生物化学资源　 Biochemistry ................................................... 蛋白质数据库银行(Protein DataBases） http://pdb.pdb.bnl.gov/ 这里提供实验性的Gopher服务，包括便利实用的方法，多彩的图形及一些分析信息。 国际核酸序列数据库(DDBJ/EMBL/GENBANK) http://www.im.ac.cn/sdinfo/guojihezuo.html 国际核酸序列数据库(DDBJ/EMBL/GENBANK)是目前国际上最大的核酸序列数据库,它由美国国家生物技术信息中心NCBI、欧洲分子生物学实验室、日本国立遗传学研究所共同制作。 亿兆莲加 （E-zhao(dot)com） http://e-zhao.com/ 致力于搜集生物化学网络资源，现已达到九大类二百三十余条连结。 SWISSPRO （瑞士蛋白质序列数据库） gopher://gopher.nih.gov/77/gopherlib/index/swiss/index 可通过输入关键词查找有关信息 布

选择性阻止大脑中称之为11beta-HSD1的酶在实验中成功逆转了年老小鼠的记忆丧失， 在全球人口老龄化的背景下，这一研究成果将有深远的影响意义。 —— Docofsoul Promising Drug Candidate Reverses Age-Related Memory Loss in Mice ScienceDaily (Oct. 13, 2010) — Researchers at the University of Edinburgh report a new experimental compound that can improve memory and cognitive function in aging mice. The compound is being investigated with a view to developing a drug that could slow the natural decline in memory associated with aging. A new experimental compou

蛋白质组学研究成功与否，很大程度上取决于其技术方法水平的高低。蛋白质研究技术远比基因技术复杂和困难。不仅氨基酸残基种类远多于核苷酸残基（20/ 4）, 而且蛋白质有着复杂的翻译后修饰，如磷酸化和糖基化等，给分离和分析蛋白质带来很多困难。此外，通过表达载体进行蛋白质的体外扩增和纯化也并非易事，从而难以制备大量的蛋白质。蛋白质组学的兴起对技术有了新的需求和挑战。蛋白质组的研究实质上是在细胞水平上对蛋白质进行大规模的平行分离和分析，往往要同时处理成千上万种蛋白质。因此，发展高通量、高灵敏度、高准确性的研究技术平台是现在乃至相当一段时间内蛋白质组学研究中的主要任务。当前在国际蛋白质组研究技术平台的技术基础和发展趋势有以下几个方面： 　　1 蛋白质组研究中的样品制备 　　通常可采用细胞或组织中的全蛋白质组分进行蛋白质组分析。也可以进行样品预分级，即采用各种方法将细胞或组织中的全体蛋白质分成几部分，分别进行蛋白质组研究。样品预分级的主要方法包括根据蛋白质溶解性和蛋白质在细胞中不同的细胞器定位进行分级，如专门分离出细胞核、线粒体或高尔基体等细胞器的蛋白质成分。样品预分级不仅可以提高低丰度蛋白质的上样

在这个领域做了一段时间的工作了，下面根据个人经验，介绍几个“蛋白质表达”纯化相关的SCI/SCIE杂志，希望对新手能有所帮助。 其实收载蛋白表达纯化的杂志有很多，只是看杂志主页的介绍，似乎多数biotech相关的杂志都是收载的，但实际上并非如此，很多杂志只要新蛋白，或者新技术，或者有别的特殊要求；而版上多数朋友的工作可能是应用相关的，研究没有好坏，杂志不分高低，只是在选择杂志时稍微用心一下，可能为后面的审稿及修稿省去很多麻烦。 欢迎同行站内消息学术交流，另，本人也愿做审稿人为论坛里朋友尽绵薄之力 ============================================================== 研究不分高低，方向各有不同，下面列出的杂志多是应用相关的。蛋白表达纯化，或者技术改进，工艺提高之类研究的可关注以下杂志。 1）Protein expression and purification http://www.journals.elsevier.com/protein-expression-and-purification/ 这个杂志不用多讲，做表达

