设计方法如下：（1）引物 F：5’ 端 - 保护碱基序列 + 限制性内切酶 1 酶切位点序列 + 基因正向引物序列 - 3’端（2）引物 R：5’ 端 - 保护碱基序列 + 限制性内切酶 2 酶切位点序列 + 基因反向引物序列 - 3’端通过加入基因组 DNA 模板以及设计好的引物进行目的基因的扩增，得到 PCR 产物后进行琼脂糖凝胶电泳验证条带大小，然后通过胶回收，获得纯化目的片段产物。由于加入保护碱基，回收产物需要进行限制性内切酶切从而暴露黏性末端。2. 线性化质粒：将原始的质粒载体，比如 pcDNA3.1 质粒，选择合适的酶切位点，比如 NheI/KpnI 进行酶切，获得线性化的质粒。酶切体系一般选择 50ul，试剂加好之后 37°C 孵育 6~8 小时，或适当延长时间，保证质粒酶切完全。每隔一段时间振荡一下并离心以防液滴蒸

果蝇，最最经典的模式动物之一，摩尔根爷爷的萌宠。毫不夸张的说，假如没有果蝇的存在，生命科学的研究很难取得现在这样的成就。△ 图片来源：站酷今天生物学霸想和大家聊聊那些有趣的果蝇基因命名。你印象中的基因名字是不是一堆字母和数字不知所云的组合？那么今天了解的这些有趣的基因名字一定会让你感叹：原来科学家也可以这么有意思！・・・ hedgehog为什么叫 hedgehog （刺猬）呢？是因为敲出这个基因后，果蝇胚胎会长出类似毛刺的东西，和刺猬很像。刺猬基因是很重要的，在哺乳动物中也有起类似作用的基因，但是刺猬这个名字已经被占用了。所以我们聪明的科学家们就把这些基因命名为「desert hedgehog（沙漠刺猬）」，「Indianhedgehog（印度刺猬）」和「sonichedgehog（超音速刺猬, 即刺猬索尼克）」。等等，刺猬索尼克不是一部动画片吗？科学家叔叔们也这么二次元？・・・stuckstuck，意为被卡住的、不能动的。猜猜这个基因是控制什么的？小编有点羞羞哒，一不留神就开车了。原来这个基因不正常后雌雄果蝇性交后身体无法分离… 这个要怎么配图？・・・ amontilladoamo

最近 WB 的结果趋势不是很理想，因为给了蛋白 B 的抑制剂蛋白 B 却没有明显变化。于是大伙儿一合计，可能需要再看看蛋白质之间的相互作用，会不会是抑制剂影响了蛋白 B 和蛋白 C 之间的结合，而不是直接导致蛋白 B 的降解。大家都知道研究蛋白质相互作用的三大经典方法是：酵母双杂交（Y2 H），免疫共沉淀（CoIP）和 GST pulldown。结合我们课题组的这个实验，因为只需看看蛋白 B 和 C 之间的结合，而且已知蛋白 B 和 C 是会结合的，所以可能用 CoIP 最简便。那么问题来了，实验室里也没人做过 CoIP 啊，我自己也是头一回接触这个实验，心里不免瑟瑟发抖。但是探索才是科研路上最大的乐趣，这次我们就来实战演练一下，看看是如何从 0 开始做 CoIP 的。首先我们得了解一下 CoIP 的原理，其实和 WB 一样，就是抗体抗原结合的免疫反应，只要你会 WB，就能轻松理解 IP 和 CoIP 的原理。简单来说，如果蛋白 B 和蛋白 C 结合的话，那么用抗体去结合蛋白 B 的时候，蛋白 C 就能被拉下来。 大家知道抗体的结构是一个 Y 字形，两头是 Fab 用于识别抗原，尾巴是

做了 5 年的 MTT 实验 ，耗费了上万块 96 孔板。有成功的喜悦，有失败的沮丧，有好多话要对各位实验同仁说。在这之前，我们先回顾一下 MTT 的原理及操作步骤。 实验原理 MTT 是一种接受氢离子的染料，可作用于活细胞线粒体中的呼吸链，在琥珀酸脱氢酶和细胞色素 C 的作用下，生成蓝色的 formazan 结晶。formazan 结晶的生成量仅与活细胞数目成正比（死细胞中琥珀酸脱氢酶消失，不能将 MTT 还原，无法形成结晶），且该结晶溶解于 DMSO。利用酶标仪测定波长 490 nm 处的光密度 OD 值，以反映出活细胞数目。 实验步骤 1. 接种细胞：用含 10% 胎牛血清得培养液配成单个细胞悬液，以每孔合适的细胞数量接种到 96 孔板，每孔体积 180 ul。 2. 培养细胞：同一般培养条件，可根据试验目的和要求决定培养时间。 3. 呈色：每孔加 MTT 溶液（5 mg/ml 用 PBS 缓冲液 pH=7.4 配制）20 ul。继续孵育 4 小时，终止培养，小心弃去孔内培养上清液，对于悬浮细胞，需要离心后再吸弃孔内培养上清液。每孔加 150ul DMSO，振荡 10 分钟，使结