学说和概念的成熟
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科学的脊骨是为所观察现象提供解释说明框架的概括、学说和概念系统。科学哲学的主要任务是研究学说（理论）是怎样形成和被检验的；假说、定律、学说之间是怎样互相区别的；发现的逻辑和解释的逻辑之间有什么不同；以及一切互相有关的问题如何处理等等。我不准备重新讨论这些问题而只介绍在科学学说和概念的发展过程中发挥一定作用的（无论是有利的还是不观伪）某些特殊因素。
一种新观点开始出现时很少是十分完善的。达尔文在1838年秋初次提到自然选择概念以后就不断加以充实使之逐渐完善。实际上当读到某个学者对某个观点或概念的初次表述时就会发现它是多么模糊不清，有时它还会夹杂一些无关的、甚至是矛盾的部分。
概念和学说一般都是科学的某个特殊分支研究传统的一部分，研究促进（或阻碍）某一学科成长（成熟）的各种因素比研究某一特定概念的成熟在某些方面更有启发性。下面就介绍一些这类因素（这些因素并不是按其重要性次序排列的）。
（1）淘汰无用的学说或概念
自然选择学说的成熟与确立主要是依靠逐一否定了所有的与之相竞争的学说，诸如骤变论、直生论、获得性状遗传学说等等。另一个例子是现代遗传概会的成熟。从古希腊到1900年大约有十几个原先持有的概念必须加以否定以便让位于现代传递遗传学概念。
（2）排除前后不一致和矛盾现象
前后不一致和内部矛盾现象在学说还不成熟的阶段往往并不用显。当一个思想家同时赞同表面上明显不同的概念时，他的所作所为就好比是这不同的概念处于不同的脑室没有互相沟通的渠道。例如18世纪和19世纪相信软式遗传的人都是本质论者，他们本来就应当信奉不可变的本质。另一个例子是早期的孟德尔主义者将进化演变归因于机遇突变，而忽略了这样的随机过程决不会导致生物界极不寻常的适应现象。某些早期的进化主义者，例如Asa Gray，十分崇敬属于个人的上帝然而又承认自然选择和达尔文主义的其它方面，而这些又是他的同时代人认为与神创论是绝不相容的了每当科学事实或学说与科学家的基本哲学观点或思想体系发生冲突时就会产生进退两难的局面。在这种情况下生活在矛盾中一般就比放弃科学或本人的意识形态更为容易。但是，如果矛盾只影响相互竞争的学说，两者之中最终会证明只有一个合理，其结果就是科学的明显进步。
（3）其它领域的投入
在概念和学说的成熟过程中的许多重要进展是由于从其它领域输入了观念或技术的结果。这十投入（输入）可能来自生物学的其它分支，例如遗传学从动物、植物育种、细胞学、系统学，也可能来自物理科学（尤其是化学）或数学。某一门科学中的成熟理论和模型当移植到另一科学领域中时往往也适用，有时还会产生最有价值的效果。
（4）排除语意上的混乱
术语（专业名词），在定义明确和便于理解时，对科学进步极其有利。反之，当一个术语被错误地移植到不同的概念时（如摩根引用突变这一术语），或者同一个术语用于不同概念时，就会引起相当的混乱并一直到澄清为止。引用新术语往往有助于澄清这一类混乱。例如“分类单位”（以前曾使用过“分类阶元”这词），“亚种”（分类学家过去用过“变种”这词，变种也曾用于个别变异体），又如“隔离机制”（以前没有这术语）。另外，生物学各个分支学科都能举出不少例子表明引进新术语能使似往的混乱局面改观。1930年代和194O年代就是由于引用了新术语而大大促进了进化综合。例如由赫胥黎和迈尔引用的“多型的”，迈尔引进的“同域的”和“异域的”，俄国学派引的“基因库”，Sewall Wright引用的“遗传漂变”，以及其它术语如“创始者原则”和“遗传稳态”。当这些术语被明确下定义并清楚地和它们前此相混淆的其它现象区别开就能有助于排除争议。
