DNA分子量标准问题分析
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以λ/Hind III为代表的λDNA酶切片段用作电泳分析中的分子量标准，会发现电泳后分子量条带不对的问题。
解释原因如下：在Lambda DNA分子的左右臂存在着12个碱基组成的具有互补顺序的单链突出端-COS位点，COS位点的退火复性，在λDNA片段电泳分离时会出现问题，含左右臂片段在胶上应出现的地方条带会减弱或完全看不到，而复性的左右臂片段会结合成大的片段，即在较大的分子量区域内产生一个额外的条带，这就造成了不正常的带型。
解决以上问题的办法，是在电泳之前，把DNA分子量标准67℃加热约10分钟，然后立即放入冰浴中骤冷，待样品冷却后上样。这样即可解离复性的粘性末端，使电泳过程DNA片段形成正常的带型分布。
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问题 |
原因 |
解决办法 |
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带弱或无DNA带 |
1) 上样DNA的量不够 |
增加DNA的上样量，聚丙烯酰胺凝胶电泳比琼脂糖电泳灵敏度稍高 |
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2) DNA降解 |
避免DNA的 核酸酶 污染 |
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3) DNA走出凝胶 |
减短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度 |
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4) 对于EB染色的DNA，所用紫外光源不合适 |
应用短波长（254nm），紫外灯增强灵敏度 |
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DNA带缺失 |
1) 小DNA带走出凝胶 |
减短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度 |
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2) 分子大小相近的DNA带不易分辨 |
增加电泳时间，核准正确的凝胶浓度 |
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3) DNA 变性 |
电泳前请勿高温加热DNA链，以20mM NaCl Buffer稀释DNA |
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4) 巨大DNA链，凝胶电泳不合适 |
在脉冲电声凝胶电泳上分析 |
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DNA带模糊 |
1) DNA降解 |
避免 核酸酶 污染 |
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2) DNA上样量过多 |
减少凝胶中DNA上样量 |
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3) 所用电泳条件不合适 |
电泳时电压不应超过20V/cm，温度＜30℃,巨大DNA链，温度应＜15℃，核查所用电泳 缓冲液 是否有足够的缓冲能力 |
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4) DNA样含盐过高 |
电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐 |
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5) 有蛋白污染 |
电泳前酚抽提去除蛋白 |
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6) DNA变性 |
电泳前勿加热，用20mM NaCl 缓冲液 稀释DNA |
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不规则DNA带迁移 |
1) 对于λ/Hind III片段COS位点复性 |
电泳前加热DNA 65℃加热5-10分钟，然后在冰上冷却5分钟 |
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2) 电泳条件不合适 |
电泳电压不超过20V/cm，温度＜30℃，电泳缓冲液有足够的缓冲能力 |
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3) DNA变性 |
以20mM NaCl Buffer稀释DNA，电泳前勿加热 |