近年来，非编码RNA（即没有被翻译成蛋白质的RNA）在调控基因表达中扮演至关重要的角色已经成为一个清楚的事实。对包括microRNA，siRNA等的非编码RNA的研究更是研究的焦点。这些领域研究的不断的深入也使我们对基础生命物质有了新的了解、认识。近年来，国内外在非编码RNA方面的研究取得了多项令人瞩目的成就。2008年即将来临之际，美国卫生研究院在上周五宣布说，计划在2008年拨款150万美元用于研究非编码RNA和其他转录后调节机制在成瘾过程中的作用。这个资助项目的公布可说是拉开了美国2008年对非编码RNA热点资助的序幕。 这项由美国药物滥用研究所和神经科学、精神健康和成瘾研究所管理的经费将赞助与神经元发育、神经元功能、疾病病因和疾病治疗有关的ncRNA和转录后调节因子的鉴定了功能研究。欲申请资助的研究项目必须是有助于提高对于药物滥用和成瘾有关的中枢神经系统重ncRNA和转录后调节因子的了解。NIH指出，尽管对ncRNA的神经元功能的研究尚处于起步阶段，但是一些ncRNA已经被证实能够调节树突的发育、神经元命运和分化以及突触蛋白合成。 NIH表示，ncRNA在成瘾中可能

实验一 蛋白质含量测定法 本实验的目的是学会各种蛋白质含量的测定方法。了解各种测定方法的基本原理和优缺点。 蛋白质含量测定法，是生物化学研究中最常用、最基本的分析方法之一。目前常用的有四种古老的经典方法，即定氮法，双缩尿法（Biuret法）、Folin－酚试剂法（Lowry法）和紫外吸收法。另外还有一种近十年才普遍使用起来的新的测定法，即考马斯亮蓝法（Bradford法）。其中Bradford法和Lowry法灵敏度最高，比紫外吸收法灵敏10～20倍，比Biuret法灵敏100倍以上。定氮法虽然比较复杂，但较准确，往往以定氮法测定的蛋白质作为其他方法的标准蛋白质。 值得注意的是，这后四种方法并不能在任何条件下适用于任何形式的蛋白质，因为一种蛋白质溶液用这四种方法测定，有可能得出四种不同的结果。每种测定法都不是完美无缺的，都有其优缺点。在选择方法时应考虑：①实验对测定所要求的灵敏度和精确度；②蛋白质的性质；③溶液中存在的干扰物质；④测定所要花费的时间。 考马斯亮蓝法（Bradford法），由于其突出的优点，正得到越来越广泛的应用。 一、微量凯氏（Kjeldahl）定氮法 样品与浓硫酸共热

[转帖]如何选择凝胶 当目标蛋白的物理特性如分子量、等电点等都不清楚时，可用PAGE电泳方法或层析方法加以测定。分离范围广阔的Superose HR适合测定未知蛋白的分子量。用少量离子交换介质在多个含不同pH缓冲液的试管中，可简单地测出pI, 并确定纯化用缓冲液的最佳pH。 选择层析方法 在对目标蛋白的特性或样品成分不太了解，可尝试几种不同的纯化方法： 一、使用最通用的凝胶过滤方法，选择分离范围广泛的介质如Superose、Sephacryl HR根据分子量将样品分成不同组份。 二、用含专一配体或抗体的亲和层析介质结合目标蛋白。也可用各种活化偶联介质偶联目标蛋白的底物、受体等自制亲和介质，再用以结合目标蛋白。一部即可得到高纯度样品。 三、大体积的样品、常使用离子交换层析加以浓缩及粗纯化。高盐洗脱的样品，可再用疏水层析纯化。疏水层析利用高盐吸附、低盐洗脱的原理，洗脱样品又可直接上离子交换等吸附性层析。两种方法常被交替使用于纯化流程中。 纯化大量粗品 处理大量原液时，为避免堵塞柱子，一般使用Sepharose Big Beads、SepharoseXL、Sepharose Fast F

