【讨论】转录但是不翻译的外显子是因为被剪切掉了吗？
丁香园论坛
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我的目的基因的5‘端几个外显子转录但是不翻译，怎么解释呢？是因为被剪切掉了吗？目前为止还没人报道说有剪切型
（如果排除你说的可变剪接。）
因为被microRNA给沉默掉了，呵呵。
miRNA是一类多细胞动物或植物基因组的前体mRNA内含子，miRNA独立转录单位或miRNA基因簇编码的19-25个核苷酸大小的内源性单链RNA，他们在转录后水平沉默特定基因从而对生物体基因表达起到精细调节的作用
还有RNAi
体外系统中的研究表明双链RNA （dsRNA）由ATP依赖的切割而被降解为由21~23个碱基组成的寡核普酸，这种短的RNA有时被称作短小干扰RNA (short interfering RNA,siRNA)这种切割机制是：从一个长的dsRN A的两个3'端开始，把ds RNA切成siRNA片段，每一个siRNA片段的3’端都有2个碱基的突出。相同的酶(双链RNA酶)负责以上过程的切割。
RNAi发生在转录后.此时siRNA诱导一条互补的mRNA降解。siRNA可能提供了一个模板，它指导核酸酶降解与siRNA的一条或两条链互补的mRNA，或许是通过mRNA和这些片段配对的过程。这很可能需要解旋酶辅助这种配对反应。在配对片段的中部，siRNA指导m RNA的切割，这些反应发生在一个核蛋白复合体中，它被称为RNA诱导的沉默复合体(RNA-induced silencing complex,RISC)。
因为被microRNA给沉默掉了，呵呵。
miRNA是一类多细胞动物或植物基因组的前体mRNA内含子，miRNA独立转录单位或miRNA基因簇编码的19-25个核苷酸大小的内源性单链RNA，他们在转录后水平沉默特定基因从而对生物体基因表达起到精细调节的作用
还有RNAi
体外系统中的研究表明双链RNA （dsRNA）由ATP依赖的切割而被降解为由21~23个碱基组成的寡核普酸，这种短的RNA有时被称作短小干扰RNA (short interfering RNA,siRNA)这种切割机制是：从一个长的dsRN A的两个3'端开始，把ds RNA切成siRNA片段，每一个siRNA片段的3’端都有2个碱基的突出。相同的酶(双链RNA酶)负责以上过程的切割。
RNAi发生在转录后.此时siRNA诱导一条互补的mRNA降解。siRNA可能提供了一个模板，它指导核酸酶降解与siRNA的一条或两条链互补的mRNA，或许是通过mRNA和这些片段配对的过程。这很可能需要解旋酶辅助这种配对反应。在配对片段的中部，siRNA指导m RNA的切割，这些反应发生在一个核蛋白复合体中，它被称为RNA诱导的沉默复合体(RNA-induced silencing complex,RISC)。
学习了！不能排除可变剪接，因为研究的还比较少。我再问一个问题，NCBI里面的数据是怎么得到的呢？是根据所有的目前的研究吗？如果ncbi里面没显示有可变剪接，那是还没人研究？还是就是没有的意思？
确实不能排除可变剪切：对zjubell 的解释存在疑问：
第一：microRNA对翻译的抑制或降解是针对整个target mRNA,microRNA可以作用在其target 的3’或5’UTR或CDS（绝大多数在3’UTR），而不是只剪掉其中的一个或多个外显子。
第二：microRNA主要通过其“seed sequence”与其target mRNA的3'UTR相互作用,如果其target mRNA的3'UTR 存在多个canonical polyadenylation signal－AAUAAA, also including variants of this signal AUUAAA, AAGAAA, UAUAAA, AGUAAA, target mRNA的3’UTR会存在不同的长度，且其长度与其稳定性有关（UTR越长，越容易被microRNA剪切掉）同不的polyA信号导致不同的3'UTR端长短，而非5’末端的外显子长短
回答楼上的几个问题：NCBI是是根据所有的目前的研究实时更新的，具体NCBI怎么用搜索一下以前的帖子；“如果ncbi里面没显示有可变剪接”是否会是如下情况：你的搜索是否全面或正确？如果是，那很可能是因为没人研究，不能讲没有可变剪切，因为我们未知的东西实在是不少。呵呵
第一：microRNA对翻译的抑制或降解是针对整个target mRNA,microRNA可以作用在其target 的3’或5’UTR或CDS（绝大多数在3’UTR），而不是只剪掉其中的一个或多个外显子。
第二：microRNA主要通过其“seed sequence”与其target mRNA的3'UTR相互作用,如果其target mRNA的3'UTR 存在多个canonical polyadenylation signal－AAUAAA, also including variants of this signal AUUAAA, AAGAAA, UAUAAA, AGUAAA, target mRNA的3’UTR会存在不同的长度，且其长度与其稳定性有关（UTR越长，越容易被microRNA剪切掉）同不的polyA信号导致不同的3'UTR端长短，而非5’末端的外显子长短
