丁香实验_LOGO
登录
提问
我要登录
|免费注册
点赞
收藏
wx-share
分享

【求助】怎么样找miRNA的同源miRNA

丁香园论坛

3477
In contrast, the expression levels of homologues of the miR-17-92 cluster,
including miR-18b and miR-363 within the miR-106a-363
cluster (chromosome X) and miR-10b and miR-25 within
the miR-106b-25 cluster (chromosome 7)

这是我在文章上看到的一段话,miR-17-92 cluster的同源miRNA是如何找的?文章没有给出方法
谢谢楼上的,miRbase显示的只是<10kb的cluster,而对于同源的并没有显示。如miR-106a-363
cluster与miR-17-92 cluster同源
cluster和family2个概念
cluster是从位置上判断的,很靠近或者说是在同一个转录单位上.比如人17-92 cluster集中于13号染色体800bp左右.(我记得是这么长).
那17-92 还有2个家族成员分别位于7号和X染色体上.
family之间的特点是序列非常接近.可能只有1-2个非seed区域的碱基差别.
如果找依据的话可以参见Rfam database.大部分family已经归类好了.很多microRNA相关的数据库很容易找到.

本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴

师兄微信号:shixiongcoming

提问
扫一扫
丁香实验小程序二维码
实验小助手
丁香实验公众号二维码
扫码领资料
反馈
TOP
打开小程序