生物传感器是利用附着在传感器界面上的待测生物分子与环境化学物质，或特定分子间专一性的交互作用后产生 感应信号，作为生物分子间交互作用(biomolecular interaction analysis，BIA)的检测装置。 随着微机电及光电技术迅速发展，整合了光机电并应用于生物传感器上，已经开发出不同的研究领域，如：共轭焦镭射扫描荧光显微术 (confocal laser scanning fluorescence microscopy，CLSFM)，石英晶体微平衡(quartz crystal micro-balance，QCM)，以及表面等离子体共振等。其中SPR技术对界面变化的灵敏度远高于其他检测方法且无须荧光染色标记，已成为最具发展潜力的一项技术之一。自从B.Liedberg在1983年将SPR原理应用于气体成分检测后，以SPR为基础的分析仪，已经成功且广泛的应用于各研究领域。 表面等离子共振技术是一项用于分析生物大分子之间的相互作用的技术，它可以定性的判断两分子之间是否有相互作用，比较一种分子与其他几种分子之间相互作用的强弱，也可以实时定量的测定分子间相互作用的亲和力参数（平

冷泉港有一本很经典的书，叫《蛋白质纯化与鉴定实验指南》。其中的附录7给出了用亚氨基乙二酸（铁螯合）Sepharose 6B分离磷酸肽的方法。后面有2篇参考文献，最重要的那篇因为发表时间太久远了（Muszynska, G., L. Andersson, and J. Porath. 1986. Selective adsorption of phosphoproteins on gel-immobilized ferric chelate. Biochemistry 25:6850-6853）的，所以拿不到全文。因此我对里面操作流程的原理不明白。想向大家请教。下面我把它的整个流程写出来： 全部操作均在室温下进行： 1）用4体积H2O洗亚氨基乙二酸Sepharose 6B柱。 2）用4体积含100mmol/L EDTA 和500mmol/L NaCl的50mmol/L Tris-HCl(pH7.6)洗柱。 3）用4体积H2O洗柱。 4）用4体积50mmol/L氯化铁洗柱。 5）用2体积0.1mmol/L乙酸洗柱。 6）加肽混合物（溶于0.1mmol/L乙酸）于柱上。 7）用2体积的0.1m

给大家分享一下做了两次itraq实验和分析后的一些经验，有什么说的不对的，请各路大神指教 蛋白质组学中itraq数据一般来说做如下分析的比较多 1.差异蛋白筛选 2.层次聚类分析 3.差异蛋白GO分类 4.差异蛋白pathway分析 5.差异蛋白互作网络构建 我也只能简单介绍一下这些数据分析 1.差异蛋白筛选，一般用到的两个值是foldchange值和p值，其中前者是表达量的倍数值，后者是学氏-T检验值，一般都是运用这个两个值来筛选的，foldchange值大于2或者小于0.5，p小于0.05，都是显著差异。这个阈值也可以变动，可以根据参考文献，略作调整 2.层次聚类其实就是根据表达量差异做的一个热力图，第一点从样本重现性角度可以看同一组样本中，蛋白表达趋势是否相同，第二点，从蛋白角度看，可以看到哪些蛋白是拥有相同或相近的表达趋势，以便于通过已知蛋白的功能，推测未知蛋白的功能，用itraq检测出来的蛋白比较多，所有一般来说都是用差异蛋白来做的这个图，在文献里也经常可以看到这种类型的图 3.差异蛋白的GO分类，全名Gene Ontology，可分为分子功能（Molecular Funct