回答楼上的几个问题：NCBI是是根据所有的目前的研究实时更新的，具体NCBI怎么用搜索一下以前的帖子；“如果ncbi里面没显示有可变剪接”是否会是如下情况：你的搜索是否全面或正确？如果是，那很可能是因为没人研究，不能讲没有可变剪切，因为我们未知的东西实在是不少。呵呵
上贴中，我有部分说错了。
你既然说有部分外显子被转录，但不被翻译，就肯定不是可变剪接
可变剪接是在转录水平就被剪掉了。也就是在mRNA中就不存在这几个外显子。
检测可变剪接，可以提mRNA，然后反转成cDNA，再用real time PCR检测。
另外，你的问题存在错误，外显子跟翻译没有必然的关系。大部分5端的几个外显子都不会全部被翻译，你查一下NCBI就知道了，外显子是从转录起始位点开始的，上游有部分promotor，TATA框，还有5UTR等等。而翻译的话，则是CDS，也就是编码区，从ATG开始的。这两个是不同的概念，不存在你说的什么5‘端几个外显子转录但是不翻译的情况。随便找了一个基因，截了幅图，你就可以发现，ATG存在于第二个外显子中，也就是第一个外显子没有翻译，而是从第二个外显子的中间开始翻译的。
综上，个人觉的你的分子生物学概念还没理清楚，而不是你发现了一个新的东西。昨天晚上我也懵了，没看清就回贴了。呵呵
你既然说有部分外显子被转录，但不被翻译，就肯定不是可变剪接
可变剪接是在转录水平就被剪掉了。也就是在mRNA中就不存在这几个外显子。
检测可变剪接，可以提mRNA，然后反转成cDNA，再用real time PCR检测。
另外，你的问题存在错误，外显子跟翻译没有必然的关系。大部分5端的几个外显子都不会全部被翻译，你查一下NCBI就知道了，外显子是从转录起始位点开始的，上游有部分promotor，TATA框，还有5UTR等等。而翻译的话，则是CDS，也就是编码区，从ATG开始的。这两个是不同的概念，不存在你说的什么5‘端几个外显子转录但是不翻译的情况。随便找了一个基因，截了幅图，你就可以发现，ATG存在于第二个外显子中，也就是第一个外显子没有翻译，而是从第二个外显子的中间开始翻译的。
综上，个人觉的你的分子生物学概念还没理清楚，而不是你发现了一个新的东西。昨天晚上我也懵了，没看清就回贴了。呵呵
jiachengyou2007 wrote:
确实不能排除可变剪切：对zjubell 的解释存在疑问：
第一：microRNA对翻译的抑制或降解是针对整个target mRNA,microRNA可以作用在其target 的3’或5’UTR或CDS（绝大多数在3’UTR），而不是只剪掉其中的一个或多个外显子。
第二：microRNA主要通过其“seed sequence”与其target mRNA的3'UTR相互作用,如果其target mRNA的3'UTR 存在多个canonical polyadenylation signal－AAUAAA, also including variants of this signal AUUAAA, AAGAAA, UAUAAA, AGUAAA, target mRNA的3’UTR会存在不同的长度，且其长度与其稳定性有关（UTR越长，越容易被microRNA剪切掉）同不的polyA信号导致不同的3'UTR端长短，而非5’末端的外显子长短
回答楼上的几个问题：NCBI是是根据所有的目前的研究实时更新的，具体NCBI怎么用搜索一下以前的帖子；“如果ncbi里面没显示有可变剪接”是否会是如下情况：你的搜索是否全面或正确？如果是，那很可能是因为没人研究，不能讲没有可变剪切，因为我们未知的东西实在是不少。呵呵
"NCBI是是根据所有的目前的研究实时更新的"。我研究的这个基因目前发表的文章是屈指可数的，很想知道是否有剪切型，并且更多的了解基因的更多情况，ncbi目前还没报道有剪切型。
zjubell wrote:
上贴中，我有部分说错了。
你既然说有部分外显子被转录，但不被翻译，就肯定不是可变剪接
可变剪接是在转录水平就被剪掉了。也就是在mRNA中就不存在这几个外显子。
检测可变剪接，可以提mRNA，然后反转成cDNA，再用real time PCR检测。
另外，你的问题存在错误，外显子跟翻译没有必然的关系。大部分5端的几个外显子都不会全部被翻译，你查一下NCBI就知道了，外显子是从转录起始位点开始的，上游有部分promotor，TATA框，还有5UTR等等。而翻译的话，则是CDS，也就是编码区，从ATG开始的。这两个是不同的概念，不存在你说的什么5‘端几个外显子转录但是不翻译的情况。随便找了一个基因，截了幅图，你就可以发现，ATG存在于第二个外显子中，也就是第一个外显子没有翻译，而是从第二个外显子的中间开始翻译的。
综上，个人觉的你的分子生物学概念还没理清楚，而不是你发现了一个新的东西。昨天晚上我也懵了，没看清就回贴了。呵呵
原来很多基因都有这个情况，但是我确实没想到该怎么解释。我经常是没经过调查就喜欢提问，缺点，同时也该感谢丁香园这个平台和高手们的帮助。很想恶补分子生物学，在园子里下载了很多电子书。
