RNA 提取原理:
通过变性剂破碎细胞或者组织,然后经过氯仿等有机溶剂抽提 RNA ,再经过沉淀,洗涤,晾干,最后溶解。但是由于 RNA 酶无处不在,随时可能将 RNA 降解,所以实验中有很多地方需要注意,稍有疏忽就会前功尽弃。
RNA 提取的一般步骤
所有 RNA 的提取过程中都有五个关键点,即:样品细胞或组织的有效破碎;有效地使核蛋白复合体变性;对内源 RNA 酶的有效抑制;有效地将 RNA 从 DNA 和蛋白混合物中分离;对于多糖含量高的样品还牵涉到多糖杂质的有效除去。但其中最关键的是抑制RNA酶活性。 RNA 的提取目前阶段主要可采用两种途径 : 提取总核酸,再用氯化锂将 RNA 沉淀出来;直接在酸性条件下抽提,酸性下 DNA 与蛋白质进入有机相而 RNA 留在水相。
第一种提取方法将导致小分子量 RNA 的丢失,目前该方法的使用频率已很低。
实验步骤:
破碎组织 → 分离 RNA→ 沉淀 RNA→ 洗涤 RNA→ 融解 RNA→ 保存 RNA 。
1 、 破碎组织和灭活 RNA 酶可以同步进行,可以用盐酸胍、硫氰酸胍、 NP-40 、 SDS 、蛋白酶 K 等破碎组织,加入 β-ME 可以抑制 RNA 酶活性。
2 、 分离 RNA 一般用酚、氯仿等有机溶剂,加入少量异戊醇,经过此步,离心, RNA 一般分布于上层,与蛋白层分开。
3 、 沉淀 RNA 一般用乙醇、 3M NaAc ( pH-5.2 )或异丙醇。
4 、 洗涤 RNA 使用 70 %乙醇洗涤,有时,为避免 RNA 被洗掉,此步可以省掉,洗涤之后可以晾干或者烤干乙醇,但是不能过于干燥,否则不易溶解。
5 、 融解 RNA 一般使用 TE 。
6 、保存 RNA 应该尽量低温。为了防止痕量 RNase 的污染,从富含 RNase 的样品(如胰脏、肝脏)中分离到的 RNA 需要贮存在甲醛中以保存高质量的 RNA ,对于长期贮存更是如此。从大鼠肝脏中提取的 RNA ,在水中贮存一个星期就基本降解了,而从大鼠脾脏中提取的 RNA ,在水中保存 3 年仍保持稳定。另外,长度大于 4kb 的转录本对于痕量 RNase 的降解比小转录本更敏感。为了增加贮存 RNA 样品的稳定性,可以将 RNA 溶解在去离子的甲酰胺中,存于 - 70℃ 。用于保存 RNA 的甲酰胺一定不能含有降解 RNA 的杂物。来源于胰脏的 RNA 至少可以在甲酰胺中保存一年。当准备使用 RNA 时,可以使用下列方法沉淀 RNA :加入 NaAc 至 0.3M , 12,000×g 离心 5 分钟。
氯化锂法提取总 RNA :
本方法用高浓度尿素变性蛋白并抑制 RNA 酶,用氯化锂选择沉淀 RNA ,其特别适合于从大量样品中提取少量组织 RNA ,具有快速简洁的长处,但也存在少量 DNA 的污染及 RNA 得率不高 , 小 RNA 丢失的缺陷。
试验试剂:
1 、 氯化锂 / 尿素溶液【氯化锂 126g (3M) 尿素、 360g (6M) 加水至 1L ,过滤灭菌】
2 、 悬浮液【 10mM ? Tris-HCL (pH7.6) ,1mM? EDTA (pH8,0) ,0.5%SDS 】
试验步骤:
1 、 对于大量组织或细胞,则每克组织或细胞加入 5 - 10ml 氯化锂-尿素溶液,匀桨器高速匀桨 2 分钟;对于少量细胞( 107 个细胞 /ml ),则每克组织或细胞加入 0.5ml 氯化锂-尿素溶液手工匀桨,并转移至 Eppendof 管中。
2 、 匀桨液在 0 - 4 ℃ 放置 4 小时后, 12000g 离心 30 分钟。
3 、 取沉淀,加入原匀桨液 1/2 体积的氯化锂-尿素溶液,重复步骤 2 。
4 、 沉淀用原匀桨液 1/2 体积的氯化锂-尿素溶液复溶后,加入等体积酚 / 氯仿 / 异戊醇在室温放置 15 - 30 分钟并不时摇动混匀, 4000g 离心 5 分钟。
5 、 取上层水相,加 1/10 倍体积的 3M 乙酸钠( pH5.2 )及 2 倍体积的乙醇,- 20 ℃ 放置 1 小时, 5000g 离心。
6 、 70 %乙醇洗沉淀一次。真空干燥。
7 、 RNA 溶解液溶解沉淀,得 RNA ,分装,于- 70 ℃ 保存。
蛋白酶-热酚法- 本方法适合于病毒 RNA 的提取
试验试剂:
1 、 蛋白酶 K (终浓度 50ug/ml )
2 、 2× 缓冲液: 1%SDS 20mMTris-HCL (pH 7.6)? 0.2MnaCL
试验步骤:
1 、 提纯病毒液中加入等体积缓冲液、蛋白酶 K,37℃ 40-50 分钟。
2 、 加入等体积 65 ℃ 预热的酚溶液,轻徭 , 在 65 ℃ 保温 5 分钟后再轻徭。
3 、 离心,取上清,氯仿抽提一次。
4 、 取上层水相,加 1/10 倍体积的 3M 乙酸钠( pH5.2 )及 2 倍体积的乙醇,- 20 ℃ 放置 1 小时, 5000g 离心 (10000g,10min) 。
5 、 70 %乙醇洗沉淀一次。真空干燥。
6 、 RNA 溶解液溶解沉淀,得 RNA ,分装,于- 70 ℃ 保存。
(责任编辑:大汉昆仑王)