感谢您对蛋白版的支持。 不过请在标题中注明“转帖”。 skykiller 梯度凝胶电泳 梯度凝胶电泳也通常采用聚丙烯酰胺凝胶，但不是在单一浓度（孔径）的凝胶上进行，而是形成梯度凝胶。从凝胶顶部到底部丙烯酰胺的浓度呈梯度变化，如通常顶部凝胶浓度为5％，底部凝胶浓度为25％。凝胶梯度是通过梯度混合器形成的，高浓度的丙烯酰胺溶液首先加入到玻璃平板中，而后溶液浓度呈梯度下降，因此在凝胶的顶部孔径较大，而在凝胶的底部孔径较小。梯度凝胶电泳也通常加入SDS，并有浓缩胶。电泳过程与SDS－聚丙烯酰胺凝胶电泳基本类似。与单一浓度的凝胶相比，梯度凝胶有几个优点：①首先，梯度凝胶比单一浓度凝胶的分离范围更宽，可以同时分离较大范围分子量的蛋白质。单一凝胶电泳对于分子量超过其分离范围的蛋白质，过大或过小，都不能分离。而梯度凝胶孔径范围比单一凝胶大，分子量较大的蛋白质可以在凝胶顶部大孔径部分得到分离，而分子量较小的蛋白质可以在凝胶底部小孔径部分得到分离，所以分子量较大和较小的蛋白质可以同时得到分离。例如用4％～30％的梯度胶可以分离分子量5万～200万的蛋白质。② 另一个优点是梯度凝胶可以分辨分子量相差较小

现在大家都是做SDS-PAGE或者双向电泳比较多，而做非变性电泳的似乎少一些。而我本人接触非变形电泳较多，一直认为它还是很有特点的，能够有很多独特应用之处的，所以在此结合我本人经历向大家介绍一下非变性电泳。 非变性电泳，蛋白质在电泳过程中是处于非变性的，电泳时蛋白的迁移率取决于蛋白的电荷和分子量，非变性电泳在完成电泳后，可以进行蛋白质活性测定（如果是酶的话，可以进行酶活检测）或者检测同功酶，或含亚基的完整蛋白的分子量，这些特点是SDS-PAGE所不具备的，因为像SDS-PAGE使蛋白变性，亚基解离，无法体现含有亚基的蛋白的真实分子量，也无法进行后续的蛋白活性检测了。 非变性电泳和SDS-PAGE相比，其实基本试验操作是相同的，所以在此我也不一一详叙了。最大的不同就是样品中的蛋白是没有变性的，所以电泳样品是没有煮沸的，而且样品处理液中也是不含去垢剂的。此外的差异还有： 1：在非变性电泳中，体系的PH通常为8.8（浓缩胶和分离胶的PH就是 8.8）因而大多数蛋白质在这个条件下是带负电的。当然我想地球上也会有pI大于8.8的蛋白质，这样的条件下，要用低PH系统（这个完全是另一套系统，缓冲

最近做了taq酶的表达和纯化，将优化的实验流程和一点心得贴上来，希望对大家有帮助，更希望得到批评和指正 TaqDNA聚合酶表达载体的构建与提取纯化 1 .背景 重组TaqDNA聚合酶基因及表达载体插入重组Taq DNA聚合酶基因的pET-28a表达质粒，该质粒是由美国Novagen公司推出的能在大肠杆菌中高效表达的一种质粒载体。该质粒在克隆位点前有1个T7启动子，在T7启动子前有1个6×His-Tag coding序列，是T7的增强子，多克隆位点上有NcoI—Xhol11个酶切位点，载体上还有1个卡那霉素(Kan)的筛选标记。重组的Taq DNA聚合酶基因通过NdeI和Xhol双酶切克隆在表达质粒pET-28a多克隆位点上。 宿主菌为BL21(DE3)。菌株，即宿主菌BL21经噬菌体DE3溶源化后，DE3的lacUV5强启动子及位于其下游的T7 RNA聚合酶基因被整合到宿主菌的基因组DNA中。宿主菌在非代谢性乳糖类似物IPTG的诱导作用下能产生大量的T7RNA聚合酶，而T7RNA聚合酶能特异性地识别Pet-28a表达载体中的T7启动子序列，从而高效地表达目的重组蛋白。由于IPTG

