Protocol of Northern blot
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<font>Protocol of Northern blot<br />
质粒的转化和扩增<br />
质粒的鉴定<br />
目的基因片段的切割<br />
3.1样品双酶切(175μl水解体系)<br />
DW 115μl<br />
Buffer B(10×) 17.5μl<br />
BaM H 15μl<br />
Pst I 17μl<br />
DNA(MMP-9) 16μl<br />
BSA 4.5μl<br />
37℃水浴,3h。<br />
3.2制胶(1.5%Agarose)<br />
0.6g Agarose+40ml TAE(1×)<br />
3.3电泳<br />
175μl样品+35μl loading buffer(6×)<br />
Marker 5μl +DW 20μl + 5μl loading buffer(6×)<br />
3.4目的基因片段的回收(按照北京鼎国生物发展中心的DNA纯化回收手册进行)<br />
3.4.1 切取含DNA片段的琼脂糖(100mg-300mg)捣碎按重量比1:3(DNA片段:溶液B)加入溶液B。<br />
3.4.2 50℃水溶10分钟,直至胶完全溶化,其间旋涡振荡三次,琼脂糖必须完全溶化,如果体积大于500μl,可适当增加溶胶时间,若此时溶液变红,可加15μl NaAc。(亦可不加)。<br />
3.4.3 将溶液置于离心柱中,静置1-2分钟,≥8000rpm离心30S-60S,若一次加不完,可分两次离心。<br />
3.4.4 倒掉液体,加入500μl溶液C(用无水乙醇1:1稀释)于离心柱中,8000rpm 30-60S离心,倒掉液体。<br />
3.4.5 用溶液C(用时乙醇1:1稀释)500μl再洗一遍,8000rpm 离心30-60S。<br />
3.4.6 ≥15000rpm再次离心30S-60S,摔干剩余液体。<br />
3.4.7 将离心柱置于新的离心管中,(此时若离心管盖盖不住,不影响实验结果)加入≥50℃预热30-50μl(取最低值)溶液D,混匀,静置2分钟,≥15000rpm离心60S,管底即DNA。<br />
3.4.8 将DNA贮存于-20℃。<br />
3.5目的基因片段的鉴定<br />
3.5.1电泳(看是否为一条带)<br />
3.5.2 OD值的测定(主要是确定浓度和质量)<br />
子宫组织总RNA的提取(采用Trizol提取法)<br />
4.1匀浆<br />
每50-100mg组织加入1mlTRIzol。样品体积不能超过10%TRIzol体积。匀浆。此步后加入氯仿前可放于-60℃~-70℃至少一个月。<br />
4.2可选(对富含脂肪、蛋白的样品而言)<br />
2-8℃,12000rpm,10分钟。取上清,移入新管。<br />
4.3水相分离<br />
15-30℃孵育5分钟。然后,加入0.2ml氯仿(每1mlTRIzol)。用力摇15秒,15-30℃孵育2-3分钟。2-8℃,12000rpm,15分钟。离心后,RNA在水相。<br />
4.4 RNA沉淀<br />
转移水相入新管(注意,保留有机相用于DNA和蛋白的提取),加入0.5ml异丙醇(每1mlTRIzol),15-30℃孵育10分钟。2-8℃,12000rpm,10分钟。可见RNA沉淀。<br />
4.5 RNA洗涤<br />
弃上清,每1mlTRIzol加入至少1ml 75%乙醇清洗一次沉淀。2-8℃,7500rpm,5分钟。<br />
4.6溶解RNA<br />
室温干燥RNA 5-10分钟。加入100μl DEPC水重溶RNA。贮存于-70℃。<br />
4.7 RNA的鉴定<br />
测定OD260/280,1.7~2.0为好;电泳,观察降解与否,照相。<br />
RNA变性凝胶电泳<br />
5.1制胶<br />
