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【讨论】与靶基因不完全互补的microRNA还能影响mRNA水平的表达吗?

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最近在找一个micrRNA的靶基因,种子序列并不完全互补,但是mRNA水平是有变化的,百思不得其解,偶然发现一篇综述写道“ 最近的一些发现表明,miRNAs 与它们的靶基因只有部分互补的情形也会导致mRNA 的降解,但是目前还不清楚,翻译抑制是否发生在mRNA 的降解之前”,大家有碰到这样的情况吗?有相关的文献可否分享一下
互补导致翻译受阻也会造成翻译水平下降
互补导致降解也会下降

不完全配对也会可能互补反应

所以你的问题我无法明白,因为翻译抑制包括了MRNA降解这种可能。
miRNA 和siRNA 区别之一,就是,miRNA 在不完全互补的情况下,也能起到mRNA表达水平的影响的,提供一篇参考文献,希望起到抛砖引玉的作用。
不知道你做预测了没,mirna的靶基因预测是有评分的,不同的预测评分结果不同但总的原则基本相同。即使miRNA与靶基因序列不完全互补也有可能造成转录后抑制,这种情况下需要做后续的实验加以验证,比如从靶基因mRNA表达水平的检测以及蛋白水平的检测
另外评分不一定是准的。
不一定要microRNA序列与3‘UTR完全互补的,只要seed region互补就可以了。
所以microRNA研究中一定要有靶点鉴定,因为靶点预测分高的未必就是活性最强的那个,而且正如楼上说得评分也会有错误或者不准的地方,毕竟每一套体系都有自己的缺陷。靶点鉴定能做出来才好往下做功能研究
其实早在06年就有文献报道全新MicroRNA分析方法,但是这种方法一直没有得到重视,包括在后来09年他们又以此算法在nature发表了干细胞相关转录因子的调控miRNA,但是鉴于你的这种情况,我认为可能他们之间存在一个中间的调控分子。这样能更好的解释你观测到的现象。

个人观点,仅供参考!
miRNA与靶基因存在不依赖于种子序列的结合方式,称为atypical site

MicroRNAs: Target Recognition and Regulatory Functions
David P. Bartel

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