不记得是07还是08年我发过一个帖子，询问western淬灭的解决办法，至今，仍有站有私信我关于这个问题的解决办法。与其一个一个的回复，还是发个帖子，特别说明，帮助更多的朋友走出这个困扰。 从私信我的站友的数量上看，western淬灭的现象还是挺普遍的。解决的办法其实非常简单，也常常有人提及，只是我们对这个改进有时不敢相信，或者没有做到相应的程度。呵呵，不卖关子了，下面就对荧光淬灭的现象形成和解决办法做一个详细的解答。 我们可以搜索站内的帖子，应该有不少都有提到，淬灭是由于显色反应中的hrp酶量过多造成的，推荐的改进方法是，减少hrp的量，包括，减少蛋白的上样量，降低一抗浓度，降低二抗浓度这三个方法，总之就是减少hrp在膜上的结合量。可能有的人会问，我大量的抗体或者蛋白上样量都做不出来，减少反而能做出来，这怎么可能呢？呵呵，其实我们首先要弄清楚，在显色反应中谁是过量的问题，当然是底物，因为，亮度与hrp的量相关，hrp与目的蛋白的量相关，只有底物过量hrp的量才能清楚的反应目的蛋白的量（这里就不考虑定性实验了）。因此，hrp相对于底物必须是不足量的。其次，应该有很多站友都遇到过这样

复旦、中科院、中山医、北京医科大学生化试题（题有些老，但是很有用的，申请加点分!!XIEXIE) Sample TextSample TextSample Text 生物化学试题 复旦大学医学院硕士生生物化学（专基）试题（2001） 一、名词解释 1、DNA和CDNA2、亮AA拉链3、限制性内切酶4、巴斯德效应5、肽单元 6、Ribozyme7、酮体8、结合型胆酸9、内含子和外显子10、氧化磷酸化 二、问答题 1、胰岛素降低血糖的机制。2、血氨的来源及去路。3、试述真核生物RNA前体的加工。 4、举例说明大肠杆菌可诱导超纵子如何运作？5、什么是遗传密码？有什么特点？ 复旦大学医学院硕士生生物化学（专业）试题（2001） 一、名词解释 1、domin2、基因家族3、基元4、PCR5、癌基因6、别构酶 7、ATP合成酶8、Bohr效应9、LCAT10、第二信使11、氧化磷酸化12、外显子 13、逆向转录14、限制性核酸内切酶 二、问答题 1、试述抗体多样性的机制。 2、试述核糖体循环及其过程，以及蛋白质是如何定位的？ 3、酶的活性是如何调节的？ 4、试述肾上腺素在糖代谢中的调节机制。 5

针对核酸序列的新蛋白预测就是在核酸序列中寻找基因，找出基因的位置和功能位点的位置，以及标记已知的序列模式等过程。在此过程中，确认一段DNA序列是一个基因需要有多个证据的支持。一般而言，在重复片段频繁出现的区域里，基因编码区和调控区不太可能出现；如果某段DNA片段的假想产物与某个已知的蛋白质或其它基因的产物具有较高序列相似性的话，那么这个DNA片段就非常可能属于外显子片段；在一段DNA序列上出现统计上的规律性，即所谓的“密码子偏好性”，也是说明这段DNA是蛋白质编码区的有力证据；其它的证据包括与“模板”序列的模式相匹配、简单序列模式如TATA Box等相匹配等。一般而言，确定基因的位置和结构需要多个方法综合运用，而且需要遵循一定的规则：对于真核生物序列，在进行预测之前先要进行重复序列分析，把重复序列标记出来并除去；选用预测程序时要注意程序的物种特异性；要弄清程序适用的是基因组序列还是cDNA序列；很多程序对序列长度也有要求，有的程序只适用于长序列，而对EST这类残缺的序列则不适用。 1. 重复序列分析 对于真核生物的核酸序列而言，在进行基因辨识之前都应该把简单的大量的重复序列标记出来

