根据蛋白序列寻找SNP
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丁香园网友atcg提到:
1 、把蛋白序列对应的核酸序列找到。
2 、根据核酸序列做BLAST (对dbSNP数据库 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snpblastByChr.html )。
3 、结果中,可以得到你的序列上所以已知的SNP。
丁香园网友freedegree提到:
以编码5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor的HTR1A基因为例,先进入entrez,选择gene选项,在NCBI中搜HTR1A基因,到如下图界面,点基因缩略图,然后点graphics。
点击后的界面如下。这里已经很清楚地标明了SNP所在的位置以及对应的核酸与蛋白序列。但有一点要说明,我注意到这个基因编码的蛋白序列与swissprot的序列有一些差别,很可能是收录的版本不同,或是有些序列是NCBI直接根据orf形成的。