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亦称初级菌丝。是担子菌中由担孢子发芽所生的单倍体（ n）菌丝。把初生菌丝分主的聚合体称作初生菌丝体。一般不形成子实体。它是产生可形成子实体的次生菌丝的基础阶段。纵向并列的各个细胞为单倍体的单核细胞，因而又称它为单倍体菌丝或单核菌丝。把菌丝的这一状态或生活环境中的这一阶段称为单核状态，与次生菌丝的双核状态相对应。只有当初生菌丝是相互对应的生殖菌丝时，才进行体细胞结合（此时菌丝结合），产生次生菌丝。这与具有同型核的两个初生菌丝，发生近似结合行为时的菌丝结合是有区别的，它不产生次生菌丝。
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