[合集] 蛋白质质功能预测 [转载] 发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics 标 题: [合集]蛋白质质功能预测 发信站: 北大未名站 (2003年06月12日02:41:51 星期四), 转信 ─────────────────────────────────────── 作者 kingsyl (智者不惑,勇者不惧), 信区: Bioinformatics 标题 蛋白质质功能预测 时间 北大未名站 (2003年06月06日10:09:54 星期五), 站内信件 ─────────────────────────────────────── Global protein function prediction from protein-protein interaction network Alexei Vazquez et al Nature Biotechnology Vol 21, JUNE 2003, 697--700 摘要： 指定蛋白质功能是后基因组时代最有挑战性的问题之一。由于可以得到全基因组的信 息和高通量检测ge

问题 可能原因 验证或解决办法 1 转膜不充分 膜没有完全均匀湿透； 使用100% methanol浸透膜 靶蛋白分子量小于10,000； 选择小孔径的膜，缩短转移时间 靶蛋白等电点等于或接近转移缓冲液pH值； 可尝试使用其他缓冲液如CAPS缓冲液（pH 10.5)或使用低pH值缓冲液如乙酸缓冲液 甲醇浓度过高； 过高甲醇浓度会导致蛋白质与SDS分离，从而沉淀在凝胶中，同时会使凝胶收缩或变硬，从而抑制高分子量蛋白的转移。降低甲醇浓度或者使用乙醇或异丙醇代替 转移时间不够Thick gel； 对于厚的胶以及高分子量蛋白需要延长转移时间 2 背景高 膜没有完全均匀湿透； 使用100% methanol浸透膜 洗膜不充分； 增加洗液体积和洗涤次数 阻断不充分； 增加封闭液孵育时间，或者提高温度。选择合适的封闭试剂（脱脂奶粉，BSA，酪蛋白等） 二抗浓度过高； 降低二抗浓度 检测过程中膜干燥； 保证充分的反应液，避免出现干膜现象 曝光过度； 缩短曝光时间 抗体与阻断蛋白有交叉反应； 检测抗体与阻断蛋白

想和大家讨论一下关于dominant negative的问题。 首先，什么是dominant negative？ 在网上查到的解释多为：显性抑制---虽然多数的突变都隐性的，可是在遗传学的实验上，也曾观察到显性的突变，如果这突变会抑制或破坏某一正常的功能，就称之为“显性抑制”。 在实验中给野生型表达或转入无功能的基因或目的蛋白无功能类似物，观察是否会影响原来也具有正常功能的基因或蛋白的作用。一般用于验证实验的准确性。 就我的理解，dominant negative指的是某种蛋白的突变，而该突变导致了该基因的失活。说得再通俗点，就是蛋白A发挥正常功能，但当蛋白A发生dominant negative突变，或者说在细胞内存在蛋白A的dominant negative突变后，蛋白A就失去了功能。另外，只要存在dominant negative突变了，那么即使仍然还有正常的蛋白A，也不发挥作用了。 那么这种突变在研究蛋白质功能方面就具有了很重要的作用了。说白了，就是一种基因Knockout的方法。 研究某基因功能，通常的方法包括： 1。给与特定刺激，基因表达量改变； 2。Knockout

http://www.helixnet.cn/bbs/thread-394-1-2.html 酵母表达系统最新研究进展 郑立运1 ,方先珍2(1. 中国科学院武汉病毒研究所,湖北武汉430071; 2. 河南省畜牧局兽医防治站,河南郑州450002 )中图分类号816　　　文献标识码:A　　　文章编号: 1008 - 3111 (2005) 04 - 0250 - 04 　　分子生物学技术的发展为利用生物反应器生产外源蛋白提供了许多方法和手段。到目前为止,已发展出了大肠杆菌、酵母、昆虫、哺乳动物细胞等多种蛋白表达系统,其中酵母表达系统是最近发展起来的新型表达系统。最先使用的是酿酒酵母, 1981年Hitzeman等用酿酒酵母成功地表达了人干扰素,但该系统具有一定的局限性,缺乏强有力的启动子,分泌效率差,质粒不稳定等。因此,人们在此基础上又寻找了新的酵母表达系统———毕赤酵母,即甲醇营养型表达系统。 http://www.helixnet.cn/bbs/thread-13191-1-1.html 高效表达外源蛋白的方法 growth-associated方法（08.11.27更新）