当一个术语从一种概念转移到另一种概念时不论作为其基础的概念化过程发生了多么大的变化，不可避免会产生误解。然而在大多数情况下宁可保留这术语而不要不断引用新术语，只要其概念基础只有少许变化或逐渐变化。例如“基因”这术语，当约翰逊提出时，是特定的指“非物质”实体，一种“计算单位”而言。在摩根学派中这术语马上就应用于染色体上特定而又明确的物质性座位（位点），在分子遗传学中则是一套硷基对，同样是真正的物质实体。这一类的例子不胜枚举。
比喻在科学史上具有重要作用。有确切的比喻也有不合适的比喻。达尔文的“自然选择”一词正好是在这两类比喻之间的夹缝上并被他的同时代人坚决反对。他们想要把“谁”来选择人格化并坚决认为由自然来选择和被上帝创造两者之间并没有实质上的差别。当达尔文由于朋友们的催促而采用了“最适者生存”一词时，情况就变得更糟因为这个新比喻表示了循环论证（“谁”是最适者？生存的是最适者；“谁”生存？最适者生存）。由赖特引用的“遗传漂变”这术语指的是小种群中等位基因频率变化的随机过程，而某些学者却误解为稳定的单方向漂变。研究生物学中比喻的引用及其后果将是历史学者的一项有趣的课题。
（5）两个互相竞争学说的选择性融合
生物学学说一般都很复杂。某个学说具有绝对独尊性的情况极为罕见。一般情况是两个或以上的学说相互竞争，究竟哪一个学说是正确的争论可能持续几十年甚至几百年。最后结果很少是一种学说独占上风而往往是这几种学说的最优部分的综合集成。例如现代的选择性重演学说就是综合了原先两种互相争执学说（自然哲学派的学说和冯贝尔的学说）的有价值部分并和达尔文的共同祖先学说结合起来而形成：个体发生重演（伴有或多或少变化）其祖先的个体发生（不是成体）阶段。
另一个例子是从1800年左右一直持续到20世纪的关于遗传物质本质的论战。物理主义者认为它是一种物理力或者是某种“纯化学的”东西，而胚胎学家和博物学家则鉴于其非凡的专一性和遗传的精确性，从达尔文、魏斯曼以来提出它是遗传的结构（反对者称之为“形态学的”）基础。在这一论战的大部分时间中当然还不知道高分子。当1953年作出最后解答时才了解遗传物质既是化学物质又具有复杂结构。将对立观点加以综合才解决了这场争论。
一种新观点开始出现时很少是十分完善的。达尔文在1838年秋初次提到自然选择概念以后就不断加以充实使之逐渐完善。实际上当读到某个学者对某个观点或概念的初次表述时就会发现它是多么模糊不清，有时它还会夹杂一些无关的、甚至是矛盾的部分。
概念和学说一般都是科学的某个特殊分支研究传统的一部分，研究促进（或阻碍）某一学科成长（成熟）的各种因素比研究某一特定概念的成熟在某些方面更有启发性。下面就介绍一些这类因素（这些因素并不是按其重要性次序排列的）。
（1）淘汰无用的学说或概念
自然选择学说的成熟与确立主要是依靠逐一否定了所有的与之相竞争的学说，诸如骤变论、直生论、获得性状遗传学说等等。另一个例子是现代遗传概会的成熟。从古希腊到1900年大约有十几个原先持有的概念必须加以否定以便让位于现代传递遗传学概念。
（2）排除前后不一致和矛盾现象
前后不一致和内部矛盾现象在学说还不成熟的阶段往往并不用显。当一个思想家同时赞同表面上明显不同的概念时，他的所作所为就好比是这不同的概念处于不同的脑室没有互相沟通的渠道。例如18世纪和19世纪相信软式遗传的人都是本质论者，他们本来就应当信奉不可变的本质。另一个例子是早期的孟德尔主义者将进化演变归因于机遇突变，而忽略了这样的随机过程决不会导致生物界极不寻常的适应现象。某些早期的进化主义者，例如Asa Gray，十分崇敬属于个人的上帝然而又承认自然选择和达尔文主义的其它方面，而这些又是他的同时代人认为与神创论是绝不相容的了每当科学事实或学说与科学家的基本哲学观点或思想体系发生冲突时就会产生进退两难的局面。在这种情况下生活在矛盾中一般就比放弃科学或本人的意识形态更为容易。但是，如果矛盾只影响相互竞争的学说，两者之中最终会证明只有一个合理，其结果就是科学的明显进步。
