定量PCR Taqman探针试剂之选
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不过科研人员就没那么好运了,科研中需要用到定量PCR检测的目标广泛,不容易找到带有探针的定量检测试剂盒。当然,针对这种现状,几个大公司陆续推出探针库,比如罗氏的UPL通用探针库,就可以通过组合定量检测出人、大小鼠等7个物种的大部分ORF序列,特别适合大型实验室;ABI公司现在可以根据用户的需要提供约十二万种基因表达引物、探针和两百多万种SNP分析的引物探针进行科学研究,据说是源自于世界各地研究人员要求定制探针或者引物后汇总的结果,可惜就是贵,就连美国的实验室教授也大叹“Very expensive, especially for small projects”。
咱们做实验的,对试剂的要求自然是1.质量可靠 + 2.价格相宜,前者保证实验早出结果,出好结果,不要太多折磨,后者则是要老板承受得起,毕竟没有病人替我们买单。因此自行设计定制标记探针就是多数“第三世界”实验室的选择。Taqman探针法的第二大类产品就是不带探针引物的通用探针法定量检测试剂盒——有酶、Buffer、内参等等配套试剂,模版引物探针自备。大家关心的问题不外是:1.哪一家探针合成标记比较可靠、价格如何?2.哪一家的通用试剂盒比较可靠价格相宜?是不是一定要买试剂盒?对于第一个问题,生物通希望有经验的读者参与我们的网络调查,当搜集到足够样本时我们会将大家的意见更新在本文后面,对于第二个问题,生物通在这里简单介绍一下市面常见的品牌和特色。
[基础用途]就是指基因表达量检测方面而言。
其中不肖说ABI是个金字招牌,它的优点就在于无论你是要做人类的,小鼠的,大鼠的,果蝇的,线虫的还是植物拟南芥的,连序列都不用呈递,只要把基因名字说出来就行了,除了基因序列全面完整之外,ABI的试剂的各方面的条件也是摸索优化好了的,基本上只要不出大的问题——比如说 仪器 出错,样品制备得太差——ABI的这些试剂都可以得到不错的结果。但是缺点就是贵(200个反应4500),以及时间周期比较长,不过如果你希望能发到高点数的文章,这些时间金钱可能还是省不了的。
在ABI的这些试剂盒中一般都包括AmpliTaq或者AmpErase金牌酶(具体见定量PCR:“酶”头一蹙,计上心来 Qiagen vs.ABI(1)),缓冲液,对照等,另外如果是RT-PCR试剂盒还会有逆转录酶——这里有个一步法和两步法的区别,一般而言两步法较灵活,一次cDNA反应可以进行多次PCR反应,而一步法就相对简单快速。ABI有个通用型的一步法试剂盒(Universal PCR Master Mix),这个试剂盒其实也就是Core Reagents试剂盒的成份,但是已经预混合起来的,并且在此基础上加入了一些额外的成份帮助完成简单高效的Taqman探针定量PCR反应,反响不错,甚至对于一些“刻薄”的G/C富集的模板也得到了相当不错的结果。
Qiagen的Quantitect Probe PCR/RT-PCR也是一个基于探针的定量PCR通用试剂盒。酶自然也是选择严格的Hotstart酶,试剂盒同时提供荧光内参、dNTP和优化缓冲液,价格要30元/次反应(50ul,如果你把反应体积减少到25ul,就可以将成本再减半),如果你是生物通新闻栏目的幸运读者能拿到最近生物通送出的优惠券,那几乎可以又便宜一半。如果你要做Multiplex多重PCR,或者同管内检测目的基因和管家基因,那么你还是不要再幻想自己配试剂了,QuantiTect Multiplex PCR应该是更好的选择。这个每管最多可做4个模版、检测灵敏度低至10个拷贝也能检测出来、已经优化稳定可靠的试剂每次成本40多元,优惠下来22左右,如果将反应体积减半还可以便宜到10元多点儿。比起自己慢慢摸索要快得多。可以选择有ROX内参荧光或者无ROX的试剂盒(如果你的机器不是ABI,不要ROX干扰也罢),价格是一样的。