DNA 结合蛋白的共同特性是具有一些与DNA 结合的螺旋区，并能形成二聚体。螺旋―环―螺旋(helix-loop-helix，HLH)蛋白质具备上述两种特性，并都有一个共同的基序。基序由40～50个氨基酸组成，含有2个两亲的(amphipathic，既有极性基也有非极性基)。螺旋，由2个长度不等的连接区(环)相连。通过两条螺旋对应位置上的疏水性氨基酸残基之间的相互作用，可以生成同源二聚体或异源二聚体。每个螺旋区长15～16个氨基酸，其中有几个氨基酸残基是保守的。两个螺旋区之间的环使两个螺旋区可以彼此独立地相互作用。大部分HLH蛋白的HLH基序旁边都有一段高度碱性的氨基酸序列，这是同DNA 结合所需。在15个氨基酸组成的序列中有6个保守的氨基酸残基，含有这一段氨基酸序列的HLH蛋白质称为bHLH蛋白质。例如，E12和E47两种bHLH蛋白质，结合在免疫球蛋白基因的增强子上；转录因子MYOD和MYF―5参与肌肉生成。bHLH蛋白质可分为两类：一类遍布于各种组织，如哺乳动物的E12／E47和果蝇的da；另一类只存在于某种组织，包括哺乳动物的MYOD和果蝇的AC-S。
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