溶化适量Agarose于水中,冷却至60℃,加入5×甲醛凝胶缓冲液(即5×MOPS:0.1M MOPS,40mM乙酸钠,5mM EDTA)和甲醛(PH>4.0)至最终浓度分别为1×和2.2M。将胶放在制胶板中,室温至少30min。<br />
Agarose 0.4g<br />
去离子水 25ml<br />
60℃溶解后,再加入:<br />
5×MOPS 8ml<br />
甲醛 7.3ml<br />
5.2制备样品<br />
RNA 4.5μl(约10~20μg,RNA体积不足用DEPC水补齐)<br />
5×MOPS 2.0μl<br />
甲醛(约占20%) 3.5μl<br />
去离子甲酰胺(占50%) 10.0μl<br />
65℃孵育样品15min,冰上制冷,离心(样品)5秒,将所有液体沉淀到微型离心管中。<br />
5.3 加1/10体积(2μl)的无菌、DEPC处理的甲醛凝胶上样缓冲液(50%甘油,1mmol/L EDTA,0.25%溴酚蓝,0.25%二甲苯青FF)。<br />
5.4 预电泳5V/cm,5分钟,电泳缓冲液为1×MOPS,预电泳后立即加入样品。<br />
5.5 电泳缓冲液1×MOPS淹没凝胶,电压3~4V/cm(80V,1.5~4h可根据溴酚蓝的位置来确定电泳时间,基本上溴酚蓝快跑完了)<br />
6.转膜<br />
6.1 电泳完毕后,用DEPC水清洗5min×3,以去除甲醛,然后浸泡凝胶于20×SSC中45分钟。<br />
6.2 浸泡尼龙膜于20×SSC中,至少5分钟。<br />
6.3湿式电转移<br />
6.3.1将8张合适大小的滤纸、尼龙膜及海绵在电泳缓冲液(0.5×TBE)中浸透(至少10分钟)。<br />
6.3.2将胶安放在转移架夹中,注意不要留下气泡。安放顺序为:海绵、4张滤纸(一张一张放,并用吸管及时除去气泡)、凝胶、尼龙膜、4张滤纸(每放一层都用0.5×TBE湿润一下)。将转移架夹缓缓地放置在装有电泳缓冲液的转移槽中,使液体慢慢没夹,驱出海绵中的气泡。注意:尼龙膜面向正极栅板。<br />
6.3.3转移:电压为1-4V/CM。先用8V(1V/CM)转移1小时,小片段在低电压下转移较好。然后升压至30V(4V/CM),再转移2小时,使大片段转移彻底。通过紫外光可检查转移效果。<br />
6.3.4结束转移,取出尼龙膜,在电泳缓冲液中漂洗可能粘附的凝胶,浸泡膜于2×SSC中至少5分钟(5~30min)。<br />
6.3.5紫外交联,在基因交联仪中进行,设定如下参数:<br />
湿膜:150mj,13秒,C3<br />
干膜:13秒,C2<br />
如需重复杂交时,勿让膜干透。<br />
7.cDNA的32P末端随机引物标记<br />
7.1 变性25ngDNA(适当增大加入量)溶解在5~20μl 蒸馏水中,沸水浴加热5min,然后立即冰上制冷。<br />
7.2 冰上进行以下操作:<br />
2μl dATP<br />
2μl dGTP<br />
2μl dTTP<br />
10μl 随机引物缓冲液(Random Primer Buffer)<br />
3μl(约50μCi,[α-32P]dCTP,Mixture)3000Ci/mmol,10μCi/μl<br />
加蒸馏水至总体积49μl,短暂振荡。<br />
7.3 加入1μlKlenow片段,缓慢且完全混匀,短暂离心。<br />
7.4 25℃温育1h。<br />
7.5加入5μl终止液。直接用于杂交反应或放于-20℃以备使用,但不可放置太久。<br />
附注:第4步中孵育时间大于1h可以产生较高的特异性。<br />
第5为得到理想结果,超螺旋DNA应在随机引物标记前线粒化或碱变性。<br />
8.杂交<br />
8.1 室温浸泡膜于2×SSC中15分钟。倒掉液体,加入7.5ml预杂交液。65℃预杂交4h。<br />
8.2 沸水浴200ng cDNA探针(于50μl缓冲液中)5~15分钟,然后立即在冰水混合物中致冷。离心。<br />
8.3 倒掉预杂交液,加入10ml新鲜配置的杂交缓冲液,内含10%硫酸葡聚糖(dextran)以及32P标记的探针(每次10ml杂交液中加入5μl 32P标记探针)。垂直放入杂交管底部,摇匀。65℃,在杂交炉中转动杂交25(>16)小时。<br />
