总RNA 的非变性电泳检测

总 RNA 的电泳检测，原来我使用 Lambda DNA/EcoR I （或者 Hind III）酶切 Marker，现在基本上不再用 Marker 了。指示剂一定是溴酚蓝加二甲苯氰，胶浓度 1-1.2%。加样后，开始电泳 (电压的选择的唯一依据是，我后面的时间安排。)。 溴酚蓝出孔 2-3cm 后终止电泳，紫外观察。首先能吸引我的一定是非常亮的位置(是否上样过量)，然后观察溴酚蓝到二甲苯氰之间的条带情况 (降解情况)，再就是加样孔 (杂质残留情况)，最后是 23kb 处是否有条带 (基因组 DNA 残留情况)。如果同时抽提的样品是多个，而且类似，在具体分析某一个问题样品前，要先综合一下该批次抽提的总的成败。如果全部有某现象，可能与试剂有关，也可能与样品有关，还可能与操作有关；如果只有部分有该现象，更可能与操作有关，少部分与样品有关 (先做的和后做的可能也有区别)。只有在宏观上有了一个概念，微观分析才有价值，才准确。

微观分析重点要看如下几个位置：

1：溴酚蓝偏下一点点。 这个位置提供的是小片段 rRNA (5S 等)的信息及降解的辅助指标。有可能有，也可能没有。没有不是问题，因为柱子抽提方法及 TRIzol 的高盐沉淀方法，都会去除大部分小的 RNA 片段。
问题一：特别亮，宽度甚至超过了加样孔的宽度。特别亮首先提示上样量过大，而过大的上样量是很容易掩盖一些信息的，导致判读错误。不管能否看见大片段 RNA，也不管带型如何，碰到小片段非常亮的情况，最好大大降低上样量重新跑一次，再判读。
2：指示剂溴酚蓝到二甲苯氰之间或者上面一点点。 这个位置提供的是大片段的 rRNA (28S/18S 等)完整性的信息。条带清晰弥散轻微，表示完整性好；否则表示完整性差。
问题一：比例达不到 2:1。条带亮度比例，没有必要太放在心上，因为比例不是非变性电泳的结论；同时，有些物种本身就不具备这样的比例 (从 DXY 上战友处首次学到)。关键是条带是否清晰，弥散少。
问题二：有多条带。多条带也不是问题，有些物种 � 如植物 � 本身就是有多条带。即使本身只“应该”有两条带的出现了多条带，也不要放在心上，因为这只是 RNA 的二级结构的一种体现 (如同质粒的构型)；同时，它不会对后续实验产生任何影响。
问题三：看不见条带。如果能看见小的片段 (或者其它泳道能看见)，以及小的片段不是非常亮，多提示降解；如果小片段非常亮，见 1。
问题四：有弥散。如果小片段不是非常亮，多提示降解；如果小片段非常亮，见 1。如果弥散同时也向加样孔方向发生，则还需要考虑电泳的问题和盐残留的问题，因为单纯的降解是不可能发生向上的弥散的。
问题五：非常亮的一大团，不成条带状。几乎都与上样过量有关，降低上样量重新跑一次，再判读。
许多人喜欢与精确的 DNA Marker 比对大小，来判断 RNA 的条带大小。这是有问题的，可能产生误导；我自己就碰到过 28S 在接近 2kb 位置，也有接近 1kb 位置的情况，这与胶浓度以及胶的生产厂家有关。你可以继续比对，但只是多一个参照物，多一个不严谨的参照物；更应该参照的是：如果在 1kb 左右有条带出现，理论上只有两种情况，一是 RNA 条带，二是凋亡的 DNA Ladder � 后者几乎碰不到。
3：23kb 处。 这个位置提供的是基因组 DNA 残留量的信息。如果不使用 DNase I 处理，任何方法抽提的总 RNA 都残留有基因组 DNA，只是残留量的多少有区别。
问题一：条带可见，且无弥散。基因组 DNA 的残留，主要与方法/试剂有关，其次与样品使用量有关。柱子抽提方式，如果过程中没有使用苯酚，基因组 DNA 的残留量都是比较高的。TRIzol 及其它原理为酸性酚的方法/试剂出现基因组 DNA 的残留，多与样品过量有关；同时也与吸取上清的操作不当有关。
问题二：条带清晰，但有弥散。首先肯定是有基因组 DNA 的残留，但为什么会弥散？如果非常亮，弥散可以由上样过量导致。如果不是很亮，则看加样孔：加样孔不亮，提示高盐残留；加样孔很亮，则见下面。
4：加样孔。 这个位置提供的是杂质残留的信息。导致加样孔发亮的原因非常多，其中最主要的是非蛋白质/非核酸类的大分子杂质 (如多糖、多酚) 的残留以及蛋白质和核酸的同步残留。大分子杂质的残留，首先与样品本身有关 (如植物、菌、动物肝脏、肺等)，其次与所使用的方法/试剂去除这些杂质的能力有关。蛋白质和核酸的同步残留，少量与样品有关 (如肌肉)，大部分则与所使用的方法/试剂，以及操作不当有关。另外，样品使用过量，也是一个重要原因。
5：弥散问题。 这个问题可以出现在胶体的任何位置。一般讲，降解是向下弥散的；向上的弥散 (即拖尾) 多与上样核酸中的杂质有关。如果向下的弥散和拖尾同时出现，更可能的还是杂质残留的问题。当然，如果电泳体系出了问题，也会出现这样的现象的。

判读电泳照片，必须综合考虑，方能找准问题的方向。不要看了照片，像降解的就认为是降解；孔一亮，就认为是蛋白残留。总之，照片判读，是一个经验的活，有时候说都说不清楚。但是，多研读结果不好的照片，一定会对你今后带去很大的好处的。