资源：引物设计在线搞定!
丁香园论坛
2955
为大家提供几个在线设计站点：
(1) The Primer Generator (http :/ / www. med. jhu. edu/ medcenter/primer/ primer. cgi)
( 2 ) Primers ! ( http :/ / www. williamstone. com/primers/avascript/ )
(3) The GPRIME Package ( http :/ / life. anu. au/ molecular/ soft2ware/ gprime. htm)
(4) WWW Genefisher ( http :/ / bobiserv. techfak. uni2bielefeld. de/genefisher/ )(5) eb Primers(http :/ / alces. med. umn. edu/ webprimers. html)
(6) Project DOPE2(http :/ / dope. ineractiva. de/ )
(7) Web Primer ( http :/ / genome2www2. stanford. edu/ SGD/ web2primer)
进入免费在线PCR 引物设计程序Rrimer3 方法是在主页(http :/ / www. genome.wi. mit . edu) 中点击Genome Center Soft2ware 条目下的WWW Primer Picking ( Primer3) , 这时出现Primer3 引物设计程序窗口,在Paste source sequence below 框
内,粘贴从NCBI 的Genebank 数据库中获取的核酸序列,采用FASTA 格式,然后在该页面程序对话框内输入引物设计参数可根据不同要求选择性输入) :如引物和扩增子的长度;左、右引物对之间是否必须包括某一特定核酸序列;是否根据已知的左侧引物/ 右侧引物设计相应的右侧引物/ 左侧引物等。如对输入参数不太清楚,可查阅后面的参数说明。引物设计参数输入完毕后,点击Pick Primes ,稍后屏幕将显示由Primer3 设计的5 对最佳引物。设计出的引物满足以下条件: (1) 引物长度为Primer3 默认值20 个碱基,也可根据实验要求自定长度。(2) 引物3’端无发夹结构。(3) 两引物3’端无互补配对。(4) 引物与Genebank 核酸数据库中的其它核酸序列无明显同源性。(5) 两个引物( G+ C) %含量近似。在结果中列出设计出的左侧引物和右侧引物有关参数,这些参数为: Start (引物起始碱基位置) 、Len(引物长度) 、Tm(熔链温度) 、GC %(引物G + C %值) 、Any(引物与核苷酸任意区域的互补指数) 、3’(引物与核苷酸3’端的互补指数) 、Seq(引物核苷酸序列) 。
(1) The Primer Generator (http :/ / www. med. jhu. edu/ medcenter/primer/ primer. cgi)
( 2 ) Primers ! ( http :/ / www. williamstone. com/primers/avascript/ )
(3) The GPRIME Package ( http :/ / life. anu. au/ molecular/ soft2ware/ gprime. htm)
(4) WWW Genefisher ( http :/ / bobiserv. techfak. uni2bielefeld. de/genefisher/ )(5) eb Primers(http :/ / alces. med. umn. edu/ webprimers. html)
(6) Project DOPE2(http :/ / dope. ineractiva. de/ )
(7) Web Primer ( http :/ / genome2www2. stanford. edu/ SGD/ web2primer)
进入免费在线PCR 引物设计程序Rrimer3 方法是在主页(http :/ / www. genome.wi. mit . edu) 中点击Genome Center Soft2ware 条目下的WWW Primer Picking ( Primer3) , 这时出现Primer3 引物设计程序窗口,在Paste source sequence below 框
内,粘贴从NCBI 的Genebank 数据库中获取的核酸序列,采用FASTA 格式,然后在该页面程序对话框内输入引物设计参数可根据不同要求选择性输入) :如引物和扩增子的长度;左、右引物对之间是否必须包括某一特定核酸序列;是否根据已知的左侧引物/ 右侧引物设计相应的右侧引物/ 左侧引物等。如对输入参数不太清楚,可查阅后面的参数说明。引物设计参数输入完毕后,点击Pick Primes ,稍后屏幕将显示由Primer3 设计的5 对最佳引物。设计出的引物满足以下条件: (1) 引物长度为Primer3 默认值20 个碱基,也可根据实验要求自定长度。(2) 引物3’端无发夹结构。(3) 两引物3’端无互补配对。(4) 引物与Genebank 核酸数据库中的其它核酸序列无明显同源性。(5) 两个引物( G+ C) %含量近似。在结果中列出设计出的左侧引物和右侧引物有关参数,这些参数为: Start (引物起始碱基位置) 、Len(引物长度) 、Tm(熔链温度) 、GC %(引物G + C %值) 、Any(引物与核苷酸任意区域的互补指数) 、3’(引物与核苷酸3’端的互补指数) 、Seq(引物核苷酸序列) 。
