【交流】核酸抽提：七零八碎的实验数据和推理
丁香园论坛
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（前面的几个帖子太长了，看一遍所花时间长到逆历史潮流，只能新开一帖，希望快餐一点。本帖不回答求助，先致歉。）
1：苯酚保存条件的实验
苯酚的保存条件，正统的说法：避光、4C、上覆一层液体、密闭，可保存 1 个月。
下面是我的一个实验：
3 月 10 日，取 Tris 饱和苯酚 (加入 beta-Mercaptoethanol 抗氧化) 到 6 个透明 1.5ml 离心管中，其中 3 管再覆盖少量液体。取一管未加液体的和一管加液体的放入 4C 冰箱，其余 4 管置于室温。室温的 4 管有两管 (加液和不加液各一管) 用刀子将离心管盖子钻了一个洞，使之与空气接触。没 10 天观察一次颜色变化，直到 7 月 20 日 (130 天)。
现象：直到 6 月 20 日，所有的苯酚都没有发生颜色的变化；尽管此时钻洞的离心管上清已经没有了，苯酚液减少了。到 7 月时，室温钻孔的颜色开始有一点变化了，其它的几乎无。
结论：苯酚的稳定性最相关的是空气，温度、光线都只是氧化反应的加速因素。
应用：确保苯酚稳定的关键，是将苯酚分装成小包装。包装大小控制在 1 个月用完的程度。500ml 苯酚可以分装到 100ml 瓶子中，用 Parafilm 封住暂时不用的。用完一瓶再开另外一瓶。如果有塑料瓶，-20C 保存则更好；玻璃瓶千万不可 -20C 保存，否则比破。
(本实验的前提是，苯酚本身质量是合格的)
2：EDTA 的 OD 值
EDTA 在核酸，尤其是 DNA 的溶解中广泛使用，Ambian 也提到 EDTA 可以提升 A260/280 值。后者不是我关心的，我关心的是为什么 EDTA 会对 OD 值有影响以及如何影响。
实验：以水为空白，测定 EDTA 的 OD 值
EDTA 浓度 (uM): 12 / 120 / 335 / 500
A230: 0.006/0.073/0.207/0.313
A260:0/0/0.005/0.007
A280:0/0/0/0
结论： 以水为对照，5mM Tris 以及低于此浓度时，A230-A280 读数几乎是 0，所以，谈论 TE 溶解就可以简化为 E 溶解。TE 溶解的 DNA，EDTA 一般为 1mM，10 倍稀释则为 100uM。此时，如果以 Tris 作为对照，你就没有必要去测定 A260/A230 了，因为 A230 由 EDTA 的贡献可不小。如果你溶解核酸的溶液含 EDTA，一定要使用该溶解液作为测定空白和稀释的溶液，否则，NBA 明星的广告词非常适合：you were fooled.
特别感谢“上海孤儿”战友！
1：苯酚保存条件的实验
苯酚的保存条件，正统的说法：避光、4C、上覆一层液体、密闭，可保存 1 个月。
下面是我的一个实验：
3 月 10 日，取 Tris 饱和苯酚 (加入 beta-Mercaptoethanol 抗氧化) 到 6 个透明 1.5ml 离心管中，其中 3 管再覆盖少量液体。取一管未加液体的和一管加液体的放入 4C 冰箱，其余 4 管置于室温。室温的 4 管有两管 (加液和不加液各一管) 用刀子将离心管盖子钻了一个洞，使之与空气接触。没 10 天观察一次颜色变化，直到 7 月 20 日 (130 天)。
现象：直到 6 月 20 日，所有的苯酚都没有发生颜色的变化；尽管此时钻洞的离心管上清已经没有了，苯酚液减少了。到 7 月时，室温钻孔的颜色开始有一点变化了，其它的几乎无。
结论：苯酚的稳定性最相关的是空气，温度、光线都只是氧化反应的加速因素。
应用：确保苯酚稳定的关键，是将苯酚分装成小包装。包装大小控制在 1 个月用完的程度。500ml 苯酚可以分装到 100ml 瓶子中，用 Parafilm 封住暂时不用的。用完一瓶再开另外一瓶。如果有塑料瓶，-20C 保存则更好；玻璃瓶千万不可 -20C 保存，否则比破。
(本实验的前提是，苯酚本身质量是合格的)
2：EDTA 的 OD 值
EDTA 在核酸，尤其是 DNA 的溶解中广泛使用，Ambian 也提到 EDTA 可以提升 A260/280 值。后者不是我关心的，我关心的是为什么 EDTA 会对 OD 值有影响以及如何影响。
实验：以水为空白，测定 EDTA 的 OD 值
EDTA 浓度 (uM): 12 / 120 / 335 / 500
A230: 0.006/0.073/0.207/0.313
A260:0/0/0.005/0.007
A280:0/0/0/0
结论： 以水为对照，5mM Tris 以及低于此浓度时，A230-A280 读数几乎是 0，所以，谈论 TE 溶解就可以简化为 E 溶解。TE 溶解的 DNA，EDTA 一般为 1mM，10 倍稀释则为 100uM。此时，如果以 Tris 作为对照，你就没有必要去测定 A260/A230 了，因为 A230 由 EDTA 的贡献可不小。如果你溶解核酸的溶液含 EDTA，一定要使用该溶解液作为测定空白和稀释的溶液，否则，NBA 明星的广告词非常适合：you were fooled.
特别感谢“上海孤儿”战友！