8.4 自然冷却至室温,洗膜30分钟(杂交炉中转动),洗膜液Ⅰ为1×SSC,0.1%SDS。<br />
8.5 60℃,洗膜液Ⅱ中洗膜3×30分钟(杂交炉中转动)。<br />
9.放射自显影<br />
吸干多余的液体,包上可透过紫外线的塑料保鲜膜,在暗室中将杂交膜和X光片放入增感屏内,密封后放在-80℃中,48小时。<br />
10.显影和定影<br />
暗室中显影13分钟,定影30分钟。<br />
11.洗掉探针<br />
用50mL洗膜液Ⅲ于65℃,2×30分钟。用2×SSC室温漂洗5min×2。<br />
<br />
Northern Blot 实验过程中所用到的试剂配方:<br />
―――――杂交前――――<br />
1.5×MOPS,500ml<br />
0.1M MOPS<br />
0.04M NaAc<br />
0.005M EDTA<br />
在400mL的DEPC水中溶解11.56g MOPS,用HAc或NaOH调节PH至7.0,然后加入2.72g NaAc及5mL 0.5M EDTA,用DEPC水定容至500mL,用0.22μm的滤膜过滤除菌,避光保存。<br />
2.0.5M EDTA(PH8.0),50 mL<br />
EDTA 7.306g<br />
DEPC水 45mL<br />
用NaOH调至PH8.0,补加DEPC水到50 mL<br />
3.甲醛凝胶上样缓冲液(约20μL,即 loading buffer)<br />
50% 甘油<br />
1mM EDTA(PH8.0)<br />
0.25% 溴酚蓝<br />
0.25% 二甲苯青FF<br />
4.1×MOPS,500mL<br />
5×MOPS 100mL<br />
DEPC水 400mL<br />
5.20×SSC,1000mL<br />
3M 175.3g NaCl<br />
0.3M 88.2g 柠檬酸三钠・2H20(88g/L)<br />
用1M HCL调PH7.0,定容到1000mL<br />
6.2×SSC,500 mL<br />
20×SSC 50mL<br />
DEPC水 450 mL<br />
7.5×TBE ,400mL<br />
21.6克 Tris碱<br />
11.0克 硼酸<br />
8mL 0.5M EDTA PH8.0<br />
加DEPC水至400mL,出现沉淀后废弃。<br />
8.1×TBE,1000mL<br />
10×TBE 100mL<br />
DEPC水 900mL<br />
<br />
――――――杂交时―――――<br />
1.2×SSC<br />
2.预杂交液,50mL<br />
DEPC水 30mL<br />
SDS 3.5g<br />
Na2HPO4・12H2O 2.45g<br />
NaH2PO4(NaH2PO4・2H2O) 0.38g(0.494g)<br />
0.5M EDTA 100μL<br />
BSA 0.5g<br />
去离子甲酰胺 7.5mL<br />
加无离子水至50mL<br />
――――――杂交后――――――<br />
1.洗膜液Ⅰ,500mL<br />
1×SSC 500mL<br />
0.1%SDS 0.5g<br />
2.洗膜液Ⅱ,2000mL(500mL)<br />
NaH2PO4・2H2O 2.465g (0.62g) 25mM<br />
Na2HPO4・12H2O 12.248g (3.06g) 25mM<br />
EDTA 0.584g (0.146g) 1mM<br />
SDS 20g (5g) 1%<br />
加水至 2000mL (500mL)<br />
3.洗膜液Ⅲ,500mL<br />
Na2HPO4・12H2O(10mM) 1.79g<br />
DW to 250mL<br />
约1mL磷酸调PH7.0<br />
去离子甲酰胺(50%) 250mL </font>