（3）其它领域的投入
在概念和学说的成熟过程中的许多重要进展是由于从其它领域输入了观念或技术的结果。这十投入（输入）可能来自生物学的其它分支，例如遗传学从动物、植物育种、细胞学、系统学，也可能来自物理科学（尤其是化学）或数学。某一门科学中的成熟理论和模型当移植到另一科学领域中时往往也适用，有时还会产生最有价值的效果。
（4）排除语意上的混乱
术语（专业名词），在定义明确和便于理解时，对科学进步极其有利。反之，当一个术语被错误地移植到不同的概念时（如摩根引用突变这一术语），或者同一个术语用于不同概念时，就会引起相当的混乱并一直到澄清为止。引用新术语往往有助于澄清这一类混乱。例如“分类单位”（以前曾使用过“分类阶元”这词），“亚种”（分类学家过去用过“变种”这词，变种也曾用于个别变异体），又如“隔离机制”（以前没有这术语）。另外，生物学各个分支学科都能举出不少例子表明引进新术语能使似往的混乱局面改观。1930年代和194O年代就是由于引用了新术语而大大促进了进化综合。例如由赫胥黎和迈尔引用的“多型的”，迈尔引进的“同域的”和“异域的”，俄国学派引的“基因库”，Sewall Wright引用的“遗传漂变”，以及其它术语如“创始者原则”和“遗传稳态”。当这些术语被明确下定义并清楚地和它们前此相混淆的其它现象区别开就能有助于排除争议。
当一个术语从一种概念转移到另一种概念时不论作为其基础的概念化过程发生了多么大的变化，不可避免会产生误解。然而在大多数情况下宁可保留这术语而不要不断引用新术语，只要其概念基础只有少许变化或逐渐变化。例如“基因”这术语，当约翰逊提出时，是特定的指“非物质”实体，一种“计算单位”而言。在摩根学派中这术语马上就应用于染色体上特定而又明确的物质性座位（位点），在分子遗传学中则是一套硷基对，同样是真正的物质实体。这一类的例子不胜枚举。
比喻在科学史上具有重要作用。有确切的比喻也有不合适的比喻。达尔文的“自然选择”一词正好是在这两类比喻之间的夹缝上并被他的同时代人坚决反对。他们想要把“谁”来选择人格化并坚决认为由自然来选择和被上帝创造两者之间并没有实质上的差别。当达尔文由于朋友们的催促而采用了“最适者生存”一词时，情况就变得更糟因为这个新比喻表示了循环论证（“谁”是最适者？生存的是最适者；“谁”生存？最适者生存）。由赖特引用的“遗传漂变”这术语指的是小种群中等位基因频率变化的随机过程，而某些学者却误解为稳定的单方向漂变。研究生物学中比喻的引用及其后果将是历史学者的一项有趣的课题。
（5）两个互相竞争学说的选择性融合
生物学学说一般都很复杂。某个学说具有绝对独尊性的情况极为罕见。一般情况是两个或以上的学说相互竞争，究竟哪一个学说是正确的争论可能持续几十年甚至几百年。最后结果很少是一种学说独占上风而往往是这几种学说的最优部分的综合集成。例如现代的选择性重演学说就是综合了原先两种互相争执学说（自然哲学派的学说和冯贝尔的学说）的有价值部分并和达尔文的共同祖先学说结合起来而形成：个体发生重演（伴有或多或少变化）其祖先的个体发生（不是成体）阶段。
另一个例子是从1800年左右一直持续到20世纪的关于遗传物质本质的论战。物理主义者认为它是一种物理力或者是某种“纯化学的”东西，而胚胎学家和博物学家则鉴于其非凡的专一性和遗传的精确性，从达尔文、魏斯曼以来提出它是遗传的结构（反对者称之为“形态学的”）基础。在这一论战的大部分时间中当然还不知道高分子。当1953年作出最后解答时才了解遗传物质既是化学物质又具有复杂结构。将对立观点加以综合才解决了这场争论。
