【作图做表】统计不只有 SPSS，分析作图一体化的 GraphPad 也可独当一面！

近期还不能开学，学习就只能在家里进行了，偶然在课题组群里听到师妹在讨论荧光定量结果的统计分析。她们在那里「瞎折腾」，也没有想到去请教一下师兄师姐。

就两组数据，先下载了一个 SPSS 软件，整半天还整不明白怎么分析。查阅了各种教程与书籍，终于分析好了，结果又「傻眼了」，组图又成了一个问题。

作为一个有经验的师兄，很是心痛啊！就这么简单的数据用 SPSS 分析，本身就是大材小用，「杀鸡用牛刀」。师妹，用 GraphPad prism 吧，这个软件作图与分析是一体化的。为避免更多的师弟师妹走弯路，今天我们就来说说 GraphPad prism 。软件可在官网下载：

https://www.graphpad.com/scientific-software/prism/

一、基本分析与作图

首先，从师妹的问题入手，我们说一下这个软件的基本分析与作图。数据结构如下（已经处理好的表达量情况），探究一个基因在小鼠胚胎发育早期过程中的表达变化。

图片来源：电脑截图

打开 GraphPad 软件，GraphPad 特别人性化，提供多种作图模式，基本上满足了我们实验数据分析作图中的方方面面，小伙伴可以根据不同的需求选择不同的作图模式。

这里，我们选择「Column」，点击「Creat」。

图片来源：软件截图

将数据粘贴到软件，并命名。

图片来源：软件截图

点击菜单栏中的「Analysis」，选择分析方法。

如果只有两组数据的话，用「t-test」分析即可。我们这里的数据是多组，所以采用「one way ANOVA」，点击「OK」。并选择「multiple comparisons」，进行两两比较，点击 OK。

图片来源：软件截图

从结果输出表中，我们可以看出各组之间比较的显著性，Significant 列给出了是否显著地结论，Summary 列给出了显著程度。

图片来源：软件截图

接着点击左侧 Graphs，选择需要展示的图形，plot 一般选择选择 SD（标准差）。这里我们选择的是柱状图加散点的模式，因为，有的期刊目前已经要求所有的柱状图需要显示原始数据的散点。

图片来源：软件截图

展示效果如下。如果效果不理想，想调换成其他类型，可以点击菜单栏 「Chang」下的第一个图标，就可以进行重新选择了。

图片来源：软件截图

图片来源：软件截图

没有颜色太单调，同样的点击菜单栏「Chang」右下角的图标——「Colors」，就可以自动填充颜色。

图片来源：软件截图

当然了，小伙伴们如果对颜色，或者图形的描边不满意的话，可以双击柱子，进行重设。

图片来源：软件截图

添加坐标轴描述。

点击菜单栏-「Draw」，添加显著性比较线（依据前面的分析结果）。菜单栏-「Write」和「Text」，添加文字，并选择字体与大小。

图片来源：软件截图

最后以「tiff」格式导出图片，成果图如下：

图片来源：软件截图

二、软件新增功能

师妹的问题解决了，师兄还想再说说本人经常遇见过的一些作图技巧，也是这个软件新增加的功能。

有时候要给实验结果作图，一般我们采用连线图展示，可是很多时候，数据比较集中的话这个图的展示效果就不理想了。

那怎么解决这个问题呢？咱们往下看。

图片来源：软件截图

首先，菜单栏「Sheet」-「New」-「New Data Table」，新建工作页面。

图片来源：软件截图

输入配对实验数据。

图片来源：软件截图

我们上面说过了，两组之间的显著性比较采用 t-test。不过需要注意的是我们这里分析的是配对数据，所以检验的时候也要选择「Paired」。点击「OK」，就可以得到分析结果。

图片来源：软件截图

为了清晰的显示每组的情况，我们采用点图。

图片来源：软件截图

小伙伴们就发问了，这样的图也体现不出组与组的之间的对应关系。重点来了，也是 GraphPad 的新增功能。

我们可以将两组之间对应的数据，用同一种颜色表示。回到数据表，选中一行，点击「Change」中的右下角图标，选择「Symbol Color」，为每一组设置不同的颜色。

图片来源：软件截图

设置好之后，编辑好坐标轴等之后，导出的图片如下，是不是效果还是很突出，有木有焕然一新的感觉呢？

图片来源：软件截图

三、散点图

其实很多大问题别人也已经讲过了，自己摸索一下也就明白了，很快就知道怎么弄了。反而是一些小问题，总是很费时间。我也比较喜欢给别人总结。只要有一个人摸索知道了，分享一下大家也就都会了。

这里说一下最后一个小的作图，散点图。有人会问「散点图有什么好讲的？」，还真有！我曾经有一组数据，关于某个物质的粒径分析，仪器分析数据是不连续的，我们需要化成连续的曲线图。首先画散点图选择 XY。

图片来源：软件截图

图片来源：软件截图

直接选择散点图的时候，出现的是这种锯齿柱状的曲线图。显然不满足要求。

图片来源：软件截图

那么，怎么样处理才能得到光滑的曲线呢？

点击菜单栏「Analysis」-「XY」-「Smooth」，就可以解决。

图片来源：软件截图

得到好看的光滑曲线后，双击曲线，可以设置曲线粗细与颜色。

图片来源：软件截图

GraphPad prism 是一款比较强大的科研作图软件，掌握使用 GraphPad prism，对于实验结果的作图展示就基本没有什么阻碍了，可以做出好看的实验图。小伙伴们只要多加练习和摸索，就会发现更多实用的功能，助力科研。

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