连锁分析法
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连锁分析法
连锁分析法主要适用于已知遗传方式单基因遗传病的基因定位，对具有复杂性状的多基因疾病进行遗传连锁分析时往往会受到多种因素的影响，如异位显性(epistasis)、不同发病年龄、不完全外显率、多个致病基因 位点、遗传与环境相互作用、遗传模式、表现型比率及诊断不明确等，因此运用连锁分析研究多基因疾病受到一定程度的限制。针对连锁分析的上述限制性，目前采取的策略是基于血缘同一性的患者同胞对分析法(affectedsib―pair，ASP)。同胞对分析的基本原理依赖于下述生物学现象：具有遗传关系的一对遗传病患者(包括患病同胞对)，倘若他们所携带的某一(或某些)遗传标记等位基因呈显著的非随机性分离(nonrandomsegregation)，则控制疾病表型的基因极有可能与该遗传标记或遗传标记群连锁。根据这一基本观察，可以通过检测遗传相关的疾病患者间所携带的遗传标记等位基因的独立性，实现致病相关基因与遗传标记的连锁检查。其特点是无需知道遗传病的遗传方式，即可对同胞对中某一遗传标记与疾病易感基因作出连锁关系的判断。
ASP理论模型有Haseman―Elston、Risch―Bishop、和Fulker―Cardon等模型。ASP分析一开始主要用于比较单基因遗传病中同胞对的观察值与期望值的分布，以分析标记位点与疾病间的连锁关系。以后经过改进，此法得以广泛应用于多基因疾病的遗传分析和基因定位。但其对复杂性状连锁分析的有效性与下面一些因素有关：同胞对数、遗传异质性、先症者同胞相对于人群发病率的相对危险度及遗传标记的多态性信息度(polymorphicinformationcontent，PIC)等。
常用的连锁分析方法有家系连锁分析法[对数优势记分法(Logoddsscore，LOD)]、患者同胞对分析法和患者家系成员分析法(affectedpedigreemember，APM)。ASP和APM均为非参数分析方法，是性状―模型非依赖性分析，同常用的LOD连锁分析<性状―模型依赖性分析)等技术比较，具有下列优点：①不需要准确设定疾病的遗传模式，适用于不符合简单孟德尔遗传方式的多基因遗传病的连锁定位分析；②不受遗传参数的影响，对遗传异质性允许度大；③对系谱材料要求低，只需一代或二代的家系成员，多用于收集较困难的晚发性多基因疾病的遗传分析；④可研究两个不相连锁位点对疾病的联合作用，即多位点分析，以解析多基因疾病易感基因间的相互关系；⑤在候选基因研究中可应用间隔较远(～20cM)的遗传标记进行连锁分析。其不足在于：①检出力远低于相关分析，APM尤甚；②为了排除遗传异质性的影响，往往需要收集几百对受累同胞对；③双亲标本常不能获得，因此不能用血缘同一性(identity by descent，IBD)法，而只能用状态同一性(identity by state，lBS)法，影响分析的可靠性；④两个患病同胞的家系中，双亲均为患者的概率较高，易感基因可由父母双方传递给子代，而影响正确分析。ASP法、APM法及参数LOD计分法均属于两点连锁分析法(two―ointlinkageanalysis)。
连锁分析的方法对于直接寻找疾病相关基因来说，仍是不可或缺的基本手段。尽管许多新的工具和方法的提出，使这一过程变得越来越简单化，然而这一基本战略却贯穿于始终。目前常利用微卫星和SNP作为连锁分析的主要方法。进行连锁分析主要借助于一些软件，其中最常用的是LINKAGE和ENEHUNTER。LINKAGE适用于大家系，其中每个个体只用少量遗传标记的分析。GENEHUNTER则用于小家系，其中每个个体需用大量的遗传标记进行分析，并且还给出上述的非参数分析。
构造遗传图可用CRIMAP软件
两点连锁分析：Linkage package，GENEHUNTER
多点连锁分析：GENEHUNTER，FASTLINK，Allegrc
非参数分析：GENEHUNTER，Allegro
遗传异质性分析：HOMOG
