“嘧啶型”三螺旋DNA

“ 嘧啶型 ” 三螺旋或嘧啶 - 嘌呤 - 嘧啶（ Y·RY ）型三螺旋中，第三条嘧啶链以平行于 Watson-Crick 双螺旋中嘌呤链的方向，缠绕到双螺旋的大沟上；专一性地与嘌呤链结合。例如，典型的 Y·RY 型三螺旋 T·AT 和 C ·GC ，其专一性体现在 T 对 AT ，质子化的 C 对 GC 的识别。这些三螺旋的结构基本单位是三碱基体。 T·AT 和 C ·GC 三螺旋的链 3 和链 2 的碱基以两个 Hoogsteen 氢键配对，不影响链 1 和链 2 间的相互作用。
近年来的核磁共振实验表明： Y·RY 型三螺旋也包括三链复合物 G·TA 、 T·CG 和 X·GC （ X=A 、 G 、 T ）。在 G·TA 三螺旋中，第三条 G 链的糖环构象采取 N 型，而其他的两条链上的糖环构象大部分是 S 型。在 T·CG 三螺旋中，碱基 T 和 C 之间仅以一个氢链相连。在 Y·RY 型分子内三螺旋 X·GC （ X=A 、 G 、 T ）中，第二条链和第三条链的碱基之间都是以一条或两条氢键相连。这些三螺旋不同于典型的 T·AT 和 C·GC 三螺旋，氢键配对没有严格的限制。
自从 Arnott 等根据低分辨率的 X 射线衍射得到 d(T)n·d(A)n·d(T)n 三螺旋模型以来， 20 年来一直作为研究 Y·RY 型三螺旋的结构基础。 Arnott 等提出的三螺旋为 A 型 DNA ，糖环构象是 N 型（ C3′-endo ），一个周期含有 12 个核苷酸，平均碱基高度为 32.6nm ，有较负的 X 位移（ -32nm ）。最近这种模型受到各种实验结果的怀疑。 Howard 等根据红外光谱以及偏端霉素 A 的嵌入实验（偏端霉素 A 只与 B 型不与 A 型 DNA 结合）等研究结果提出了不同于 Arnott 模型的 Y·RY 型三螺旋结构模型。它们认为 d(T)n·d(A)n·d(T)n 三螺旋在结构和构象上采取 B 型，其糖环构象是 C2′-endo （ S 型）， 3 条核苷酸链都有相同的糖 - 磷酸主链构象。在两个反平行的 T 链间存在一个二重对称轴，而在 Arnott 的模型中不含有任何对称性。 d(T)n·d(A)n·d(T)n 的 B 型三螺旋结构比 A 型在能量上更优越，同时 Raghunathan 等也给出了 B 型三螺旋结构模型的初始坐标。分子模型和振动谱的研究表明在 d(G)n·d(G)n·d(C)n 和 d(G)n·d(A)n·d(T)n 三螺旋中， S 型和 N 型糖环构象都存在，糖环的二面角在 anti 区。 d(C)n 链是 S 型， Watson-Crick 中的 d(G)n 链是 N 型。分子动力学模似也表明 YRY 型三螺旋与 Arnott 的模型有较大的偏离。然而，三螺旋究竟是 A 型还是 B 型或者是两者的混合体还需要进一步实验去证实。