【求助】请各位大虾告知如何应用miRNA靶基因的网上软件,如Targetscan or miRanda or Pictar 等?
丁香园论坛
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microRNA(miRNA)是一类保守、短序列、单链的非编码小分子RNA,通过与靶基因mRNA特异性的结合而导致靶mRNA降解或抑制其翻译,调控蛋白编码基因的表达,在个体发育以及细胞的分化、增殖、凋亡、应激等生物学过程中发挥重要的作用。正是microRNA(miRNA)通过RNA介导的沉默复合体(RNA induced silence complex,RISC)使靶基因mRNA降解或抑制其翻译,而通过预测miRNA靶基因的软件如Targetscan/miRanda/Pictar/diana-microT等,可以找到某一miRNA有关的基因。但本人不知如何具体操作这些软件来预测靶基因,请各位大虾多多帮忙。
其实每一个预测软件都有其自己的特点,现在我以targetscan为例:首先打开预测页面http://www.targetscan.org/,然后在 Enter a human Entrez Gene symbol 中输入你要预测的靶基因名称,其他的条件不用做修改,之后submit提交。然后会出现一个含有你把基因UTR长度的界面。通过点击不同的选项就可以查看与你靶基因相结合的microRNA.你还可以根据对每一个microRNA于UTR结合的程度的评分来选择最优可能的microRNA。
lide658
其实每一个预测软件都有其自己的特点,现在我以targetscan为例:首先打开预测页面http://www.targetscan.org/,然后在 Enter a human Entrez Gene symbol 中输入你要预测的靶基因名称,其他的条件不用做修改,之后submit提交。然后会出现一个含有你把基因UTR长度的界面。通过点击不同的选项就可以查看与你靶基因相结合的microRNA.你还可以根据对每一个microRNA于UTR结合的程度的评分来选择最优可能的microRNA。
能不能告诉下pictar的结果怎么看啊? 不太懂!!!
mark
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