【求助】大片段外显子缺失要如何检查？

要对MUT基因缺失的病进行检查，检测对象是个携带者，怀疑是大片段DNA缺失，求大片段外显子缺失的检查方法？ :D

呵呵，虽然不熟悉，我也来说说看法。
是否可以通过PCR基因组来判断呢？设计一对引物，其中一个引物要在这个大片段上面，然后从对象提取基因组，做PCR，再与正常的基因组比较得到差异？

或者是通过提RNA,RT-PCR,最后在用这一对引物去检测与正常的差别？

或者干脆做western来检测蛋白质表达水平？

呵呵，抛砖引玉~~~

利用杂交的原理或许也有对应的方案。

先问清楚你的问题。

如何判断他就是携带者？他有没有症状，其他家族成员如何？

你怀疑是DNA缺失的依据是什么？这个DNA缺失，是否是外显子可变剪接，又或者真的是大片段的缺失，那就会导致氨基酸序列的变化了？

如果你知道是哪个基因的外显子，那可以通过PCR拉出全长cDNA，如果是整体缺体，很容易拉出来的。如果是可变剪接，并且发生率很小（比如小于1%），那就会有难度。
如果根本不知道是哪个基因的外显子，那估计得通过外显子芯片，或者外显子测序的高通量方法来解决了。

前两个问题最关键，如果前两个问题错了，第三个问题怎么回答，都解决不了这个问题。

谢谢帮忙，非常感谢

大片段是指多大的片段缺失？kb级还是Mb级？cDNA水平如果存在RNA降解的情况的话，那可能是做不出来的。DNA水平可以考虑gap PCR，但是如果你不确定缺失范围有多大的话也可以考虑做一个SNP的芯片，或者定量先确定断裂点的位置。如果只是在一个基因内的外显子缺失的话，建议你可以考虑半定量PCR的方法，即分别扩增正常人和携带者肯定不缺失的外显子和怀疑缺失的外显子进行比较。