99% 的人不知道的 PCR 耗材小机密!
赛默飞世尔科技
童鞋们都知道,要想成为真正的 PCR 达人,并非易事。一个小小的环节都可能让整个实验挂掉,也正是因此,PCR 成为了资深科研者们心中的痛。
不要说实验本身,其实就连实验的耗材都隐藏着大学问,工欲善其事,必先利其器。
今天我们就具体来说下 PCR 耗材中选择选择反应板的问题。
PCR 板通常采用 96 孔和 384 孔的形式,其次为 24 孔和 48 孔。使用的 PCR 仪和正在进行的应用的性质将决定 PCR 板是否适合您的实验。
裙边
PCR 板的“裙”是板周围的板。裙边可为反应体系构建时的移液过程提供较好的稳定性,以及在进行自动机械处理时提供更好的机械强度。PCR 平板可分为无裙边,半裙边和全裙边。
- 无裙边板缺少周围的面板(图 A)。这种形式的反应板可与绝大多数 PCR 仪和实时 PCR 仪的模块适配,但不适用于自动化应用。
- 半裙边板在板的边缘周围具有短的边缘(图 B),在移液过程中提供足够的支撑,Applied Biosystems PCR 仪大多数均采用半裙边板。
- 全裙边的 PCR 板具有覆盖板高度的边缘面板(图 C)。这种板形式适用于具有突出模块的 PCR 仪(可有利于自动化操作),可安全稳固适配。全裙边还增强了机械强度,使其非常适合在自动化工作流程中使用机器人平台。
板面
板的板面是指其上表面。
- 全平面板设计适用大多数 PCR 仪,便于密封和处理。
- 边缘凸起板设计对于某些 PCR 仪器(如 Applied Biosystems PCR 仪)具有最佳适配性,有助于在不需要适配器的情况下平衡热盖压力,确保最佳的的热传递和可靠的实验结果。
具有全平面板和凸起边缘的 PCR 板
颜色
PCR 板通常可提供多种不同的颜色形式,以便于对于样品的视觉区分和鉴别,特别是在高通量实验中。尽管塑料的颜色对 DNA 扩增没有影响,但在设置实时荧光定量 PCR 的反应时,与透明耗材相比,我们更推荐使用白色塑料耗材或者经磨砂处理的塑料耗材,以实现灵敏和准确的荧光检测。
qPCR 使用透明和白色耗材的结果比较(A)与透明孔相比,白色孔 Ct 值更低(灵敏度更高)。(B)白色孔在技术重复中也表现出更高的一致性。
白色耗材通过阻止荧光折射出管来提高 qPCR 数据的灵敏度和一致性。折射被最小化时,更多的信号被反射回检测器,从而增加信噪比。此外,白色管壁可阻止荧光信号传递至 PCR 仪模块,避免被吸收或不一致地反射荧光信号,从而使重复实验中的差异降至最低。
不同品牌仪器,由于荧光检测器位置设计不同,请参考生产厂家推荐的耗材。通常 Applied Biosystems PCR 仪,我们推荐您使用原装的磨砂孔 PCR 板,这些耗材经过研发严格测试,可确保您获得准确可靠的实验数据。而对于 Bio-Rad CFX 或 Roche 480 荧光定量 PCR 仪,厂家推荐使用白色 PCR 板。
外形(Profile)
PCR 板的外形是指其高度,因此“low profile(低容,低位)”意味着高度更低。 低容耗材更短的设计最大程度减少了反应体系上方的空间,降低了蒸发的影响并提高了热传导效率。因此,同时兼容的情况下推荐优先选择低容耗材,即“快速”板或矮板。
标准和低容 PCR 耗材
切角
切角是对 PCR 板的一个角缺失,取决于所需要适配的仪器。切角可能位于 96 孔板的 H1,H12 或 A12 位置,或384孔板的 A24 位置。
带有切角的 PCR 板
ANSI/SBS 形式
为了兼容不同的自动化液体处理高通量系统,PCR 板应符合美国国家标准协会(ANSI )和生物分子科学学会(SBS,现属实验室自动化和筛选协会( SLAS))。符合 ANSI/SBS 的板具有标准的尺寸,高度,孔位置等,因而有助于于自动化处理。
孔边缘
PCR 板的共同特点是在孔周围有一个凸起的边缘。该设计可有助于用封板膜进行密封以防止蒸发。
PCR 板凸起的孔边缘。
标记
PCR 板上的字母数字标记将有助于识别单个孔及对应样品的位置。通常为白色或黑色字迹的凸起字母,以便于查看。
然而,在自动化流程中凸起的标记可能会干扰到密封的过程。对于自动化应用,刻字 (下图 )可以改善板的外边缘的密封性。
可分割板
某些 96 孔 PCR 板被设计成可分割的。该设计使得一整块 96 孔板可以轻松被分割成更小的板,在不需要使用一整块板时可减少耗材的浪费并降低成本。具有 24 孔分割的平板是最常见的,但 32 孔和 8孔分割也可以提供方便和灵活性。
可分割的 PCR 板
条形码
在高通量实验中,半裙边和全裙边的 PCR 板可以标记条形码,以便于记录和跟踪。为了更为安全可靠地追踪,条形码标记应当不能被刮掉并能承受化学侵蚀和一定的温度范围(如 –196°C 至 120°C)。条形码阅读器的位置可能因自动化平台而异,在这些情况下,4 边条形码或自定义条码是替代解决方案。
条形码(A)带有条形码的 PCR 板。(B)常见的条码格式。