H-DNA

H-DNA又称铰链DNA，是三螺旋结构中较为特殊的一种，1987年由Mirkin等在一种持粒的酸性溶液中首次发现。H-DNA可在任何以镜象重复的寡聚核苷酸中产生（核苷酸序列具有H回文结构）。H-DNA的形成始于共聚物内部突环，其中的双链在一边轻微旋转，折叠回去，以生成第一个三股碱基对。这种成核过程建立了一种非平衡的H-DNA构型。缠绕与变性导致了其余DNA分子负超螺旋松弛。3′和5′一半的多聚嘧啶链都可以作H-DNA的给予体链，而形成两种异构体如图3-30所示，它们在构型上是等价的。简言之，H-DNA是由部分未缠绕的复合DNA中的一个富嘧啶链，经回折同复合体中伸展的富嘌呤链间形成Hoogsteen氢键而形成的分子内三螺旋，即DNA的双链所形成的三链螺旋。由于形成过程中发生C→C 的转化，故称H-DNA。并把这类序列称为H回文序列。
研究还发现在毫摩尔级的Mg2 和中性pH下，d(G)30·d(C)30所形成一种由GGC三碱基体组成的嘌呤分子内三螺旋结构（undefined-DNA），而另外一些研究则发现d(AG)n·d(T)n和d(G)n·d(C)n束道也能形成同时含有H-DNA和undefined-DNA的纽结（nodule）三锭结构。如图3-30，在这个DNA结构中，两个三螺旋的顶端含有少数几个未配对的DNA碱基，而且由于不同结构间存在大量的链节，因此，纽结DNA的形成具有较高的成核能，但延伸能较低（因为单链区较少）。