可变剪接只是说一个mRNA前体有多种拼接方式，产生多种mRNA，lz发现有外显子转录不能说明不存在可变剪接啊，比如可变剪接影响的不是5'段外显子。lz的提问很含糊，试验方法、试验图表都没有，不知道他排除了哪些因素，不能说明他的问题是不是在于可变剪接。
我确实是概念没弄清楚....:I
内含子（introns）定义：在转录后的加工中，从最初的转录产物除去的内部的核苷酸序列。
外显子（exons）定义：既存在于最初的转录产物中，也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列。
非翻译区（untranslated region）定义：mRNA分子两端的非编码片段；5'-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子，又称前导区（leader），而3'-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的末端，又称尾区（trailer）。
真核生物基因从5’向3‘方向角度说按顺序那便是前导区的5'-UTR、编码区的外显子和内含子、3’-UTR。
但是对于一个新的基因怎么才能研究它是否有可变剪切，还要去查一下资料。
外显子（exons）定义：既存在于最初的转录产物中，也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列。
非翻译区（untranslated region）定义：mRNA分子两端的非编码片段；5'-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子，又称前导区（leader），而3'-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的末端，又称尾区（trailer）。
真核生物基因从5’向3‘方向角度说按顺序那便是前导区的5'-UTR、编码区的外显子和内含子、3’-UTR。
但是对于一个新的基因怎么才能研究它是否有可变剪切，还要去查一下资料。
首先说5'exon跟5'UTR完全是两个概念啦。5'exon可以编码信号肽，前肽等等，有时在蛋白水平(比如某些原酶)是可以被剪切掉的啊，另外有些膜蛋白激活后不是也被切割游离吗？
据楼主说“5‘端几个外显子转录但是不翻译”？看了版内假基因的讨论，是不是转录水平得考虑一下假基因呢？
dsRNA/siRNA或者miRNA都可以作用于5"UTR，但貌似这都不是主要的呀。5"UTR的存在主要与翻译的调控有关。5"utr作为顺式作用元件可以和反式转录因子结合调控表达，另外5"utr区的GC含量、发夹结构、IRES序列、uAUGs/uORF等也都可以调控翻译起始密码子的选择和翻译的效率。核糖体结合与5'utr的帽子结构并沿3’方向滑动扫描AUG密码子，如果核糖体扫描到uAUG后，可能通过leaky scanning机制或者reinitiation机制继续扫描，直到mAUG开始主要蛋白的翻译(因为有uORF可能会同时有其他的翻译产物)。所以5'UTR对于翻译很重要啦。核糖体和5'UTR结合也可能改变mRNA的稳定性从而影响表达。另外很多基因5’UTR区有内含子，utrexon和第一内含子对剪切和调控也很重要。
据楼主说“5‘端几个外显子转录但是不翻译”？看了版内假基因的讨论，是不是转录水平得考虑一下假基因呢？
dsRNA/siRNA或者miRNA都可以作用于5"UTR，但貌似这都不是主要的呀。5"UTR的存在主要与翻译的调控有关。5"utr作为顺式作用元件可以和反式转录因子结合调控表达，另外5"utr区的GC含量、发夹结构、IRES序列、uAUGs/uORF等也都可以调控翻译起始密码子的选择和翻译的效率。核糖体结合与5'utr的帽子结构并沿3’方向滑动扫描AUG密码子，如果核糖体扫描到uAUG后，可能通过leaky scanning机制或者reinitiation机制继续扫描，直到mAUG开始主要蛋白的翻译(因为有uORF可能会同时有其他的翻译产物)。所以5'UTR对于翻译很重要啦。核糖体和5'UTR结合也可能改变mRNA的稳定性从而影响表达。另外很多基因5’UTR区有内含子，utrexon和第一内含子对剪切和调控也很重要。
学习了，谢谢
真理越辩越明，谢谢大家的讨论，学习啦！受益匪浅！
既然是外显子就存在于mRNA中的序列，不会在转录中被剪切。至于没有被翻译有多种原因：
1.起始密码子在后面的exon中
2.核糖体识别位点在后面的ATG处
3.作为信号肽被切除或在蛋白质折叠过程中被切除，当对该蛋白的研究比较少时会被认为没有翻译。
4.该基因存在多阅读框，前面exon起始密码子引导的阅读框翻译成蛋白的比例很少，还没有被发现。
1.起始密码子在后面的exon中
2.核糖体识别位点在后面的ATG处
3.作为信号肽被切除或在蛋白质折叠过程中被切除，当对该蛋白的研究比较少时会被认为没有翻译。
4.该基因存在多阅读框，前面exon起始密码子引导的阅读框翻译成蛋白的比例很少，还没有被发现。
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