【求助】怎样验证:某个microRNA可以抑制某个基因,并且这个基因又反过来调控这个microRNA
丁香园论坛
1930
我想验证一个microRNA可以抑制某个基因,并且这个基因又反过来调控这个microRNA ,请问通过什么实验手段才能验证呢?
敲除????
过表达???
我想问一下大家,首先这种情况可能发生吗?
这种调控机制属于反馈抑制或反馈激活回路/loop,非常常见。
具体研究方法可以参考一下最经典的p53和mdm2反馈抑制回路,有很多这方面的文献。
具体研究方法可以参考一下最经典的p53和mdm2反馈抑制回路,有很多这方面的文献。
redsky wrote:
我想问一下大家,首先这种情况可能发生吗?
为什么不可能发生呢?
既然认为它不可能发生,为什么还要验证呢?
验证microRNA的靶基因: 在目的基因上面寻找该microRNA的理论seed sequence, 然后克隆入psiCHECK2-Dual luciferase reporter vector,购买该microRNA的precursor(Gain of function)和Inhibitors(Loss of function),与构建的载体共同转染细胞系(根据你的情况选择,还要考虑不同细胞系中的该microRNA的本底表达)。然后根据luciferase的比值变化确定是否可以调节该基因。如果有用需要合成突变的seed sequence,看看该作用是否消失(是否特异性作用)。
验证基因对于microRNA的调控作用:如果可以直接获得重组蛋白,那么可以直接作用于该microRNA阳性细胞系,然后检测其水平变化;如果该基因的信号通路很明确,也可以通过在细胞系中调节该通路来检测microRNA的变化。
自己的一些粗浅看法,仅供参考!
验证基因对于microRNA的调控作用:如果可以直接获得重组蛋白,那么可以直接作用于该microRNA阳性细胞系,然后检测其水平变化;如果该基因的信号通路很明确,也可以通过在细胞系中调节该通路来检测microRNA的变化。
自己的一些粗浅看法,仅供参考!
表达调控方面的研究,随研究目的不同,方法也不同;你可以使用报告基因系统,就像上面“知足常樂”的帖子所介绍的那样,测定转录强度,也可以通过realtime、WB等手段检测转录后水平、翻译水平乃至翻译后水平的调控现象。
你好,请问microRNA名称后的是什么意思?如miR-146undefined.是否是miR-146a的互补序列?谢谢
zhangwh2005 wrote:
你好,请问microRNA名称后的是什么意思?如miR-146undefined.是否是miR-146a的互补序列?谢谢
第一次回复:)参照以前的帖子回答。
关于microRNA的命名规则:
(1)miRNA 简写成miR,再根据其被克隆的先后顺序加上阿拉伯数字,如miR-21;
(2)高度同源的miRNA 在数字后加上英文小写字母(a、b 、c),如miR-199a 和miR-199b;
(3)由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA,则在后面加上阿拉伯数字以区分, 如miR-199a-1 和miR-199a-2;
(4)如果一个前体的2 个臂分别加工产生miRNA,则根据克隆实验,在表达水平较低的miRNA 后面加“”,如miR-199a和miR-199undefined,或进行如下命名,miR-142-5p(也可命名为miR-142-s,表示从5' 端的臂加工而来)和miR-142-3p(也可命名为miR-142-as,表示从3´端的臂加工而来);
(5)将物种缩写置于miRNA 之前,如hsa-miR-1 9 5 ;
(6)确定命名规则之前发现的miRNA,如let-7,则保留原来名字。
引自周凡,庄诗美.《microRNA与肿瘤》, 生命科学, 2008, 20(2):207-212.
感谢sherry_fx的解说.
我想请问那个microRNA阳性细胞系是指稳转miRNA的细胞系吗?
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