【求助】异曲同工不同妙

A能上调B基因，针对A基因设计了两条shRNA（1 和 2，分别针对ORF 和3'UTR ），都能有效敲低A基因（qpcr结果，引物扩增的是orf区），那么B基因理应都下调, 但是结果却只发现shRNA1转染的细胞B基因下调，shRNA2转染的细胞中没有变化。有经验的战友帮忙分析一下吧！

机体是一个有缓冲能力的机体，不是说这个变化就一定能够引起另外一个变化，就如我们的血液一样，喝点醋不会说血液就成酸性了。A能上调B基因，那么A基因对B基因是主要调节还是次要调节是一个主要的问题，还有一个问题就是一个基因的表达情况也跟很多因素相关的，比如说是转录少了，但是是不是其降解也少了呢？蛋白水平变化能不能相互验证？

同意楼上的观点。现在我正等待抗体做蛋白水平的检测。
再明确一下，A能上调B基因是在转录水平的调节。我认为我现在主要要分析的是为什么两个不同的shRNA作用不同，我对ncRNA认识不多，会不会与此有关?

楼主遇到的现象，是一个很有趣的现象。

可以探究两个问题：1、qPCR结果是否真实地反映了A基因RNA水平？2、A基因的蛋白水平是否降低？

对于1，我们是否有更多的技术手段检测RNA水平？如果野生型的RNA水平较高，那么是否可以使用Northern Blot检测一下？

对于2，如果两种方法都引起了RNA水平的降低，蛋白水平是否有同样水平地降低了？如果两种方法引起了相同程度的RNA水平的下降，蛋白水平的降幅却有很大的不同，那么这样现象的背后是什么？

是否还需要考虑shRNA的脱靶效应？
是否有可能A基因的下调本身对B基因的影响不明显，而shRNA1与B基因存在一定程度的互补，从而被下调，而shRNA2对B基因没影响呢？？

至少从序列上排除脱靶的可能！

1，qPCR结果做了几次？如果仅1次不是很可信。并且最好有Western的结果证明两对shRNA都能有效的下调A蛋白，并用Western检测B蛋白的表达情况。
2，再做两对针对A基因得shRNA，看看是否一致。
3，进行Rescue实验。

你的qrcp针对的是orf,1针对的也是orf，但是2针对的是3`UTR啊。